Завоевание бирманцами в 1569 г. Аютии (тайского королевства, существовавшего с середины XIV по середину XVIII в. и больше известного как Сиам) представляло собой трагический эпизод истории этого государства, превратившегося в XV в. в одно из самых крупных и могущественных в ЮВА. Захватив значительную часть земель, принадлежавших когда-то Камбуджадеше, Аютия распространяла свое влияние и на остававшиеся под властью кхмеров территории, периодически попадавшие в вассальную зависимость от тайских правителей. Кхмеры попытались восстановить свои владения, воспользовавшись завоеванием Аютии Байиннаунгом в 1569 г., когда на 14 лет тайское королевство потеряло самостоятельность. Но в ходе правления короля Наресуана (Пра Нарета, 1590–1605), прославившегося своими победами над бирманцами еще в качестве наследного принца, в 1593 г. Аютия вернула монские провинции Тавой и Тенасерим, захваченные Пегу в 1568 г., а также в 1594 г. разгромила Камбоджу, вернув все земли, отнятые кхмерами (Чантабун и Корат, которые с тех пор прочно вошли в состав Сиама). В 1603 г. Наресуан посадил на камбоджийский трон своего ставленника, который сохранял вассальную зависимость от Аютии до 1618 г. В период правления Наресуана было также завершено объединение тайских земель под властью Аютии. Победоносное окончание войн с бирманцами отразилось и в культурно-религиозной жизни Сиама. Во многих местах, где проходили тайские войска, были основаны храмы, посвященные Наресуану. Новый расцвет Аютии привел в конце XVI — начале XVII в. к строительству на территории столицы новых храмовых комплексов, в том числе построенной по приказу Наресуана в честь победы над Бирмой пагоды в Ват Яй Чай Монгконе.

Существовавшее с XIV в. на территории современного Лаоса и северо-восточной части Тайланда и раздираемое на протяжении XV в. междоусобными войнами и мятежами в провинциях лаосское государство Лансанг («Миллион слонов») достигло расцвета в правление Потисарата (1520–1550). Было произведено административное деление столичного региона. На столичных чиновников возложили ответственность за различные функции государственного управления, в том числе за организацию обороны, налогообложение и внешнюю торговлю. Контроль за ситуацией в более отдаленных районах Лансанга его правители пытались осуществлять с помощью назначения родственников в наиболее важные мыанги (название полунезависимых княжеств, а позднее городов и областей на значительной территории Юго-Восточной Азии: в Таиланде, Лаосе, северной части Вьетнама, шанских областях Бирмы, а также в южнокитайских провинциях Юньнань и Гуанси) и заключения династических союзов с представителями крупнейших местных родов. Религиозная политика была направлена на распространение буддизма, в провинциях строились буддийские храмы и монастыри, запрещались «языческие» жертвоприношения духам, которые когда-то были частью «государственной религии». В 1533 г. Потисарат перенес столицу из Северного Луангпхабанга в центр страны, во Вьентьян, преследуя как экономические, так и политические цели. Ведя успешные войны с Аютией, Потисарат в конце своего правления присоединил к королевству другие лаосские княжества и Чиангмай.

В середине XVI в. Лансанг столкнулся с бирманской экспансией. При короле Сеттатирате (1550–1572) в 1564 и 1569 гг. лаосская столица и крупные города были взяты штурмом войсками Байинаунга, но в целом оба бирманских похода оказались неудачными. Лишь после загадочной смерти Сеттатирата в 1575 г. Лансанг был захвачен Байинаунгом, который посадил на трон своего ставленника и обложил Лаос тяжелой данью. Оказавшись в вассальной зависимости от Пегу, Лансанг уступил бирманским правителям контроль над захваченным в 1545 г. у Аютии Чиангмаем. Сопротивление лаосцев завоевателям было достаточно успешным и в 1593 г. Лансанг полностью восстановил свою независимость. Контроль центральной власти над владениями местных князей (мыангами) был непрочным, несмотря на то что его усилению способствовала внешняя угроза.

