В мае 1858 года были выпущены заключительные тома его большого труда. Этот многотомный труд не стал, конечно, бестселлером, а его издание было весьма рискованным мероприятием. Издательство «Лонгман и К°» предусмотрительно выпустило первые три тома тиражом лишь 1250 экземпляров, но вскоре допечатало еще 1000 экземпляров. Однако потом число покупателей уменьшилось, так что последние тома можно было выпустить общим тиражом только 1000 экземпляров. Это ни в коей мере не было вызвано отсутствием интереса к тематике, ибо книги Давида Ливингстона, который с декабря 1856 года поддерживал с Бартом дружеские отношения и посвятил ему первое сочинение о своем путешествии по Южной Африке, были напечатаны тиражом 50 тысяч экземпляров и моментально раскуплены.

Как уже было отмечено выше, Барт, выполняя поручение английского иностранного ведомства, во время своей африканской экспедиции вынужден был устанавливать торговые связи. Лорд Кларендон, ознакомившись с отчетом о путешествии, в апреле 1857 года направил послания шейху Томбукту, а также правителям Сокото и Борну, в которых выразил благодарность за поддержку, оказанную экспедиции Барта, и пытался заодно придать конкретную форму торговым отношениям, которые Барту удалось установить. Кроме того, он вновь пригласил членов семьи шейха Эль-Баккаи в Европу.

Эль-Баккаи решил отправить в Европу миссию, в которой находились его зять и племянник. 22 июня 1857 года они прибыли в Триполи и собирались отбыть в Лондон. Однако приезд миссии пришелся там некстати: их продержали несколько месяцев и под сомнительным предлогом отправили обратно домой. Барт, передавший в свое время приглашение в устной форме, воспринял эти акции как личное оскорбление. Его возмущение достигло предела, когда в 1858 году он получил письмо от шейха Эль-Баккаи, в котором тот дал волю своему негодованию по поводу действий английского правительства. Разумеется, он не сомневался в искренности Барта и считал его непричастным к этой афере. «Ну и пусть они так поступают, — писал Барт свояку. — Это еще раз говорит о том, что англичане в своем миссионерском лицемерии ничего не смыслят, и то, что я им предоставил щедрой рукой, они втоптали в грязь. Надо только, чтобы господа, живущие у Нигера и у озера Чад, знали, что я их не обманул».

Отношения Барта с иностранным ведомством все более обострялись, и дело кончилось полным разрывом. Среди прочих действий англичан, оскорблявших Барта, было и еще одно: когда 26 марта 1857 года к рекам Нигер и Бенуэ была отправлена пароходная экспедиция, организованная по его же инициативе, Барта даже не сочли нужным информировать об этом, хотя он принимал участие в подготовительных работах. Правда, вскоре члены экспедиции жестоко поплатились за это. Вблизи Раббы судно село на мель, так как путешественники пренебрегли советом Барта послать вперед пароход с меньшей осадкой. Руководитель экспедиции капитан Бейки вынужден был почти шесть лет жить на застрявшем в реке судне. После того как его удалось снять с мели, оно достигло Кано, а затем Сокото.

Жизнь крупного ученого осложняли и другие неприятные обстоятельства: ему так и не был вручен давно обещанный орден Бани; завязанные им торговые отношения не получили развития; даже многочисленные образцы товаров, которые он с огромными трудностями провез через пустыню, оставались лежать мертвым грузом в нераскрытых ящиках. В письме Бунзену от 9 января 1858 года Барт высказал все, что у него наболело: «Интерес, который Вы проявляете к моему труду, окрыляет меня и придает новые силы. В целом я убежден, что мой труд воспринят здесь, как и в Германии, дружелюбно, хотя в Англии большая часть не признает его, по крайней мере публично. Как раз во время недавнего празднования рождества Христова я вынужден был вновь распутывать хитросплетения отвратительнейших интриг, о которых Вы даже не имеете представления… Положение вещей таково, что едва владею собой».

Все эти обстоятельства и побудили Барта как можно скорее покинуть Англию. Закончив последний том, посвященный путешествию, он 21 августа 1858 года отбыл в Германию.

Сбудется ли здесь его заветная мечта о независимости? Нашлась ли для него подходящая должность? С возвращением вновь встали проблемы будущего. Трехгодичное отсутствие привело к тому, что все прежние связи были прерваны, а Барт и теперь не желал закабалять себя службой. Больше всего он хотел бы путешествовать. Поскольку теперь присоединиться к африканской экспедиции у него не было возможности, он решил принять участие в путешествии на побережье Средиземного моря с целью его исследования.

Прошло 11 лет с тех пор, как Барт впервые побывал в Малой Азии, и осенью 1858 года он вновь прибыл в Константинополь (Стамбул), чтобы отсюда начать путешествие в глубь страны. Уже здесь чувствовалось, что политическая и экономическая зависимость Турции от стран Запада, и прежде всего от Англии, усилилась. Начиная с 40-х годов в стране стали развиваться капиталистические отношения, ускорилось проникновение в страну западноевропейского капитала и подчинение ее законам мирового капиталистического рынка. Результаты сближения с Западом были двоякими: с одной стороны, заимствование капиталистического опыта в сфере производства, образования, управления и права, что шаг за шагом приводило к ликвидации закоснелых феодальных институтов, а с другой стороны, усиление полуколониальной зависимости от ведущих капиталистических стран, переросшей после Крымской войны в финансовое порабощение, что повлекло за собой рост цен. Барт во время своей поездки видел немало примеров ухудшения жизненного уровня народа.

25 октября 1858 года корабль пересек Босфор, пролив, подчиненный, согласно Лондонской конвенции 1841 года, международному режиму, и вышел в открытое море, а спустя два дня был в Трабзоне — исходном пункте экспедиции. Барт, сопровождаемый д-ром Мордтманом, поверенным в делах ганзейского союза в Константинополе, поставил себе целью вновь посетить те знаменательные места, где он уже бывал прежде, чтобы разыскать и изучить памятники, обследовать которые во время первого путешествия не удалось.