В течение зимы он несколько раз ездил в Тулон и Марсель для инспекции арсеналов и береговых батарей. Во время одной из таких поездок в Марселе царило большое возбуждение, и народный представитель Менье высказал ему свои опасения, как бы народные толпы не бросились к пороховым складам и к оружейным магазинам, находившимся в фортах Сен-Никола и Сен-Жан. Эти форты были разрушены народом во время революции. По просьбе этого представителя Наполеон составил проект возведения зубчатой стены, прикрывающей эти форты со стороны города.

План этот был послан в Париж и охарактеризован в Конвенте как контрреволюционный, направленный к восстановлению фортов для использования их против патриотов Марселя. Конвент особым постановлением вызвал начальника артиллерии Марселя. Этим начальником был полковник Сюньи; он отправился в Париж, но при первом же допросе выяснилось, что план составлен не им. Тогда приказ явиться в Конвент был направлен начальнику артиллерии армии.

В те времена террора обвинение было равносильно приговору. Наполеон потратил много усилий, чтобы рассеять подозрения и добиться отмены этого постановления. Это ему все же удалось, ибо начались передвижения противника. Народные представители писали, что его присутствие необходимо в армии, и побудили депутатов департамента Буш-дю-Рон отказаться от своих обвинений.

В течение 1792 и 1793 годов французский флот господствовал на Средиземном море. После взятия Онелья контр-адмирал Трюге стал на якоре в Генуэзском порту, где и пробыл долгое время, и оттуда направил к Неаполю контр-адмирала Латуш-Тревиля с десятью линейными кораблями. Командир порта вышел ему навстречу и предложил пропуск для шести кораблей, заявив, что король не может принять более значительного числа кораблей, не нарушив своего нейтралитета.

Адмирал обошелся без разрешения, бросил якорь перед окнами дворца и 16 декабря 1792 года отправил на берег гражданина Бельвилля, который в мундире национальной гвардии был представлен королю кавалером Актоном.

Он передал письмо контр-адмирала, в котором содержались следующие требования: 1) король должен заявить о своем нейтралитете; 2) он должен дезавуировать ноту своего посланника в Константинополе, в которой предлагалось Порте не принимать г-на Семонвилля в качестве французского посла. Он добился всего, что требовал: Неаполитанский двор счел для себя за большое счастье, что так дешево отделался от этого неприятного визита.

В январе 1793 года адмирал Трюге вышел из Генуи и стал на якоре в порту Аяччо, на острове Корсика. Там к нему присоединился транспорт с 4000 марсельцами, и он взял на суда 2000 человек линейных войск, которые Паоли, командир 23-й дивизии, передал в его распоряжение.

С этими войсками он отправился к островам Сен-Пьер и овладел ими, оставил гарнизон в форту и бросил якорь 12 февраля перед Кальяри, столицей Сардинии. В тот же самый день 800 человек под начальством полковника Цезаря Колонна отплыли из Бонифачо в сопровождении корвета и предприняли контратаку в северной части Сардинии. Об этой экспедиции было известно уже шесть месяцев, и сардинцы к ней приготовились.

Они встретили ружейными выстрелами парламентера, которого адмирал послал требовать сдачи Кальяри. Началась бомбардировка, и она еще продолжалась, когда к адмиральской эскадре прибыл, наконец, из Ниццы конвой с десантными войсками, которые составляла знаменитая марсельская фаланга, численностью около 3200 человек.

Немедленно был высажен десант. Тем временем контр-адмирал Латуш-Тревиль присоединился к эскадре со своими десятью кораблями. Все обещало полный успех, но ничто не смогло предотвратить поражения марсельской фаланги; прежде всего, она отказалась штурмовать днем важную позицию, господствовавшую над городом. Ночью же одни колонны открыли огонь по другим, беспорядок достиг предела и отовсюду послышались крики об измене.

Генерал Каза-Бьянка упрашивал адмирала вернуть войска на корабли; пришлось уступить. С помощью бомбардировки эскадра достигла довольно значительных результатов, но потеряла корабль «Леопард», который сел на мель, подойдя слишком близко к вражеским батареям. Поскольку экспедиция закончилась провалом, адмирал вернул в Италию различные вверенные ему части и ограничился тем, что прочно занял острова Сен-Пьер, эту столь важную промежуточную базу.

В связи с объявлением войны Англии и Испании он получил приказ вернуться в Тулон и отказаться, таким образом, от второй цели своей экспедиции, которая состояла в походе к Константинополю, для укрепления союза Порты с Францией и оказания воздействия на Россию. Марсельские войска были набраны наспех и руководимы клубами; во всех дружественных и нейтральных странах, где они высаживались, эти войска развертывали террор – всюду искали аристократов или священников, жаждали крови и преступлений.

Экипажи кораблей эскадры были полностью укомплектованы опытными матросами, но они постоянно митинговали и были заняты составлением и подписанием петиций, из-за чего на каждом корабле царила ужасающая анархия. Генерал Каза-Бьянка, командовавший десантом, был человеком очень храбрым; он отличился при завоевании Савойи, но не имел опыта как главнокомандующий; к тому же у него были плохие войска и вовсе не было штаба. Он не мог достигнуть успеха. Это тот самый, который потом стал сенатором.