Командующие: Новак В.К. (11.1919–3.1920); Тырышкин Г.М. (3–11.1920).

Каспийская военная флотилия (сформирована в ноябре 1722 года в Астрахани) в ноябре 1917 года перешла на сторону большевиков и способствовала установлению советской власти в Азербайджане. В конце июля 1918 года корабли флотилии были захвачены войсками интервентов. После освобождения Баку из кораблей Волжско-Каспийской флотилии и Красного флота Советского Азербайджана были сформированы Морские силы Каспийского моря, которые 27 июня 1931 года были переформированы в Каспийскую военную флотилию.

Командующие: Чепкаленко В.А. (11.1917–7.1918); Панцер-жанский Э.С. (11–12.1920); Хвицкий С.А. (12.1920–11.1921); Лудри И.М. (11.1921–16.7.1923); Михайлов П.М. (7.1923–4.1926); Векман А.К. (4.1926–8.1927); Галкин Г.Л. (8.1927–1930); Левченко Г.И. (1931–1933); Исаков Д.П. (10.1933–6.1938); Сумин В.И. (1938); Головко А.Г. (22.7.1938–20.8.1939); Седельников Ф.С. (1940–9.1944).

Красный Флот Советского Азербайджана был сформирован в апреле 1920 года и в июле вошел в состав Морских сил Каспийского моря. Главная база — Баку.

Командующие: Чингиз Ильдрым (4–5.1920); Раскольников Ф.Ф. (5–6.1920).

Куринская военная флотилия была сформирована в июне 1920 года (до октября называлась Куринским речным отрядом Морских сил Каспийского моря). Совместно с войсками Кавказского фронта вела боевые действия с контрреволюционными отрядами на реках Кура и Араке. База— Петропавловское. В феврале 1921 года корабли флотилии были переданы в ведение пограничной охраны.

Командующие: Лукин П.И. (6–10.1920); Ерохин Н. (10–12.1920).

Морские силы Дальневосточной Республики были сформированы в апреле 1921 года на базе кораблей Амурской флотилии и прибывших с озера Байкал. В январе 1922 года флотилия была переименована в Народно-революционный флот Дальневосточной Республики, вошедший в состав Морских сил Дальнего Востока. Главная база — Благовещенск.

Командующие: Подерни В.А. (4.1921–12.1921); Попов А.Л. (1–11.1922).

Морские силы Дальнего Востока были созданы в ноябре 1922 года после освобождения Дальнего Востока от интервентов и белогвардейцев. В их состав вошли Амурская флотилия и корабли, находящиеся во Владивостоке. Морские силы были расформированы в сентябре 1926 года, в результате реорганизации была выделена самостоятельная Дальневосточная флотилия с главной базой во Владивостоке.

Морские силы Северного моря были созданы в апреле 1920 года на базе кораблей и личного состава Беломорской военной флотилии. Главная база — Архангельск. Были расформированы в январе 1923 года.

Онежская военная флотилия была сформирована в июне 1918 года Военным советом Северного участка отрядов завесы и Петроградского оборонительного района. В феврале 1919 года перешла в подчинение командования Морских сил Республики. Главная база — Петрозаводск. Корабли флотилии совместно с войсками Северного, а затем Западного фронтов вели боевые действия с белогвардейцами и интервентами на Онежском и Ладожском озерах. Флотилия была расформирована в марте 1920 года.

Командующие: Федотов Д.И. (6–11.1918); Панцержанский Э.С. (11.1918–3.1920).

Припятская военная флотилия была сформирована в июле 1919 года на реке Припять для совместных действий с войсками Западного фронта против интервентов и белогвардейцев в районе города Турова. Главная база — Мозырь. Флотилия обеспечивала переброску войск Красной Армии и перевозку грузов. Была расформирована в сентябре 1919 года. Ее корабли и личный состав вошли в состав Днепровской военной флотилии.

Командующие: Иокиш Н.А. (7–8.1919); Пашкин П.И. (8–9.1919).

Рижская военная флотилия была сформирована в октябре 1917 года. 21 февраля 1918 года из-за угрозы захвата германскими войсками все суда флотилии, находившиеся на зимней стоянке в Пернове, были взорваны.

Сайменская озерная флотилия в октябре 1917 года перешла на сторону большевиков. Главная база — Вуоксенниска. В апреле 1918 года была расформирована в связи с отделением Финляндии от России и эвакуацией с ее территории русских войск.

Командующий — Рябинин Н.А. (10.1917–4.1918).

Северодвинская военная флотилия была сформирована в августе 1918 года для действий против интервентов и белогвардейцев на реке Северная Двина. База — Котлас. Флотилия подчинялась командованию Северного фронта, осуществляла артиллерийскую поддержку войск Красной Армии, высаживала десанты, обеспечивала воинские и народно-хозяйственные перевозки. 26 мая 1920 года флотилия была расформирована, ее корабли вошли в состав Морских сил Северного моря.