Крупный транспорт «Колхида» продали на слом в Турцию. Списали водоналивной танкер «Абакан» (в 1993 г.), водоналивной танкер «Сура» в 1997 г. был передан ВМС Украины, получив при этом название «Судак» (U756).

По разделу флота в 1997 г. рефрижераторное судно «Миус» отошло российской стороне. Базировалось на Южную бухту Севастополя. После длительного отстоя в Южной бухте в апреле 2012 г. судно поставлено в 91-й судоремонтный завод ЧФ РФ (Севастополь).

Рефрижератор-водолей «Маныч» (пр. 1549) находился на долгом ремонте в Болгарии. В 2010 г. судно получило новый экипаж с перечислением в состав Северного флота и 1 июня 2011 г. убыло из Севастополя, взяв курс на свое новое место приписки — Мурманск.

Лишь плавмастерские ПМ-56, ПМ-138 (пр. 304), ПМ-24, ПМ-26 (пр. 301М) и морские буксиры МБ-30, МБ-304 (пр. 745), МБ-36 (пр. 714) пребывали в хорошем техническом состоянии.

Из состава 57-го дивизиона морских и речных судов обеспечения (ДМРСО) танкеры «Иргиз» (пр. 512) и «Золотой Рог» были переведены на Балтику.

Большое кабельное судно «Цна» (пр. 1112) в 1993 г. отошло ВМС Украины, где получило новое название «Новый Буг» (бортовой номер U851). После долговременного отстоя у причала и разграбления судно было выведено из состава ВМСУ и в начале 2000-х гг. продано частному украинскому предприятию «Экотех» (г. Симферополь), получив новое название «Экотех». Прошло восстановительный ремонт и модернизацию на Севморзаводе в Севастополе. Судно «Экотех» было введено в эксплуатацию в ноябре 2005 г., флаг поднят 4 ноября 2005 г., порт регистрации — Севастополь. В 2008 г. судно прошло докование и реновацию корпуса. Судно «Экотех» базировалось на бухту Камышовую, Севастополь. В конце августа 2011 г. судно-кабелеукладчик «Экотех» было приобретено российской группой компаний DSMU для ООО «ДСМУ-Газстрой». 23 октября 2011 г. судно получило новое название «Академик Андреев», порт приписки — Новороссийск.

Гидроакустическое судно физического поля СФП-322 (пр. 1806) поставили на отстой, как предназначенное для передачи Украине, а все его оборудование разграбили. 1 июля 1997 г. судно было передано ВМС Украины, получив там название «Северодонецк» (бортовой номер — U812).

В терпимом .состоянии находились лишь малые танкеры «Дон» (пр. 1541), ВТН-38 (пр. 1844Д), «Индига», «Сейма» (пр. 437М), «Истра», кабельное судно «Сетунь» (пр. 1172), да рейдовые буксиры и катера в количестве пяти единиц.

Сокращению подверглась 58-я группа морских и речных судов обеспечения (МРСО) с рейдовым буксиром РБ-136, тремя плавкранами и двумя грейдерами.

Была ликвидирована 61-я группа МРСО, в количестве 13 плавсредств, базировавшаяся на Поти. Часть захвачена Грузией, несколько буксиров успели уйти в кавказские порты России. Учебное судно «Тура» (пр. 860Б) в 1995 г. списали в Севастополе и продали на слом за рубеж.

Под украинский флаг перешла 70-я группа МРСО, базировавшаяся на Измаил. Черноморский флот потерял речные трофейные буксиры РБ-27, РБ-69, плавмастерскую ПМ-66, судно размагничивания СР-139, плавкран, семь крупных барж снабжения и пять буксирных и рейдовых катеров. Украине досталась и береговая инфраструктура Дунайской флотилии.

Под юрисдикцию Украины полностью перешла и Одесская 74-я группа МРСО. Украинский флаг взметнулся над морским буксиром МБ-158 (пр. 730), транспортом «Руза», танкером ВТН-81 (пр. 1844), судном размагничивания СР-173, баржами, мусоросборщиками, водолазными и рейдовыми катерами. Всего Черноморский флот потерял здесь 15 плавсредств и береговую инфраструктуру Одесской базы.

При оставлении базы в Феодосии был расформирован 132-й ДМРСО в составе более чем тридцати единиц. Списан на слом килектор КИЛ-13 (пр. 706). Сданы на разборку суда размагничивания СР-152, СР-174, СР-185 и РСР-426, суда-мишени СМ-178 и СМ-244. Разбрелись по азовским базам и Кавказу морские буксиры МБ-39, МБ-51, МБ-66, рейдовые буксиры РБ-44 и РБ-237, пожарный катер ПЖК-46. Часть их к 1997 г. уже списали на слом. Девять барж снабжения и плавкран уведены в Темрюк, а несколько рейдовых и разъездных катеров проданы коммерсантам.

Полностью ликвидирована 171-я группа ДМРСО, базировавшаяся на озере Донузлав. В ее состав входили: морской буксир МБ-132 (пр. 730), рейдовые буксиры РБ-256 и РБ-308, плавмастерские ПМ-152 и ПМ-183, ПЖК-20 и два водолазных катера, судно-хранилище СХЛ-7 (пр. 814), водолей МНС-276500 и четыре баржи снабжения. Из этого списка в 14 единиц удалось увести в Севастополь лишь судно-хранилище, водолей и пожарный катер.

На главную базу Черноморского флота — Севастополь — базировались 134-я и 142-я группы МРС и 230-й дивизион МРСО.

Базировавшиеся в Южной бухте подразделения 134-й группы МРСО потеряли списанными рейдовый буксир РБ-65, буксирный катер БУК-533 и два рейдовых катера. Сохранились транспортное судно «Альма», пять барж снабжения, три нефтевоза и два морских катера.

Из состава 142-й группы МРСО был выведен на отстой отопитель ОТ-463. Бывший флотский буксир знаменитой серии «СП» (построенный Севморзаводом), прошедший всю войну, сам по себе уже являлся памятником отечественного судостроения. По состоянию на начало 2014 г. ОТ-463 находился на территории артзавода ЧФ в Севастополе, пройдя в 2008 г. доковый ремонт.

Из состава этой группы на отстой также вывели три мусоросборщика и плавучую покрасочную станцию ППКС-15. Это судно служило на флоте образцом бесхозяйственности. Оно, вместе с серией однотипных судов, было куплено в Югославии. Но для проведения покрасочных работ (а судно способно за несколько часов полностью выкрасить крейсер) требуются специальные краски и растворители. Валюты для их покупки не было, и судно много лет стояло и потихоньку разворовывалось. Судно и по сей день находится в отстое в Стрелецкой бухте Севастополя.