Отец наиболее вероятного русского кандидата на престол (раз уж Голицын оказался во власти поляков) был менее всех склонен к компромиссам на переговорах с поляками. Он стоял насмерть за каждый пункт посольского наказа, выполнение которых лишало поляков надежд на расширение их веры и государства за счет России. Филарет (как, впрочем, и другие послы) наотрез отказался выполнять капитулянтские требования московских бояр, не санкционированные Гермогеном. Он не только не стал "клясться на королевскую волю", но заявил, что именно "патриарх у нас человек начальный, без патриарха теперь о таком великом деле советовать не пригоже!"

26 марта 1611 г. канцлер Лев Сапега обвинил послов, что они "поджигали народ к неповиновению и мятежу, возбуждали ненависть к королю". Под угрозой заточения от Филарета под Смоленском (как и от Гермогена в столице) требовали, чтобы он написал к участникам Всенародного ополчения, призвав их отступить от Москвы. Как и патриарх, митрополит предлагал полякам сначала утвердить договор, дав гарантии незыблемости православной веры и Российской державы, а также покинуть русские пределы. Только после этого он с чистым сердцем мог призвать русских сложить оружие и установить всеобщий мир. "Я всё согласен претерпеть, — отвечал Филарет на угрозы поляков, — а этого не сделаю, пока не утвердите всего, что вам подано в договоре!" Готовность Филарета принять муки и смерть за православную веру и Отечество была высоко оценена современниками и сказалась при избрании на престол его сына Михаила.

13 апреля 1611 г. слуги русских послов были перебиты, имущество разграблено, а сами они отправлены в заточение в Польшу Первое время Филарет был заключён во дворце Льва Сапеги, позже в Мариенбургской крепости. В его отсутствие Москва восстала против изменников и оккупантов — и была сожжена интервентами по совету засевших с ними в Кремле бояр. Московское государство и все его институты испарились с дымом грандиозного пожара. Весной 1612 г. "Совет всей земли", собранный Мининым и Пожарским, от имени представителей всех 50 уездов страны провозгласил в Ярославле создание нового государства, Великой России, главой которого может стать только всенародно избранный православный царь.

После избрания Земским собором и воцарения Михаила Фёдоровича в 1613 г. имя "митрополита Московского и всея России" "великого государя" Филарета Никитича поминалось в храмах вместе с именем царя и его матери, "великой старицы инокини Марфы Ивановны". Лучшие надежды Филарета сбылись. Сын его и жена правили царством, митрополит Крутицкий Иона лишь "соблюдал" патриарший престол к его приезду. Но все русские посольства, старавшиеся вызволить Филарета из плена, были тщетны. Только когда в 1618 г. войска королевича Владислава были отбиты от стен Москвы и убрались восвояси, поляки согласились на размен пленных.

1 июня 1619 г., пробыв в плену более восьми лет, Филарет был обменен на пленного командира польского гарнизона в Москве полковника Струся при речке Пляновке. 4-го числа царь, двор, духовенство и бесчисленные толпы народа встретили его под Москвой. А 24-го оказавшийся в столице в поисках милостыни Иерусалимский патриарх Феофан посвятил Филарета в сан Московского патриарха.

В особо торжественной процедуре избрания и доставления Филарета участию Иерусалимского патриарха придавалось большое значение, как будто Московский патриарший престол учреждался заново. Потеряв в пожаре 1620 г. ставленную грамоту от Феофана и русских архиереев, Филарет позаботился о получении нового документа с Востока и от членов русского Освященного собора.

В речи при доставлении на патриаршество Филарет заявил, что его сын является прямым наследником Ивана IV, Фёдора Ивановича "и прочих прежде бывших царей российских". Эта версия вошла в чины царского венчания следующих Романовых вместе с молитвой Филарета о "распространении" благочестивого Российского царства "до концов Вселенной".

Но прежде, чем собирать "расточённые" земли, семейству Романовых следовало позаботиться о преодолении последствий Великого разорения и Смуты. "Великий государь" Филарет вплоть до своей смерти выступал официальным соправителем сына. Немалое влияние на придворные дела оказывала и его жена, "великая старица" Марфа Ивановна. В ряде случаев, например, в вопросе о женитьбе Михаила, её воля оказывалась сильнее желаний мужа и сына.

Мероприятия по "исправлению" и "устроению земли" глава правящего семейства начал с созыва очередного Земского собора о насущных нуждах сословий: прежде всего об упорядочении налогообложения и защите подданных от "сильных людей" (1619). В следующем году патриарх советовался с царем, Боярской думой и купечеством об английской торговле, в 1521 и 1622 гг. — о войне с Речью Посполитой.

Однако Земские соборы использовались в основном для обсуждения предложений правительства и решения их — например, о начале войны с Польшей и Литвой — были необязательны. Филарет явно стремился изжить традицию сословного представительства в пользу своего рода патриархального абсолютизма. Земский собор при нём исчез на целое десятилетие и только после смерти патриарха вновь стал собираться часто.

Созвать Земский собор в ноябре 1632 г. Филарета вынудила острая нужда в деньгах для оплаты наёмных регулярных полков — ударной силы огромной армии, призванной отвоевать у Речи Посполитой русские земли, потерянные по Деулинскому миру 1618 г. Патриарх был инициатором объявления войны с нарушением договора, до окончания перемирия, но не смог добиться у народа деятельного сочувствия своему начинанию.

Крах затеи Филарета подтверждал для современников истину, что "клятвопреступлением не сотворить доброго дела". Поляки и литовцы, на которых напали в период их раздоров после смерти короля Сигизмунда III, объединились вокруг его сына Владислава. Они сражались храбро и получили помощь от Крыма. Россияне, несмотря на иллюзию их волеизъявления Земским собором, дали денег меньше, чем собирали по решениям соборов в тяжелейшие годы после Смуты. Многие русские воины бежали из полков; командовавшие полками воеводы не шли на помощь главной армии; царский двор не доверял её командующему. Славно начавшаяся война кончилась катастрофой.