Правда, при всей интернациональной идеологии случаи, когда ЧК в своей деятельности все же грешила использованием национальной розни между народами бывшей Российской империи, иногда действительно имели место. Так это было в Туркестане и Семиречье, где играли на запутанном клубке застарелой вражды здесь казаков, русских поселенцев, казахов, узбеков и других национальных групп. Зверства казахских постанцев при мятеже еще 1916 года в царскую эпоху, когда здесь массово резали «столыпинских» русских переселенцев, развернулись после 1917 года в ответную массовую бойню. Красные активно поддерживали этих крестьян, «новоселов», которые традиционно враждовали здесь с казахами и с местным казачеством. Здесь же советская власть и ЧК объявили себя защитниками угнетенных ранее небольших кочевых народов, направляя их против их «угнетателей» – казаков и «русских шовинистов» из белых колчаковцев. При участии ЧК в Семиречье создана из народа дунган целая красная конная бригада во главе с неким «красным дунганом» Масанчи, рубившаяся насмерть с казаками и используемая в походах по казачьим станицам ЧК как безжалостный карательный отряд. Нечто похожее использовано против поддерживавших массово белый режим Деникина казаков Дона и Кубани, против которых бросали «угнетенных при царе» горцев Северного Кавказа. Вот лишь одна выдержка из донесения в РВС от командования 9-й армии красных на Кавказе от 10 августа 1920 года, подписанного ее командармом Левандовским и комиссаром Полуяном: «В Терской области формируется Ингушский полк, который в силу знания особенностей горной местности и исторического взаимоотношения с казаками может быть с успехом использован в Кубанской области».

Иногда в случаях таких выступлений против советской власти вчерашних самых ярых ее защитников (бедных крестьян, матросов из Кронштадта, простых красноармейцев) в 1920–1921 годах на сторону восставших переходили и сами чекисты. В 1920 году против большевиков восстали части Красной армии в Верном (сейчас это Алма-Ата) из крестьян, недовольных продразверсткой и политикой Советов в селе – именно эти события описаны Дмитрием Фурмановым в его книге «Мятеж». И здесь одним из главных лидеров восставших солдат, практически захвативших на время Верный, стал бывший чекист и сотрудник особого отдела восставшей дивизии Чернов, после подавления мятежа в Верном одним из первых расстрелянный по приговору ревтрибунала своими бывшими коллегами. Когда на время восставшие части полностью овладели Верным, а Фурманов и его товарищи-комиссары оказались почти в положении их заложников (как водилось в таких случаях, восстание шло под модным лозунгом «За Советы, но без коммунистов и продотрядов»), на сторону повстанцев перешла почти вся местная Семиреченская ЧК во главе с ее начальником Авдеевым. Авдеев поддержал, скорее вынужденно, призыв к большей солдатской демократии, одобрил отправку ряда восставших частей на разоружение продотрядов по селам, а также по приказу созданного восставшими в крепости Верного революционного совета проводил со своими чекистами аресты тех комиссаров и большевиков, кто мятеж не поддержал. Эта активность тоже стоила Авдееву жизни, как и Чернов, он был расстрелян своими собратьями-чекистами сразу после подавления мятежа.

Там, где чекисты не поддержали крестьянских или солдатских выступлений, с ними восставшие расправлялись без жалости, давая выход уже накопившейся ненависти к проводникам политики военного коммунизма и «красного террора». В ходе восстания солдат частей Красной армии в Ташкенте в 1919 году местная ЧК просто перебита, сам председатель Туркестанской ЧК Фоменко убит солдатами. Во время восстания на красном Северо-Восточном (Актюбинском) фронте Долбушенского полка в том же 1919 году восставшие красноармейцы первым делом разгромили и сожгли здания особого отдела и политотдела фронта, убив начальника особистов фронта чекиста Чарикова. Командующий фронтом Астраханцев был ими тяжело ранен, а главный представитель ВЧК на этом фронте Иосиф Брегадзе жестоко избит взбунтовавшимися солдатами и чудом выжил.

Почти повсеместно на этой «малой Гражданской войне» в мятежах крестьян на селе или крестьян в форме солдат Красной армии заметна эта направленность против комиссаров и ЧК, как самых главных объектов ненависти после «продовольственной диктатуры» и необъявленной войны Лениным селу на истощение. Вот из массы почти однотипных примеров такого выступления в Красной армии так называемый «Стрекопытовский мятеж» 1919 года, очень схожий по сути с событиями в Верном или Ташкенте. Это выступление в белорусском Гомеле части Тульской бригады РККА во главе с ее командиром Стрекопытовым из призванных военспецов царских офицеров, к которому примкнули солдаты нескольких соседних частей. Восстание в марте 1919 года началось типично: «Нет продразверстке, да частной инициативе, вся власть Учредительному собранию, Советы без коммунистов!» Мятежным частям Стрекопытова удалось захватить губернский центр Гомель и соседний городок Речицу, и сразу был разгромлен Гомельский ревком партии, и сразу гнев восставшей солдатской массы обращен на местную ЧК. Председатель Гомельского ревкома большевиков Комиссаров, начальник Гомельской ЧК Ланге, управделами местной ЧК Бочкин – все они в числе первых захвачены и расстреляны мятежными красноармейцами. После подавления Гомельского восстания большими силами красных курсантов и частей ВЧК Стрекопытов с остатками своего отряда пробился к белым в Прибалтику и ушел в армию Юденича.

