Война с местными крестьянами главным образом развернулась по левому берегу Луары, в Анжу, и по берегам Пуату. Революция, кроме бед и оскорблений обычаев, ничего не дала этому дикому краю, в котором издавна господствовали патриархальнофеодальные порядки. Священник и помещик в глазах безграмотных крестьян были наместниками Бога и Короля на Земле, и другого начальства никто из них знать не хотел. Вандея жила изолированно от всей Франции, и её нисколько не трогало, что там происходит в Париже. Вандейцы лишь знали, что их любимого короля убили, и теперь они воевали против тех, кто это сделал. Война приняла затяжной характер, потому что мятежников поддерживало всё население.

18 марта был подписан приказ о назначении Бернадота командующим Западной армией, а 17 апреля 1800 года он приступил к исполнению своих обязанностей в Вандее, сменив на этом посту Брюна. Начальником штаба у него стал генерал Тилли. К этому времени первый консул провёл с руководителями инсургентов переговоры, в результате которых в провинции в обмен на прекращение военных действий всем мятежникам была объявлена амнистия. В лесах остались лишь самые заядлые бандиты, для которых война, грабежи и беззаконие стали уже способом жизни. Их банды подлежали уничтожению. Эта задача и была возложена на боевого генерала Бернадота.

Самый опасный, фанатичный и жестокий вождь шуанов Жорж Кадудаль, крестьянский сын, весной 1800 года сбежал в Англию и договорился там с графом Артуа, будущим королём Карлом X, о том, чтобы поднять в Вандее новое восстание, скомбинированное с роялистским переворотом в Париже. В начале июня он появился в Вандее. Наполеон проинструктировал Бернадота о необходимости проведения в отношении населения умеренной политики и по возможности избегать репрессивных мер, особенно в отношении священников.

Наполеон в ночь на 6 мая отправился в Дижон в т.н. резервную армию, которую после подготовки он намеревался ввести в потерянную — благодаря суворовским войскам — Италию. «Я снова хочу подвергнуть себя батальным опасностям, — сказал он перед отъездом Бернадоту, — и кто знает, что может случиться со мной. Если погибну, вы с сорока тысячами окажетесь у ворот Парижа... в ваших руках будет находиться судьба республики». Был ли искренен первый консул, признавая соперника своим преемником у кормила власти? В искусстве лицемерия у него не было равных! Но как бы то ни было, отношения между обоими соперниками с этого момента стали улучшаться — во всяком случае, внешне.

Армия, в которую приехал Бернадот, вместо 40 едва насчитывала 18 тысяч и находилась в жалком состоянии. Солдаты месяцами не получали жалованья, голодали, ходили оборванные и грязные и в стремлении выжить добывали себе средства пропитания у местного населения, что приводило к нежелательным эксцессам. Вандейцы снова стали собираться на тайные сборища и доставать из тайников припрятанное оружие. Результаты перемирия и амнистии сводились на «нет», и в провинции вот-вот должна была опять вспыхнуть война. Особенно упорно сопротивлялись паси- фикации служители церкви, и Бернадот уже приходил к мнению о том, чтобы вместо амнистии применять к ним более суровые меры, например, трибуналы.

Основные свои усилия Бернадот направил на то, чтобы искоренить причины недовольства как среди солдат, так и населения. Там, где можно, он вёл переговоры с местными предводителями, там же, где считал необходимым, применял силу, а в отдельных районах ввёл-таки трибуналы. Он разъезжал по провинции и беседовал с населением, уговаривал крестьян, обещал им помощь и справедливость. Он пришёл к выводу, что карательные экспедиции и конфискация оружия были мало эффективны, и добился от правительства того, чтобы за добровольную сдачу крестьянами оружия выплачивались деньги. К концу августа 1800 года появились первые, хотя и скромные, позитивные результаты.

Одновременно с этим Бернадоту приходилось заниматься и борьбой с английскими десантами и охраной всего северо- западного побережья Франции. В июне 1800 года, после разгрома датского флота и расстрела Копенгагена65, здесь появился флот Англии с 18-тысячным десантом. Подразделения Западной армии метались по берегу и пытались помешать высадке противника. Решающий бой произошёл под Кибероном, там французы не дали высадиться англичанам на сушу и заставили их вернуться на корабли. Только близ о-ва Нуармутье англичанам удалось высадить большую группу французских эмигрантов во главе с Кадудалем. К счастью, боевой дух мятежников к тому времени уже иссяк, и зажечь пламя нового восстания шуанов Кадудалю не удавалось. Попытки англичан закрепиться на французском побережье тоже потерпели неудачу.

Летом 1800 года к генералу приехала супруга с сыном и поселилась в епископском дворце в Ренне. Здесь на неё сильное впечатление произвели местные обычаи и постоянная опасность. По сообщению Изарна, Дезире иногда переодевалась в офицерский мундир и сопровождала мужа на конных прогулках. Уезжая в Париж, она договорилась с адъютантами мужа о том, чтобы они хорошенько присматривали за ним. Потом Жерар и Морэн писали ей письма и докладывали, как они остерегают своего шефа: в комнате рядом со спальней Бернадота всегда ночевал адъютант, во время поездок вместе с генералом всегда спал Жерар, а на лестницах и под окнами спальни стояли часовые; на прогулках генерала сопровождали 5—6 самых верных людей, одетых в такие же мундиры, что и сам объект охраны — чтобы террористы и бандиты не сразу узнали, кто из них Бернадот. Аналогичные меры безопаности принимались на приёмах посетителей, во время завтрака, обеда и ужина и купания в ванне. Морэн успокаивал генеральшу, что жизни её супруга ничто не угрожает, потому что он пользуется в Вандее огромной популярностью. (Насчёт популярности высказываться воздержимся, но факт, что ни одной попытки покушения на жизнь генерала за всё время его службы в Вандее не было).