Епископ Акакий, под чье покровительство узник был переведен в Отроч монастырь под Тверью, был человеком мягким и сострадательным, хоть и «мало учен в грамоте». Он с уважением относился к своему подопечному, нередко обращался к Максиму за разъяснениями трудных мест в книгах, даже кормил ученого монаха со своего стола («яко и на трапезу ему седети вкупе со святителем и ясти с единаго блюда»).

В Отроч монастыре Максиму было дозволено пользоваться монастырской библиотекой, и он берется за переводы толкований на книгу Бытия, на Псалмы, на Пророков, на Евангелие и Апостол, пишет многочисленные собственные сочинения.

Как только появилась возможность писать, Максим Грек подробно описал гибель Савонаролы в «Повести страшной и достопамятной и о совершенном иноческом жительстве».

В «Исповедовании православной веры», написанном в духе его любимого Иоанна Дамаскина, содержится подробный ответ на два главных обвинения – в ереси и государственной измене. Максим Грек сам себе становится адвокатом: его «оправдательные» сочинения адресованы церковным и светским властям, друзьям, а некоторые – братьям-христианам всего мира, всему православному человечеству.

«Поскольку меня, невиновного человека, не страшатся называть еретиком, а также врагом и изменником Русской державы, то я счел необходимым отвечать о себе…»

«Молю всякого благочестивого священника и князя выслушать ответ мой.»

«Молю вас, православные, не слушайте такую неправедную клевету.»

В 1539 году в результате борьбы боярских кланов с московской кафедрой митрополит Даниил был низложен и сослан в тот же в Иосифо-Волоколамский монастырь, куда он четырнадцать лет назад велел заточить Максима Грека.

Максим отправил ему «Послание о примирении к бывшему митрополиту Даниилу, уже изверженному», напоминая о заповеди Христа примирися с братом своим (Мф. 5: 24), и даже первым попросил у него прощения.

«Знаю и хорошо помню, что я опечалил священную твою душу два или три раза, не послушавшись тебя в том, что ты мне тогда приказывал. Это мне стало известно из твоих слов, которые ты с негодованием высказал мне на суде, когда я был судим и допрашиваем на соборе: „Постигли тебя, окаянный, грехи твои, так как ты отказался перевести для меня священную книгу блаженного Феодорита“. По поводу этого ослушания объясню истину твоей святыне, что не по какой другой причине я тогда ослушался тебя, как только потому, что опасался, что перевод этот мог послужить претыканием и соблазном для некоторых православных…» Но все эти подробные, изложенные прекрасным литературным языком аргументы в невиновности и пояснения, почему его несправедливо считают еретиком, не снимали с Максима пожизненного заключения.

В Москве снова кипела борьба за власть, и тверской узник внимательно следил за событиями в столице.

В 1542 году поставленный на место Даниила митрополит Иоасаф был низвержен и сослан в Кириллово-Белозерский монастырь враждебной боярской группировкой во главе с Василием Шуйским. На московскую кафедру был избран образованный, известный на Руси своей ученостью и составлением сборников Великих Четьих Миней митрополит Макарий.

Максим Грек отправил ему десять тетрадей своих сочинений в надежде, что они помогут пересмотреть его дело.

«Я не знаю за собой никакой погрешности и никакой хулы относительно православной вашей и моей веры и ничего такого не писал и не говорил, как некоторые меня оболгали», – писал он владыке («Послание к Преосвященнейшему Макарию, митрополиту всея России»).

Максим умолял митрополита Макария отменить хотя бы приговор о лишении его Святого причастия, невыносимого для монаха. После пятнадцатилетнего заточения отлучение от Святых Тайн наконец-то было снято. Но свободу Максиму Греку так и не вернули.

«Узы твои целуем, как одного из святых, пособить же тебе не можем», – ответил узнику митрополит Макарий через своего посыльного.

В 1547 году в Москве на царство был венчан семнадцатилетний Иван, впоследствии прозванный в народе Грозным. Многие историки считают, что освобождение Максима Грека могло быть приурочено к венчанию на царство Ивана Васильевича (16 января 1547 года) или же к царской свадьбе (3 февраля 1547 года).

В «Сказании о Максиме иноке святогорце Ватопедской обители» говорится о двадцати двух годах, которые афонский монах провел в заточении, после чего царь «повелел взять его к себе на Москву».

По другим источникам, Максим Грек продолжал жить в Отроч монастыре и после 1547 года, и только в 1551 году игумен Троице-Сергиева монастыря Артемий выхлопотал у царя и митрополита право перевести ученого афонца в свою обитель.

«Предивный страдалец от многолетнего оного во узах и в темнице от многих мук был дряхл и болен ногами и всеми составы телесными», – говорится о невинном узнике в одном из древних сказаний («Сказание известно о приходе на Русь Максима Грека и сколько он претерпел вплоть до своей кончины» – в составе Четьих Миней священника Иоанна Милютина).