По состоянию на октябрь 2010 г. на вооружении авиации ВМС США состояло 185 самолетов F/A-18E и 226 самолетов F/A-18F.

К Тихоокеанскому флоту относятся эскадрильи VFA-2, 14, 22, 27, 41, 86, 94, 102, 115, 122, 137, 147, 154, 195.

К Атлантическому флоту относятся эскадрильи VFA-11, 31, 32, 81, 103, 105, 106, 136, 143, 211, 213.

Самолеты других типов, состоящие на вооружении некоторых приведенных выше эскадрилий, не указаны.

Самолеты «Супер Хорнет» также имеются на вооружении экспериментально-исследовательской эскадрильи 1/Х-23 (авиабаза Патаксент-Ривер, шт. Мэриленд) и эскадрильи боевого применения VX-30 (авиабаза Чайна-Лэйк, шт. Калифорния).

В июле 2002 г. эскадрилья VFA-115 на борту авианосца «Авраам Линкольн» была направлена в Персидский залив — предстоял рутинный шестимесячный поход, однако плавание продолжалось десять месяцев, за время которых эскадрилья дважды принимала участие в боевых действиях против Ирака.

Первые боевые вылеты летчики этой эскадрильи выполнили на «Супер Хорнетах» еще над Афганистаном, но оружие тогда полетах не применялось. Лейтенант Стивен Уэллборн из 115-й эскадрильи так охарактеризовал эти полеты: «Полеты планировались так, чтобы на практике проверить способность самолета выполнять посадки с максимально допустимой массой, при этом применение вооружения изначально не предполагалось. Боевой вылет продолжался от пяти до шести часов с дозаправкой в воздухе. В большей степени это была демонстрация флага».

Реальные боевые вылеты с применением вооружения самолеты F/A-18E 115-й эскадрильи выполнили в конце 2002 г. в период проведения операции «Southern Watch». Истребители-бомбардировщики патрулировали запретную для полетов иракских самолетов зону и несли по две 907-кг бомбы в сочетании с подвесными топливными баками и УР «воздух-воздух». Данный вариант вооружения был выбран в расчете на посадку на авианосец с полной боевой нагрузкой, чтобы не выходить за ограничения по максимальной посадочной массе. В первых пяти вылетах оружие не применялось. В шестом вылете командир пары лейтенант-коммендер Джон Тёрнер получил приказ нанести удар по позициям иракских ЗПК, обстрелявших самолет коалиционных сил. На цели с двух F/A- 18Е было сброшены четыре 907-кг бомбы BLU-109, поражение целей летчики наблюдали с помощью аппаратуры контейнеров ATFLIR. На отходе от цели самолеты попали под огонь зенитной артиллерии, но попаданий отмечено не было.

В ходе операции «Southern Watch» самолеты «Супер Хорнет» выполнили 214 боевых вылетов и сбросили по 14 целям 22 КАБ JDAM.

В январе 2003 г. авианосец «Авраам Линкольн», за три недели до планового окончания похода, получил приказ задержаться в Персидском заливе, а в марте началась операция «Iraqi Freedom» — вторжение международных сил в Ирак. В операции вновь приняли истребители-бомбардировщики эскадрильи VFA-115.

Обычно боевые вылеты выполнялись с боевой нагрузкой из четырех 907-кг бомб с лазерным или спутниковым наведением. Объектами ударов, в основном, являлись стратегические объекты нефтепререрабатывающей промышленности Ирака, расположенные в глубине страны. Впервые выполнялась дозаправка в воздухе над территорией противника, что стало возможным только с появлением «Супер Хорнет» — первого в авиации ВМС США заправщика, «способного постоять за себя». «Супер Хорнеты» не только наносили удары по наземным целям и использовались в качестве самолетов-заправщиков, но также выполняли тактическую разведку, а двухместные F/A-18F применялись как самолеты передового авианаведения.

При выполнении разведывательных заданий самолеты несли разведывательные контейнеры AST-228 ATFLIR (Advanced Tactical Forward- Looking Infrared) и ASD-12V. В эскадрилье VFA-115 имелось четыре разведывательных контейнера ATFLIR, испытания которых еще не были завершены. Из-за низкой надежности систем ATFLIR, летчики предпочитали использовать в боевых вылетах более старые контейнеры AAS-38B Nite Hawk: «Качеству изображения мы предпочли надежность работы».

Полеты на дозаправку в воздухе в качестве танкеров выполнялись с четырьмя подвесными 1800-литровыми баками под крылом, полностью заправленными топливом и заправочным агрегатом A/A42R-1 на центральном подфюзеляжном пилоне (эта конфигурация известна как «5 wet configuration») и УР «воздух — воздух» в «типовом» варианте вооружения для ведения воздушного боя. Лейтенант Уэллборн отметил, что «за исключением дозаправки в сложных метеоусловиях, «Супер Хорнет» выполнял данные задачи хорошо. Большим преимуществом «Супер Хорнета» перед S-3B является бортовая РЛС, позволяющая достоверно оценивать тактическую обстановку и управлять заправляемыми самолетами».

С полной заправкой внутренних баков и пятью подвесными баками «Супер Хорнет» несет топлива почти в два раза больше, чем S-3B; суммарная масса топлива во всех баках «Супер Хорнет» составляет 13154 кг. Согласно лейтенанту Уэллборну, обычное задание на дозаправку состояло из полета в одном боевом порядке с ударными самолетами до точки дозаправки над Ираком (до 300 км в глубь территории Ирака), возвращением на авианосец, прием топлива, взлет и дозаправка самолетов ударной группы на пути от цели. Дозаправка осуществлялась на высоте 9100 м при скорости полета 510–518 км/ч (заправщики S-3B выполняли дозаправку на эшелонах 4900 или 550 м при скорости 460 км/ч).