Имелись и другие причины обращения в ислам. Так, в районах, где с XII в. среди крестьянства получило распространение учение богомилов, Католическая и Православная церкви вели против этого учения, еретического с их точки зрения, беспощадную борьбу. В этих условиях народные массы видели в переходе в ислам избавление от религиозных гонений. Кроме того, к исламу зачастую обращались те христиане, которые в результате военных действий оказывались вынужденными покинуть прежние места обитания и обустраиваться на новых землях, не сохранив при этом ни имущества, ни старых духовных ценностей и традиций. Наиболее массовый характер исламизация приобрела в Боснии и в той части албанских земель, где проходила главная дорога османского продвижения в Европу. Такие компактные этнические массы, как боснийцы, албанцы и некоторые иные, сохраняли свое этническое самосознание, но обычно местные жители, принимавшие ислам, теряли свои этнические корни и ассимилировались турками. Добровольное принятие ислама, связанное с желанием получить облегчение податного бремени и сохранить свой привилегированный статус, отличалось наибольшей массовостью.

Правда, бывали и взрывы воинствующего исламизаторства. В период завоеваний исламизаторами выступали зачастую многочисленные исламские секты. К XVI в., когда города на Балканах стали преимущественно мусульманскими, местные власти и мусульманское большинство также выступали порой как воинствующие исламизаторы, о чем свидетельствуют балканские жития христианских мучеников. Государственной же политики, рассчитанной на массовое обращение в ислам населения Балканского полуострова, в Османской империи не существовало. Более того, уже Мехмед II Фатих начинает регулировать межконфессиональные отношения в стране. Утверждаются так называемые миллеты — религиозные общины, которые получали от султана официальный статус и определенную внутреннюю автономию. Первым таким миллетом был объявлен Рум миллети, т. е. православная религиозная община. Ее главой стал назначенный султаном новый православный патриарх Геннадий Схоларий. Патриархия получила резиденцию в стамбульском квартале Фанар (Фенер). Хотя ее часто называют Греческой патриархией, предоставленная ей власть распространялась на всех православных империи — греков, болгар, сербов, молдаван, валахов, позднее православных арабов и др. Немного позднее были созданы яхуди-миллети и эрмени-миллети (еврейский и армянский). Мусульмане были объявлены миллети хакиме («господствующей общностью»), представители других религий — миллети махкюме («руководимыми, подчиненными»).

Был учрежден пост шейх уль-ислама — руководителя мусульманской общины, ведущего религиозного авторитета, который издавал фетвы, т. е. религиозные заключения о законности, с точки зрения мусульманской религии, того или иного действия властей или события, происходящего в стране. Он возглавлял корпус улемов (исламских богословов), религиозное образование и судебную (кадийскую) систему в стране. Руководители других миллетов подобные же функции выполняли среди своей паствы. Миллеты гарантировали для своих членов свободу веры, возможность соблюдения религиозных обрядов, сохранения церковных зданий, а также определенную судебноправовую автономию.

Все немусульмане Османской империи как жители исламского государства во всем остальном, помимо прав, предоставленных им миллетной автономией, должны были подчиняться государственным и исламским законам. Они платили подушный налог — джизье. Считалось, что они платят его за то, что государство гарантирует им защиту и освобождение от службы в армии. Существовали также и некоторые другие налоги, которые немусульмане платили в больших размерах, чем мусульмане, как официальную плату за право проживания в исламском государстве. И главное, немусульмане были полностью отстранены от государственного управления. В управленческих структурах могли работать лишь мусульмане.

Несмотря на завоевательные успехи и колонизацию, для большинства районов Балкан турки продолжали считаться пришлым населением. Их этническим центром оставалась Анатолия. Именно там и на примыкающих территориях Восточной Фракии шел в конце XV — первой половине XVI в. процесс складывания турецкой народности. В этот период в Анатолии сохранялось еще много кочевых и полукочевых племенных объединений, разнящихся особенностями хозяйственных традиций, языка и культуры. Однако чувство тюркской общности, связанной происхождением и историческими судьбами, страной обитания, культурой, религией, языковой близостью и новым характером хозяйствования, было уже достаточно развитым.

При этом для народности по-прежнему не было еще единого этнонима, самоназвания. Слово «турок» (тюрк) хотя и воспринималось всеми турецкими племенами, но оставалось чуждым для горожан, в самосознании которых на первый план выступала религия. Термин «османлы» (османцы, османы) также не стал этнонимом. Он означал лишь подданство либо принадлежность к правящему классу. Как этноним этот термин иногда использовался лишь за пределами страны, причем в двух вариантах — османы и оттоманы. Так же, как и термин «османлы», этноним «турок» вначале был воспринят иностранцами и средой нетурецкого населения Османской империи, а потом уже был принят самой народностью.

В мусульманской юридической науке (начиная с Ибн Халдуна и до современных фундаменталистских богословов) настоятельно проводится мысль, что шариат (т. е. совокупность юридических и обрядовых норм, вытекающих из тех общих положений ислама, которые изложены в Коране) может служить основой для решения любых жизненных проблем, а потому не требуется никаких иных законов, создаваемых правительством. В Османской империи кадийские (т. е. мусульманские, религиозные) суды руководствовались принципами этого общемусульманского права и его толкованием, принятым ханифитской правовой школой, считающейся наиболее гибкой из всех мусульманских правовых школ. При возникновении спорных вопросов запрашивались шейх уль-исламы, которые давали по этому поводу свои толкования — фетвы. Так как шариатское право не было кодифицировано, то эти фетвы становились определенным правовым основанием для последующих судебных решений.

Османские правители, однако, пошли дальше этой юридической практики и стали издавать законы (канун-наме), обобщающие складывающиеся в империи социальные отношения. Наличие канунов и шариата, т. е. двойственной системы законодательства, явилось особенностью, отличающей Османскую империю от других мусульманских государств того времени. Именно благодаря канунам османы сумели заимствовать многие порядки завоеванных ими стран. Наиболее активная законотворческая деятельность связана с двумя султанами — Мехмедом II Фатихом и Сулейманом I Кануни (Законодателем, 1520–1566).