К 1 ноября 1798 года были освобождены три острова: Кефалония, Итака и остров Св. Мавры. Еще до подхода русских кораблей жители островов брали в руки оружие и восставали против французов. Как и на других островах, посетившего остров Кефалонию Ф.Ф. Ушакова население встречало с ликованием.

9 ноября 1798 года русско-турецкая эскадра подошла к острову Корфу. Предстояло самое трудное дело. Корфу с давних времен считался ключом к Адриатике. Кто владел Корфу, тот владел и Адриатикой. Не зря все старались завладеть островом. Главный город острова — Корфу располагался между двумя крепостями: Старой — венецианской, расположенной на оконечности узкого гористого мыса, и Новой — сильно укрепленной французами. Новая крепость состояла из трех отдельных мощных бастионов, соединенных между собой подземными переходами, с заложенными минами. К началу осады острова на Корфу был трехтысячный гарнизон с 650 орудиями, а также большим запасом боеприпасов и продовольствия. Перед Корфу находился небольшой остров Видо. Его горные возвышенности господствовали над городом и крепостью Корфу. Окинув взглядом оба острова, Ф.Ф. Ушаков указал на Видо: «Вот ключ к Корфу».

Установив тесную блокаду, русско-турецкая эскадра начала готовиться к штурму Видо. Высадку десанта произвели после мощной артиллерийской подготовки. Трехчасовой бой окончательно сломил сопротивление гарнизона. Понимая безнадежность своего положения, французы стали сдаваться. Однако бывшие в составе десанта турки, не слушая криков о пощаде, безжалостно резали неприятеля. Стараясь спасти пленных, русские моряки и солдаты окружили их стеной. Было приказано стрелять по туркам, если они будут пытаться уничтожать сдающихся французов. «Сия решительная мера спасла жизнь всех, может быть, французов, — турки не пощадили бы, конечно, ни одного».

Теперь оставалось решить главную задачу — овладеть двумя крепостями на самом острове Корфу — Старой и Новой. Высаженный заблаговременно отряд пехотинцев уже был готов к штурму Новой крепости. В назначенное время усиленные десантом с кораблей русские решительно атаковали укрепления и, преодолев с помощью штурмовых лестниц рвы, ворвались в крепость.

Падение Видо и Новой крепости резко снизило моральный дух гарнизона Старой крепости. 19 февраля комендант прислал к Ф.Ф. Ушакову парламентеров с предложением начать переговоры о сдаче. Итак, Ионические острова стали фактически русскими. Торжественно, с энтузиазмом встретило население шествие русских моряков во главе с Ф.Ф. Ушаковым по улицам города Корфу. «Радость греков была неописуема и непритворна. Русские зашли как будто в свою родину. Все казались братьями, многие дети, влекомые матерями навстречу войск наших, целовали руки наших солдат, как бы отцовские. Сии, не зная греческого языка, довольствовались кланяться на все стороны и повторяли: “Здравствуйте Православные!”, на что греки отвечали громким “Ура”».

Взятием Корфу завершилась полная победа Ф.Ф. Ушакова на Ионических островах. Европа не могла прийти в себя от удивления — флот взял сильнейшую крепость! Ликовали и в России. А.В. Суворов воскликнул: «Великий Петр наш жив. Что он, по разбитии в 1714 году шведского флота при Аландских островах произнес, а именно: природа произвела Россию только одну: она соперницы не имеет, то и теперь мы видим. Ура! Русскому флоту! Я теперь говорю самому себе: зачем не был при Корфу, хотя мичманом!».

Практически сразу с освобождением Ионических островов перед Ф.Ф. Ушаковым встал вопрос об управлении ими. 12 апреля 1799 года он предложил избрать от каждого острова делегатов и прислать их в Корфу. Здесь вместе с делегатами от Корфу они составили «Большой Совет», то есть, сенат, который приступил к выработке проекта государственного устройства островов.

Кандидатуру президента сената определил сам Ф.Ф. Ушаков. Им стал венецианский граф А. Орио. «Я его в пользу общественную поставил на сие место… К нему весь народ островов имеет доверенность и на него надежду полагает в рассуждении справедливости». Ему Ф.Ф. Ушаков и поручил разработать проект конституции Республики Семи островов. Первый проект не удовлетворил адмирала. После некоторых исправлений, внесенных специальной комиссией, Ф.Ф. Ушаков одобрил конституцию. В историю она и вошла как конституция Ушакова. Конституция начиналась преамбулой, гласившей, что она составлена в соответствии с указаниями Ушакова, Кадыр-Бея и посланием патриарха Греческого Григория V. Конституция состояла из 30 статей, определявших основы избирательного права, порядок центрального и местного управления, судопроизводство и другие вопросы.

В середине июня 1799 года для получения одобрения нового государственного устройства Ионических островов в Петербург и Константинополь отправились две делегации, избранные населением островов. Главной целью делегации, ехавшей в Петербург, было вступление островов в состав России. О ее намерении Ф.Ф. Ушаков писал так: «Как видно, дойдут до всякого бешенства, теперь они только дышат тою надеждою, что протекции России не лишатся, это только мнение оживляет их надежду, впрочем, все депутаты надежду имеют на Вашу только протекцию и покровительство, и искать будут оных и во всем будут Вам послушны, так как и мне, неограниченно».

После взятия Корфу и изгнания французов с Ионических островов очередь стала за Мальтой. Однако интересы России здесь столкнулись с интересами Англии. Это понимали и Ф.Ф. Ушаков, и командующий союзной английской эскадрой Г. Нельсон.

На море Англия никогда не была искренней союзницей России. Победы Ф.Ф. Ушакова на Средиземном море пугали англичан не меньше, чем победы Наполеона в Европе и в Египте, и это не могло не проявиться во взаимоотношениях между Ф.Ф. Ушаковым и Г. Нельсоном. В Средиземном море жизненные пути двух замечательных флотоводцев скрестились. «Официально» они пришли со своими эскадрами ради общего дела — изгнания французов с Ионических островов, с Мальты, из Южной Италии и для блокирования армии Бонапарта в Египте. «Неофициально» Г. Нельсон следил за каждым шагом Ф.Ф. Ушакова не только с подозрительностью, но с тревогой, ревностью, а иногда и с недоброжелательностью.

Прежде всего, адмиралы не могли не столкнуться при решении главного вопроса — о направлении своих действий против общего врага. Г. Нельсон желал, чтобы Ф.Ф. Ушаков взял на себя основную заботу по блокаде Александрии и египетских берегов. По мнению Г. Нельсона, задача Ф.Ф. Ушакова должна заключаться в том, чтобы не выпустить из Египта армию Бонапарта. Кроме того, русские должны были помочь своими морскими и сухопутными силами освобождению Южной Италии. Вот и все. Затем им следовало убраться туда, откуда они пришли, — в Черное море. Главное, считал Г. Нельсон, не дать русским обосноваться в качестве освободителей ни на Ионических островах, ни на Мальте. Особенно на Мальте.