Филарет с семьей и братом Иваном, ставшим при Лжедмитрии боярином, укрепили своё положение после убийства царя Василием Шуйским, опиравшимся на аристократию. Оставаясь простым монахом, Филарет оказал новому царю большую услугу, съездив за мощами царевича Дмитрия в Углич. Это произошло ещё до доставления патриарха Гермогена вместо свергнутого Игнатия. Скорее всего, по тайному соглашению с Шуйским именно Филарет должен был стать патриархом. Но стал он лишь митрополитом Ростовским и Ярославским третьим лицом Русской церкви. Митрополит нисколько не показал своего гнева. Слишком сближаться с узурпатором Шуйским Романову было унизительно, да и неблагоразумно в ходе вновь вспыхнувшей Гражданской войны.

11 октября 1608 г., когда переяславские ополченцы и московские ратники Петра Павловича Сапеги вошли в Ростов, Филарет оказался в кафедральном соборе с остатками паствы, большинство коей бежало в Ярославль. Облаченный в архиерейские одежды митрополит держался достойно, уговаривая ворвавшихся в храм воинов не совершать преступлений во имя нового самозванца — Тушинского вора. Филарет был избит, одет в сермягу и татарскую шапку и босиком отведён к Лжедмитрию II, подвергшись по пути разнообразным поруганиям.

В Тушинском лагере отношение к Ростовскому митрополиту оказалось совсем иным. Самозванец с распростертыми объятиями встретил своего "двоюродного брата" и сделал его "наречённым" патриархом. В таком качестве Филарет управлял церковью на землях, подвластных Тушинскому вору. Он нс собирался помирать от горя, как епископ Псковский Геннадий, влачиться от города к городу привязанным к пушке, наподобие Коломенского епископа Иосифа, или мучиться в Тушине, а тем более пытаться бежать оттуда, чтобы бить зверски убитым, как архиепископ Тверской Феоктист.

Филарет принял в своё "патриаршество" Суздальскую епархию, откуда был изгнан тушинцами и вскоре скончался архиепископ Галактион. Он торжественно служил и благословлял полки, отправлявшиеся разорять русские города и сражаться с воинами царя Василия Шуйского, благословленными патриархом Гермогеном в Успенском соборе. Однако опытный царедворец умел ходить по острию ножа и "не склонялся ни направо, ни налево". Согласившись стать "наречённым" патриархом, он ни в коем случае не оспаривал высшую пастырскую власть патриарха Московского и всея Руси. Его позиция была признана современниками нравственно оправданной. Заблудшие души сторонников самозванца тоже надо было спасать, и кому же делать это, если не знаменитому страдальцу! Сам Гермоген, сурово укорявший в феврале 1609 г. тушинцев, изменивших законному царю, "всей земле" и Богу, поминал Филарета как пример "мучеников господних", "которые взяты в плен… не своею волею, но нуждою", и "ради нынешняго временнаго страдания… удостоятся небеснаго царствия".

Фатально пострадать Филарет не спешил. Он выжидал до конца года, когда хаос в Тушинском лагере стал достаточным, чтобы начать тайные переговоры с осадившим Смоленск Сигизмундом III, королем польским и великим князем литовским. В январе 1610 г. в польском лагере под Смоленском посольство во главе с родственниками жены Филарета Салтыковыми обсудило условия приглашения на московский престол королевича Владислава, сына и наследника короля Сигизмунда. Поставленные Филаретом условия сохранения православной веры были приняты королём и сенаторами. Об этом Сигизмунд известил "патриарха" грамотой в феврале 1610 г. Однако уже 5 марта Тушинский лагерь исчез в огне, обитатели его разбежались по Руси, и хитрый план был на время забыт.

Филарет был захвачен поляками в плен, Несмотря на строгую охрану, митрополита по дороге к Смоленску освободили ратники царя Василия. Он прибыл в Москву, готовившуюся избавиться от власти Шуйского. Вскоре убийца первого и враг второго самозванца, во имя которого были пролиты реки крови, был свергнут в результате военного переворота. По иронии судьбы бояре, захватившие власть с обещанием выбрать нового царя "всею землею", прельстились именно кандидатурой Владислава, получив от поляков проект договора, который подготовил в Тушине "наречённый патриарх" Филарет…

Между тем патриарх Гермоген настаивал на избрании царя из русских, предлагая (кроме отказавшегося от этой чести князя Мстиславского) кандидатуры князя Василия Голицына или сына Филарета Михаила. Шансы 14-летнего Романова были велики, так что Филарет активно поддержал патриарха. Он даже агитировал с Лобного места против боярского замысла призвать Владислава. "Мне самому подлинно известно, вещал Филарет, — королевское злое умышленье над Московским государством: хочет он им с сыном завладеть, и нашу истинную христианскую веру разорить, а свою латинскую утвердить!"

Правительство Семибоярщины превозмогло, и Филарет целовал крест Владиславу, хотя благоразумно не дал этого сделать сыну, отговорившись его "малолетством". Это, по мнению современников, спасло страну позже, в 1618 г" когда Владислав с армией шёл на Москву. Но пока, в 1610 г., самые опасные для Владислава люди — Василии Голицын и Филарет Романов — угодили в посольство по призванию королевича на московский престол. 7 октября 1610 г. послы прибыли под Смоленск. Гермоген верил, что Филарет нс отступит от жестких требований по охранению православия, внесённых в наказ послам по требованию патриарха и подкрепленных его грамотами.