К суду над «кровавым» бароном готовились самым серьёзным образом. Обвинительного материала о преступлениях унгерновцев и их вождя в ходе Гражданской войны в Забайкалье было «хоть пруд пруди». В Николаевске по делу генерала был специально создан Чрезвычайный трибунал. Во главе его стал Опарин, большевик с большим стажем, начальник Сибирского отдела Верховного трибунала при ВЦИКе. Он был известен как «борец» за самые суровые наказания врагам Советской власти, будь то скрывавшийся в подполье колчаковский офицер или повстанец-крестьянин, Доведённый с семьёй продразвёрсткой до голодной крайности. Членами трибунала являлись: знаменитый командир сибирских партизан Кравченко, Габишев, Кудрявцев и Гуляев.

Законность действительно соблюдалась. Унгерну дали защитника в лице бывшего присяжного поверенного Боголюбова. Этому юристу, под тяжестью улик в отношении подзащитного, порой и сказать нечего было: Да и к тому же тот не скрывал своих преступлений на войне против красных, не юлил, не лгал в оправдание.

Общественным обвинителем стал не кто иной, как сам Емельян Ярославский (Миней Губельман), главный сталинский атеист и борец с любым религиозным «мракобесием». Он стал в истории России сокрушителем сотен и сотен древних храмов и монастырей, уничтожения или осквернения бесчисленного множества памятников духовной культуры не только русского народа. Фигура Емельяна Ярославского в советской истории действительно была одиозной.

В новониколаевской тюрьме тщательно охраняемый Унгерн просидел не больше недели. Его уже не допрашивали, поскольку он признался во всём. Судебное заседание (оно было открытым) началось ровно в полдень 15 сентября 1921 года в здании театра в загородном саду «Сосновка». Зрителей пускали по входным билетам, которые в руки случайных людей не попадали.

Стенограмма судебного процесса была почти полностью опубликована в новониколаевской газете «Советская Сибирь». Для того времени это был случай почти что уникальный. Обычно ограничивались только краткой информацией о приговоре.

Обвинение, которое зачитал председатель Чрезвычайного трибунала, состояло всего из трёх пунктов. Но каких! Генерала семёновской армии барона Унгерна обвиняли:

1. В преступных военных действиях под покровительством Японии при создании «центральноазиатского государства»;

2. В вооружённой борьбе против Советской власти с целью реставрации династии Романовых;

3. И, наконец, в осуществлении террора и массовых зверств.

Унгерн молча выслушал предъявленное ему обвинение, держась спокойно. Только «руки всё время засовывая в длинные рукава халата, точно ему было холодно и неуютно». Время от времени «подсудимый переступал ногами, обутыми в перевязанные ремнями монгольские ичиги».

После этого Унгерн садится на скамью, стоявшую на театральной сцене, и отвечает на вопросы «достаточно искренне», «тихо и кратко». При этом он «смотрит больше вниз, глаз не поднимает даже в разговоре с обвинителем»:

Опарин; Признаете себя виновным по данному обвинению?

Унгерн: Да, за исключением одного — в связи моей с Японией.

После этого председателем слово предоставляется общественному обвинителю Емельяну Ярославскому, Он начал задавать вопросы, которые, как казалось, были далеки от событий Гражданской войны и тех обвинений, которые были только что предъявлены подсудимому:

Ярославский: Прошу вас более подробно рассказать о своём происхождении и связи между баронами Унгернами-Штернбергами германскими и прибалтийскими.

Унгерн: Не знаю.

Ярославский: У вас были большие имения в Прибалтийском крае и Эстляндии?

Унгерн: Да, в Эстляндии были, но сейчас, верно, нет.

Ярославский: Сколько лет вы насчитываете своему роду?

Унгерн: Тысячу лет.

Ярославский: Чем отличился ваш род на русской службе?

Унгерн: Семьдесят два убитых на войне.

Ярославский: Судились ли вы за пьянство?

Унгерн: Нет.

Ярославский: А за что судились?

Унгерн: Избил комендантского адъютанта.

Ярославский: За что?

Унгерн: Не предоставил квартиры.

Ярославский: Вы часто избивали людей?

Унгерн: Мало, но бывало.

Ярославский: Почему же вы избили адъютанта? Неужели только за квартиру?

Унгерн: Не знаю. Дело было ночью...

После вопросов, которые сыпались как град, Емельяну Ярославскому предоставили слово для обвинительной речи. Он вновь отличился красноречием, закончив речь следующим:

— Приговор должен быть приговором над всеми дворянами, которые пытаются поднять свою руку против власти рабочих и крестьян!