Бурбоны вновь были принуждены покинуть полуостров и отправиться на Сицилию, где находились под защитой британского гарнизона и британского флота. Наполеон же передал Неаполь своему старшему брату Жозефу, который был коронован 30 марта 1806 г.; Фердинанд принял титул короля Сицилии. В 1808 г., однако, в Испании «открылась королевская вакансия», и Жозеф отрекся от неаполитанского престола, который Наполеон передал своему шурину Иоахиму Мюрату. Мюрат командовал кавалерией «Великой армии» и был одним из первых маршалов Империи.

Легко понять, что Наполеон ожидал от «короля Жоакино» всемерной поддержки Империи финансами и солдатами. Мюрат оправдал надежды, за девять лет в несколько раз увеличив численность своей армии — ее части несли службу в Испании, России и Германии. В отличие от большинства других монархов и правителей наполеоновской Империи, Мюрат с готовностью направлял свои войска в различные армии, где они служили не столько самому Неаполю, сколь-ко Франции.

Мюрат настолько вошел в роль короля (и так велики бы-ли амбиции его жены Каролины, сестры Наполеона), что после 1812 г. он начал интриговать с австрийцами, подготавливая почву для перехода на сторону антинаполеоновских сил в обмен на сохранение за собой трона. К началу 1814 г. соглашение было достигнуто, и Мюрат двинул армию на север, против вице-короля Италии Евгения, поддерживая австрийцев. Только первое отречение Наполеона стало причиной того, что Мюрату не пришлось вступить в бои со своими бывшими товарищами по оружию.

Противники Наполеона отказались подтвердить свои обещания, и в 1815 г. Мюрат провозгласил себя гарантом независимости Италии. Он полагал, что этот жест привлечет под его знамена старых итальянских ветеранов наполеоновской армии, пока противники заняты борьбой с вновь взошедшим на французский трон Бонапартом. Но еще до Ватерлоо австрийцы отразили вторжение Мюрата, и он был вынужден спасаться бегством. Пытаясь соперничать с императором, в октябре 1815 г. Мюрат высадился в Калабрии, надеясь отвоевать свой трон, но был пленен и после суда казнен — второй маршал, закончивший так свою жизнь.

Венский конгресс восстановил на неаполитанском тро-не Бурбонов, которые приняли титул правителей Обеих Сицилий. Фердинанд пытался повернуть вспять либеральные процессы, начавшиеся при Мюрате на материковой части королевства и британцами на Сицилии, но его реакционному правлению пришел конец после восстания 1820 года.

Правление Жозефа было недостаточно долгим для того, чтобы он смог существенно изменить законы своего нового королевства, но к делу были привлечены опытные французские чиновники, которые оказывали влияние на местную бюрократию. Часть неаполитанских чиновников старалась даже быть более радикальной и «националистической», чем их министры. Еще до введения Кодекса Наполеона в 1810 г. министерства прилагали усилия к тому, чтобы лишить аристократию юридических привилегий и избавиться от других феодальных пережитков, сохранявших силу в неаполитанском обществе. В числе прочего проводилась земельная реформа, призванная дать крестьянам доступ к современным методам ведения сельского хозяйства.

Специальных мер требовало искоренение традиционных для Неаполитанского королевства разбойников. Местные шайки зачастую находили покровителей среди знати, а попытки ограничить ее права вызывали серьезный отпор. Применение армии для уничтожения нескольких банд продемонстрировало, что государство может себя защитить, и к 1809 г. борьба против разбойников достигла заметных успехов.

В том же году Мюрат ввел призыв, чтобы увеличить численность армии. Это, однако, привело к тому, что ряды бандитов пополнились людьми, уклонявшимися от службы в армии. К 1811 г. достигнутый было успех был утерян, особенно после того, как британцы и укрывшиеся на Сицилии Бурбоны начали дестабилизировать режим Мюрата, вооружая и поддерживая наиболее крупные разбойничьи отряды. К 1811 г. целый ряд областей королевства уже не состоял под контролем неаполитанского правительства. По словам Майкла Броера, «если Испания стала для Наполеона Вьетнамом, то Калабрия была его Камбоджей».

Значительная часть неаполитанской армии отбыла на Сицилию с королевской фамилией, и Жозефу и Мюрату пришлось реформировать свои вооруженные силы. Многие из старших офицеров были неаполитанцами или по крайней мере итальянцами, и лишь незначительное число составляли французы.

Офицеры набирались среди знати, среди поддерживавших либеральное правительство и новые законы представителей средних классов, а некоторое их число выдвигалось из среды грамотных солдат.

Тем не менее на протяжении всего периода Наполеоновских войн неаполитанская армия славилась низкой дисциплиной и большим количеством дезертиров, бежавших при малейшей возможности. Таким образом, уровень профессионализма офицерского корпуса представляется весьма сомнительным.

Жозеф пытался формировать свою армию, увеличивая число солдат за счет заключенных местных тюрем — эту ошибку впоследствии так и не удалось полностью исправить. Попытки привлекать в армию добровольцев особого успеха не имели, а наборы на основе всеобщей воинской обязанности в Неаполитанском королевстве никогда не были столь успешными, как во Франции, Германии или других частях Империи.

По-видимому, проблема заключалась в отсутствии местной традиции военной службы, и при желании каждый мог найти множество лазеек, чтобы избежать призыва. Жозеф незаконно пополнял ряды своей армии солдатами польских полков, участвовавших в оккупации Неаполя, а Мюрат пытался делать это вербуя военнослужащих из состава французских оккупационных войск и даже удерживая на своей службе эскорт из своих прежних владений — Великого герцогства Берг. Одна из частей, 7-й Королевский африканский полк, была сформирована из бывшего французского полка Черных пионеров (Pionniers noirs), личный состав которого состоял из гаитянских военнопленных.