В других очагах крестьянских восстаний 1920–1921 годов сотрудники ЧК тоже переходили временами на сторону повстанцев и занимали в их рядах заметное положение. На Украине в эти годы сотрудник ЧК Лунев не просто перешел на сторону крестьян-повстанцев, а сам стал одним из наиболее опасных их атаманов, за которым охотились бывшие коллеги в кожанках. В 1920 году было массовое восстание крестьян в Воронежской губернии против продразверстки, армию повстанцев возглавил перешедший на их сторону командир полка РККА Иван Колесников, разбивший толпы повстанцев на полки и батальоны и создавший в их войске полевой штаб. Перебежавший к колесниковским повстанцам сотрудник местной ЧК Конотопцев создал у них настоящий особый отдел и службу разведки в их армии, позволявшие отрядам колесниковцев вовремя уходить от больших частей РККА. Окончательно движение воронежских крестьян Колесникова подавлено только в 1921 году, когда Воронежская ЧК сумела внедрить в его штаб в качестве любовницы молодую чекистку Екатерину Веренкину, которая выдала местонахождение штаба повстанцев и помогла его ликвидировать.

И в самом серьезном крестьянском выступлении антоновцев на Тамбовщине, когда настоящую крестьянскую армию восставших красные части Тухачевского смогли подавить только с применением отравляющих газов и ураганного артиллеристского огня, сметавшего мятежные села. Сам руководитель восстания Александр Антонов, левый эсер и бывший начальник советской милиции в тамбовском городке Кирсанов, после разгрома основных сил его мятежной армии еще партизанил и скрывался по тамбовским селам. Его убили в селе Нижний Шибряй в июне 1922 года именно в ходе оперативной чекистской операции, это не была войсковая операция армии.

ЧК под началом посланного сюда Петерса активно действовала против антоновцев оперативными методами. Чекистской операцией с использованием переодетых «прорвавшихся с Дона казаков», которых изображали конники Котовского, смогли выманить на переговоры и разгромить отряд антоновского ближайшего соратника Матюхина. В другом случае завербованный ЧК эсер Евдоким Муравьев внедрился в штаб Антонова и рассказывал там байки о существовании в Москве крупного подполья эсеров, которые ждут похода туда отряда Антонова. Муравьев по заданию ЧК пытался выманить в Москву на переговоры с несуществующим подпольем самого Антонова, но тот в это время был болен. А вот посланные им с Муравьевым в Москву эмиссары во главе с главным идеологом атоновщины эсером Ишиным захвачены ЧК на подставной «конспиративной квартире» в столице и позднее расстреляны чекистами. Начальник штаба восставших антоновцев белый поручик Токмаков выслежен и убит из засады. Бывший при Антонове чем-то вроде «президента» этой мятежной Тамбовской республики по гражданскому самоуправлению крестьянин Шендяпин тоже выслежен и окружен; когда под ним убили коня, Шендяпин застрелился, избегая пленения его ЧК. Уже к осени 1921 года с повстанческой армией Антонова практически было покончено, сам Антонов распустил свои последние отряды и с небольшой группой соратников скрывался еще более полугода по лесам и тамбовским селам.

Об обстоятельствах же ликвидации лично Антонова рассказал в своих мемуарах лично застреливший крестьянского вожака человек – сотрудник ЧК Покалюхин. Согласно его воспоминаниям из сборника «Антоновщина» 24 июня 1922 года в селе Нижний Шибряй скрывавшегося в соседнем лесу уже без большого войска Антонова караулила в засаде небольшая мобильная группа ЧК из семи человек, замаскировавшихся под рабочих и прятавших оружие под одеждой. Место ночевки Антонова, как это часто бывает в подобных случаях, выдал один из его доверенных связников – захваченный и перевербованный чекистами эсер Фетисов. Антонов пришел ночевать из леса в дом своей любовницы Натальи Катасоновой только в сопровождении одного телохранителя в лице родного брата. Когда чекисты обложили дом и бросили в него гранату, Антонов выскочил и отстреливался, почти добежал до леса, но пули из маузера чекиста Покалюхина свалили его. Младший брат Антонова тоже не сдался живым и был убит, беременную от Антонова Катасонову чекисты арестовали и на пять лет отправили в тюрьму только за то, что она «жила с Антоновым», уже в заключении она родила от покойного атамана дочь. Тело же самого крестьянского вожака антоновщины тайно было захоронено сотрудниками ЧК во дворе бывшего Казанского монастыря в Тамбове, где тогда обосновалась Тамбовская губернская ЧК, чтобы избежать поклонения ему от недовольных властью тамбовцев.