Распространение новых технологий ведения сельского хозяйства и спрос на лаосские товары «престижного потребления» (золото, слоновая кость, мускус) в соседних прибрежных районах Юго-Восточной Азии (Аютии, Камбодже) стимулировали экономическое развитие Лансанга. Этому способствовал и продолжавшийся процесс переселения лаосцев на юг, в более плодородные области. Тем не менее отсутствие у Лансанга выхода к морю позволяло его более удачливым соседям, в первую очередь Аютии и Камбодже, устанавливать условия экспорта из Лаоса золота и других товаров и ввоза индийских тканей и предметов роскоши для лаосской знати, а также контролировать доступ в Лансанг огнестрельного оружия.

Упадок Лансанга в конце XVI — первой трети XVII в., вызванный войнами за освобождение от бирманского господства и многочисленными смутами, на время приостановился в период долгого правления Сулигна Вонгсы (1637/1638—1694), восстановившего контроль Лансанга над частью провинций и наладившего торговые контакты с Голландией. Вскоре после смерти Сулигна Вонгсы в ходе борьбы между его наследниками и благодаря вмешательству в дела Лансанга более могущественных соседей (Вьетнама и Сиама) государство распалось на два княжества — Луангпхабанг и Вьентьян.

Государство вьетов, находившееся с начала XV в. под правлением династии Поздних Ле (1428–1527), продолжало завоевательные походы на юг, в результате которых большая часть чамских земель (за исключением самого юга Чампы — Пандуранги) оказалась под властью вьетнамцев. Пандуранга признала вассальную зависимость от Дайвьета, но сохраняла определенную автономию до 1832 г., когда она вошла в состав вьетнамских провинций. Часть чамов бежала в Индонезию, на Филиппины и на остров Хайнань. Правители Дайвьета проводили активную политику переселения вьетов на чамские земли, местное население вытеснялось со своих земель.

В начале XVI в., когда династия Поздних Ле стала приходить в упадок, четверо правителей сменили друг друга меньше чем за 20 лет, а за влияние в стране стали соперничать крупные чиновничьи роды Нгуен, Мак и Чинь. В 1527 г. в результате государственного переворота власть захватил Мак Данг Зунг (1527–1530). В результате междоусобной борьбы трех кланов основанная им династия Мак потеряла большую часть своих владений в 1592 г. и обосновалась на Северо-Востоке Вьетнама — в провинции Каобанг. Контроль над столицей Ханоем (Донгкинь) перешел к представителям рода Чинь, которые являлись фактическими правителями при марионеточных императорах из династии Ле. Главы рода Нгуен правили тогдашним Югом Вьетнама. В XVII в. эти династии фактически разделили страну на две части: северную под властью Чинь и южную под властью Нгуенов. Несмотря на политическую нестабильность, вызванную частыми междоусобными войнами, обе части страны достаточно успешно развивались, особенно на Юге: росли частновладельческие хозяйства, расширялось ремесленное производство и предпринимательство, интенсифицировались товарно-денежные отношения, торговля, добывающие промыслы.

В Малаккском султанате, образованном в начале XV в., во время правления султана Махмуд-шаха (1488–1511) политический курс зависел от того, кто занимал пост первого министра. Первые 10 лет им был талантливый политический деятель Тун Перак, фактический правитель страны, при котором соблюдалось равновесие между малайской и тамильской знатью. После его смерти это равновесие было нарушено: сначала при Тун Мутахире все ответственные посты в государстве заняли тамилы, а после его казни в 1510 г. — малайцы. В султанате еще более укрепились позиции ислама. Владения султана расширились до южных границ Аютии на севере и до Суматры на юго-западе. Находясь на пересечении торговых путей между Китаем, Индией, Сиамом, арабскими странами и Европой, Малакка являлась местом культурных контактов между различными цивилизациями. В XVI–XVII вв. мирные контакты сменились вооруженным противоборством с европейцами: стратегическое положение Малаккского султаната привело в 1511 г. к захвату Малакки и значительной части земель султаната португальцами, у которых город в 1641 г. отвоевали голландцы. Территория самого Малаккского султаната распалась на многочисленные более мелкие исламские княжества, чему способствовали португальцы, стремившиеся не допустить возникновения крупных местных государств.