10(23) и 13(26) октября 1904 года последовали распоряжения Николая II о назначении ген. Куропаткина Главнокомандующим армиями: Маньчжурская армия разворачивалась в три, командование которым было поручено генералам от инфантерии Н. П. Линевичу (1-я армия), О.-Ф. К. Гриппенбергу (2-я армия), генералу от кавалерии А. В. Каульбарсу(3-я армия). Это были командующие Приамурским, Виленским и Одесским Военными округами {1704} . 12(25) октября от должности Наместника был отстранен Алексеев. Последним его занятием было рассмотрение распоряжения императора о плане присоединения Манчжурии к России после победоносного завершения войны (население Сибири в 1905 г. равнялось 5 760 169 чел. {1705} ., в 2,5 раза меньше, чем в Манчжурии). Считалось, что это будет достаточной компенсацией, т. к. контрибуции от Японии получить не удастся. Еще 10(23) октября Алексеев настаивал на обязательном включении контрибуции в условия будущего мира… {1706}

После отстранения Наместника с формальным двоевластием в командовании было покончено. Куропаткин сделался единственным распорядителем русскими военными силами на Дальнем Востоке. И вновь японское командование начало торопить Ноги со взятием Порт-Артура. Японская артиллерия активно и все с большим успехом обстреливала внутреннюю гавань. С 26 сентября(9 октября) по 18(31) октября японцы добились 41 попадания в корабли 11-дюймовыми снарядами и 26 — 120-мм и 6-дюймовыми снарядами. 17(30) октября двумя попаданиями 11-дюймовых снарядов был потоплен плавгоспиталь «Ангара», стоявший под флагом Красного Креста {1707} . В тот же день начался третий штурм крепости. «Третий штурм Порт-Артура, — отмечал британский офицер при штабе осадной армии, — был ужасной трагедией. Прежние штурмы в сравнении с ним были только стычками и прелюдией» {1708} .

Приказа начать атаку русской крепости японские солдаты и офицеры ждали уже несколько недель {1709} . 3 ноября страна Восходящего солнца праздновала день рождения Микадо, и армия Ноги рвалась вперед, для того, чтобы приподнести своему императору подарок {1710} . 30 октября началась артиллерийская подготовка. Японская артиллерия сочетала огонь фугасными снарядами, разрушавшими долговременные укрепления и шрапнелью, которая должна была вычищать от русской пехоты траншеи. 280-мм. снаряды играли роль главных разрушителей {1711} . Только в этот день по крепости было выпущено 1800 11-дюймовых снарядов. Всего же тяжелая артиллерия выпустила около 20 тыс. снарядов. Зрелище от обстрела с японских позиций было потрясающим. «Дым от тысяч рвущихся снарядов и шрапнелей разостлал свой голубоватый покров над всей местностью, умеряя все яркие оттенки, смягчая все резкие линии и скоплялся в долинах и ущельях, представляя как бы вечернюю мглу. Ежесекундно вспыхивали клубки белого дыма и большие столбы красноватой пыли, скрывая лучи солнца, которые нежно их освещали, окрашивая в золотые и медные тона, и самые пестрые цвета» {1712} . С позиций, занимаемых штабом Ноги казалось, что «…холмы охвачены громадным пожаром» {1713} .

Те, кто был на позициях, оставили более прозаичные воспоминания. По словам оборонявшихся, японские осадные орудия оставляли от наших укреплений только «груды щепок, песку, чугуна и камней и тела убитых» {1714} . Тем не менее, к большему удивлению осаждавших, их штурмующие колонны встретил плотный огонь {1715} . Потери, которые несла японская пехота, были чрезвычайно высокими {1716} . Она продолжала атаковать, но после двух дней кровопролитных боев японцам удалось закрепиться на ближайших подступах к двум русским фортам, после чего они вынуждены были вновь вернуться к осадным работам {1717} . Захваченные позиции получили у японцев весьма символическое название — «траншеи Крови». 27 ноября перед ними были собраны раненые — 208 офицеров и 5933 рядовых. Уборка тел и сбор раненых не закончилась в этот день. Более наступать Ноги не мог {1718} . Между тем неудача третьего штурма поставила под угрозу уже не только положение армий Ойямы, но и могла, по мнению Токио, повлиять на расстановку сил на море. В японской столице получили информацию о том, что русская эскадра, отправленная на Дальний Восток из Балтики, вошла в Индийский океан.

Пока в Порт-Артуре существовала еще русская эскадра и сама крепость не была взята японцами, скорость прибытия военно-морских подкреплений имела огромное значение, так как они могли бы изменить конечный результат борьбы за господство на море. Однако обстоятельства, при которых война застала Россию, чрезвычайно затруднили возможность использования фактора времени {1719} . Использование относительно короткого пути Севастополь-Дарданеллы-Суец-Сингапур-Порт-Артур исключалось. Султан отказался бы пропустить военные суда, т. к. естественно не хотел помогать своему старому противнику. Впрочем, у Константинополя была прекрасная отговорка: Великобритания постоянно угрожала, что в ответ на нарушение международного режима Проливов она прибегнет к блокаде Дарданелл {1720} .

Рассчитывать при таких обстоятельствах на возможность использования Суецкого канала русскими кораблями даже в случае прохода Черноморских проливов не приходилось. Предложение о подготовке похода на Дальний Восток части Балтийского флота было сделано в апреле 1904 г. в. — адм. Скрыдловым перед отъездом во Владивосток Готовить возможность реализации проекта поэтому пришлось контр-адмиралу З. П. Рожественскому. Ударная сила флота — новые броненосцы — еще не были готовы {1721} . 10(23) августа 1904 г. на совещании в Петергофе под председательством императора впервые был поставлен вопрос о возможности отправки на Дальний Восток части Балтийского флота для оказания поддержки Тихоокеанской эскадры, составе экспедиции и плане ее действий.

Предполагалось, что путь до Чусанского архипелага потребует 150 дней, при этом будет израсходовано 240 тыс. тонн угля {1722} . В результате была выяснена невероятность сохранения Порт-Артура и хотя бы части 1-й эскадры до прибытия подкрепления, невозможность занятия нейтральной территории Китая и трудность захвата неприятельских островов для устройства временной базы в Тихом океане, как это предлагал Рожественский. Именно он наиболее активно выступил в пользу этого похода. 1(14) сентября 1904 г. было принято решение начать его {1723} .

18(31) сентября Великий Князь Константин Константинович отметил в своем дневнике: «Существует два противоположных мнения о посылке этой эскадры на Дальний Восток; одно считает ее необходимой как для целей войны, так и для успокоения общественного мнения, возлагающего на эскадру большие надежды. Другое мнение считает посылку Балтийского флота запоздалым и бессмысленным, так как японский флот втрое сильнее нашего» {1724} . Последнего мнения, кстати, придерживался и Великий Князь Александр Михайлович, считавший, что эскадра будет «отправлена туда прямо на убой» {1725} , но к его доводам не прислушались. На принятие решения повлияли настроения и мысли, созданные вне стен Адмиралтейства {1726} .