С середины 20-х годов XVI в. в Нидерландах наряду с лютеранством распространялись более радикальные реформационные учения, прежде всего анабаптизм, сочетавший религиозно-мистические представления с радикальными социальными требованиями всеобщего равенства. Некоторые анабаптисты открыто призывали к насильственному свержению существующего строя. Особенно широко движение охватило Северные Нидерланды. В 1534–1535 гг. там прошла волна выступлений анабаптистов. Самые решительные устремились в Вестфалию на помощь анабаптистской Мюнстерской коммуне, в организации которой важную роль сыграли нидерландцы Ян Матисен и Иоанн Лейденский. В свою очередь, из Мюнстера тайно велась подготовка всеобщего восстания в Нидерландах. Весной 1535 г. в Северных Нидерландах собрались большие силы анабаптистов, готовые двинуться на помощь Мюнстеру. Но власти предотвратили поход и подавили выступления анабаптистов в Нидерландах. К 40-м годам XVI в. их учение эволюционировало, оформившись в непротивленческое течение баптизм.

Одним из самых ярких эпизодов социально-политической борьбы в Нидерландах в первой половине XVI в. стало Гентское восстание 1539–1540 гг. во Фландрии, вызванное политическими и религиозными притеснениями. В результате многомесячной борьбы власть в городе перешла в руки городского плебса и окрестной сельской бедноты. Только после того как в феврале 1540 г. в город вошли войска во главе с Карлом V, восстание, к тому времени уже распространившееся на значительную территорию провинции, было подавлено. Гент был обложен огромной контрибуцией. Карл V издал указ, известный как Конституция Карла V 1540 г. и лишавший города Фландрии политической власти и самоуправления. Борьба за возвращение утраченных привилегий, т. е. фактически за отмену Конституции 1540 г., станет одной из причин освободительной войны, которая во второй половине века охватит и все нидерландские провинции.

После подавления движений лютеран и анабаптистов в Нидерландах стало быстро увеличиваться число кальвинистов. И если более умеренное лютеранство получило распространение в основном среди оппозиционно настроенного дворянства и патрициата, то кальвинизм нашел своих сторонников в наиболее радикальных слоях общества: широкой бюргерской среде, городской и сельской бедноте, хотя руководящая роль в движении принадлежала городской буржуазии.

Остававшаяся верной императору часть нидерландского дворянства, занимавшая важные посты в государственном управлении, держалась католицизма. Преимущественно католическим оставалось и крестьянство.

Правительство не желало мириться с инакомыслием и ужесточало наказания еретикам. В 1550 г. появился «плакат», получивший название «Кровавый указ»: запрещалось читать, хранить и распространять произведения Лютера, Кальвина и других реформаторов. Но, несмотря на репрессии, властям все труднее было противостоять стремительному распространению кальвинизма, быстро вытеснявшего здесь все другие реформационные учения.

После отречения в 1555 г. Карла V от престола 17 нидерландских провинций и Франш-Конте (как и Испанию с ее колониями, и владения в Италии) унаследовал его сын Филипп II. Важнейшей частью своего государства он считал Испанию, а на Нидерланды смотрел прежде всего как на главный источник денежных средств, необходимых ему для активной внешней политики, не имевшей ничего общего с интересами нидерландских провинций. Филипп II занял еще более непримиримую позицию в отношении нидерландского сепаратизма, нежели Карл V. Невзирая на традиционную обособленность провинций, их вольности и привилегии, Филипп II начал вводить здесь новые порядки, сосредоточив всю власть в стране в руках преданных монарху членов Государственного совета.

Благосостояние Нидерландов в это время несколько пошатнулось, поступления в испанскую казну сократились. Одной из главных причин являлся кризис цехового ремесла, в противовес которому начинало широко развиваться мануфактурное производство в деревнях и новых городских центрах. Но новые предприятия вырабатывали более дешевые и грубые шерстяные ткани, и фламандские сукна стали уступать рынок английским. Одновременно сказывались и последствия революции цен, а также неурожай и голод 1556–1557 гг. Современники, не видя настоящих причин ослабления экономики и ухудшения условий жизни, приписывали все это новым методам управления испанских властей. С точки же зрения испанцев, основной причиной сокращения нидерландских доходов было распространение ересей. Решив искоренить кальвинизм, Филипп II укрепил в Нидерландах власть Католической церкви; более активно стала действовать инквизиция.

В начале своего правления Филипп II старался не ссориться с нидерландской знатью. Виднейшие ее представители были приглашены к участию в Государственном совете, а двое из них назначены статхаудерами важнейших провинций. В 1559 г. молодой дворянин Вильгельм Оранский (1533–1584), из династии Оранских-Нассау, стал статхаудером провинций Голландия, Зеландия и Утрехт, граф Эгмонт — статхаудером Фландрии.

Хотя политика Филиппа II в Нидерландах затрагивала интересы различных слоев населения, протестные настроения раньше всего возникли среди представителей местного дворянства. Центром оппозиции стали Генеральные штаты. Нуждаясь в значительных субсидиях, Филипп II в 1559 г. приказал созвать Генеральные штаты. Взамен представители нидерландской знати потребовали вывести из страны испанские войска, вернуть управление местным властям и отменить инквизицию. Ответ короля был резок и не содержал каких-либо обещаний.

Постепенно вокруг Вильгельма Оранского и графа Эгмонта сгруппировались дворяне, убежденные в том, что интересы Нидерландов приносят в жертву Испании. Нидерландская знать стала добиваться устранения испанцев из Государственного совета, предоставления высших должностей местным дворянам. И дворяне, и представители городов негодовали по поводу использования финансовых средств страны для военных действий Испании против Франции. Вызывало возмущение и то, что король прислушивался к мнению своего советника кардинала Гранвеллы, ставшего объектом всеобщей ненависти, а не более рассудительной наместницы Маргариты Пармской. В 1563 г. аристократическая оппозиция потребовала отставки Гранвеллы. За ее выступлением последовал протест мелкого дворянства: 300 представителей низшей знати подали наместнице прошение, добиваясь восстановления вольностей страны, отмены или смягчения «плакатов» против еретиков. Под их давлением король отправил Гранвеллу в отставку.