За эти годы было сделано уже много. В период с 1893 до 1900 года Зелинским было опубликовано около 90 работ. Это были работы по изучению и синтезу органических соединений различных классов и исследования нефти. Новая для Зелинского область все больше захватывала его внимание. К концу 90-х годов в его лаборатории было синтезировано уже 22 искусственных углеводорода.

За семь лет работы в Московском университете Зелинский сумел создать свою школу химиков. Его первые ученики, последовавшие за ним из Одессы, Дорошевский и Крапивин и присоединившиеся к ним в Москве Лепешкин, Наумов, Генерозов, Радевич имели уже по нескольку печатных работ, проведенных под руководством Николая Дмитриевича. Окончили и были оставлены при кафедре химии Московского университета Н. А. Шилов и еще несколько талантливых химиков, а остальные разлетелись по другим городам, университетам, и теперь уже о них, как некогда о Зелинском, говорили: «Выпестовала их хорошая нянька. Как-то себя покажут?»

На смену окончившим Николай Дмитриевич привлекал новые силы. С удивительным умением распознавал он «настоящих химиков», выдвигал их, заинтересовывал работой. Уже вошли в его орбиту замечательные в будущем химики С. С. Наметкин, A. В. Раковский, Н. А. Изгарышев, Г. Л. Стадников, B. П. Кравец, В. В. Челинцев, Н. Л. Глинка и многие другие.

Н. Д. Зелинский сумел стать магнитом, который притягивал к науке талантливую молодежь. Он организовывал, ориентировал и давал свободно развиваться всем, кто желал и мог творчески работать.

Но не только в Московском университете протекала плодотворная деятельность молодого ученого. Еще экстраординарным профессором, в первые месяцы своей преподавательской деятельности, Николай Дмитриевич стал членом Московского общества испытателей природы и навсегда связал свою научную деятельность с этим старейшим объединением натуралистов.

Знали Зелинского и в Обществе любителей естествознания, антропологии и этнографии.

Работы свои и своих учеников Зелинский докладывал в Русском физико-химическом обществе. Он, как и другие ученые того времени, находил в этих объединениях выход своим мыслям, идеям, которых не пропускали казенные стены университета.

Николай Дмитриевич был также непременным участником большинства съездов химиков, всероссийских и международных. Здесь, как и во всем, сказывалась его огромная любовь к своему делу, стремление пропагандировать отечественные достижения, кипучая деятельность и неутомимость. Богатую натуру Зелинского понимал Менделеев. Предугадав в нем не только большого ученого, но и общественного деятеля, он привлек его к совместной работе.

В ответ Николай Дмитриевич писал:

«Высокоуважаемый Дмитрий Иванович! Ко мне обратился профессор О. Витте с предложением принять участие в организационной комиссии от России по делам международного съезда по прикладной химии. Он сообщил мне, что вы стоите во главе этого комитета в России и просите меня, в случае моего согласия принять участие в трудах комитета, написать об этом вам. Если вам нужны еще сотрудники, я с охотой буду таковым. Глубоко и душевно вам преданный Н. Зелинский».

Наступил вечер 31 декабря 1899 года, последний вечер XIX столетия. Текли его последние часы, летели минуты.

На Спасской башне Московского Кремля заиграли куранты. По морозному воздуху поплыли звуки: «Коль славен наш господь в Сионе….» Часы пробили двенадцать.

Наступил новый год! Новый, XX век!

Москва встречала его шумно, весело, многоречиво. В эту ночь говорили о том, что началась новая эпоха, новая эра, открылись новые горизонты, дороги, пути. Говорили: «Мы присутствуем при смерти старого, отжившего, при рождении светлого, нового…» Каждый верил в свершение того, что было ему близко, дорого, что составляло цель жизни.

Начало XX века обмануло ожидания многих. Только что отзвучали пышные новогодние тосты, как суровая, тревожная действительность напомнила о себе.

29 января 1900 года студенты выпустили гектографированную прокламацию за подписью «Московские товарищи». В прокламации возмущались сдачей киевских студентов в солдаты и требовали их возвращения и отмены «Временных правил» [4] .

Студенческие представители факультетов собрались в актовом зале и попросили выйти к ним ректора, готовясь в его присутствии провести сходку. Однако ректор не явился, сославшись на нездоровье. Сходка была перенесена на другой день. Но 3 февраля лекции были отменены, с утра двери университета оказались запертыми.

Толпа студентов пошла по Никитской улице, пели студенческие песни. Полиция никого не останавливала, и студенты понемногу разошлись.

Николай Дмитриевич тяготился бездействием. Несмотря на запрет, он продолжал работать в лаборатории, попадая туда через двери своего кабинета, смежного со служебными помещениями. Ему помогал Степанов.

Временное закрытие университета, как всегда, ничему не помогло. Студенческие волнения продолжались. Реакционная часть студенчества призывала к прекращению «беспорядков». Они выпустили воззвание и пытались распространить его среди студенческой массы.

Университетское начальство решило на каждом факультете, в коридорах, аудиториях и лабораториях вывесить воззвания и уведомить об этом профессоров.

Среди студентов в то время рассказывали такую историю:

Субинспектор лично принес воззвание в химическую лабораторию. Николай Дмитриевич стоял у рабочего стола, на столе были фарфоровые чашки с какими-то жидкостями. Профессор взял воззвание, внимательно прочитал и… уронил листок в одну из чашек. Тут произошло нечто неожиданное. Листка не стало! Он растворился в жидкости! Зелинский извинился: «Такой непредвиденный случай! Извините — химия!»