С 1 августа в связи с ОШМ в полку расформирована 3-я АЭ на самолетах МиГ-25РБ.

1999–2001.С 5 сентября 1999 г. по 28 февраля 2000 г. оперативная группа полка тремя самолетами МиГ-25РБ с аэр. Ахтубинск принимала участие в контртеррористической операции на территории ЧР. За это время в группе произошло 5 смен личного состава. В работе группы в общей сложности принимали участие 84 человека. За этот период летчики гв. п/п-ки Жарков, Иванов, Скворцов и гв. м-р Лоскутов выполнили 108 б/в на воздушную разведку. Специалистами фотослужбы изготовлено 536 фотосхем и фотопланшетов. Все летчики группы награждены боевыми орденами, а многие из специалистов ИАС и АФС — медалями. А всего с 1992 г. по 2000 г. в различных горячих точках СНГ экипажами полка выполнено 302 б/в.

С 6 по 14 сентября 2000 г. 6 самолетов Су-24МР (экипажи: гв. п-к Бондаренко — гв. п/п-к Барышников, гв. п/п-к Наевский — гв. м-р Донецкий, гв. п/п-к Золотов — гв. м-р Волосян, гв. м-р Триппель — гв. м-р Черепня, гв. м- р Пронин — гв. п/п-к Никитин, гв. м-р Александров — гв. ст. л-т Баранов), перебазировавшись на аэродром Мариновка, принимали участие в двухсторонних исследовательских учениях «Оборона-2000». Особо отличившиеся экипажи (Наевский-Донецкий, Триппель-Черепня) Главком ВВС и ПВО наградил именными часами.

Возвращение из боевого вылета над Чечней. Владимирова (Ахтубинск), октябрь 1999 г.

9 мая 2001 г. во время праздничных мероприятий, посвященных Дню Победы, в торжественной обстановке прошла церемония присвоения самолетам полка имен однополчан — Героев Советского Союза.

В конце мая 2001 г. новым командиром полка назначен гв. п-к В. Лопарёв.

В 2001 г. полк продолжает оставаться в боевом строю российской военной авиации, удерживая лидерные позиции среди авиационных полков наших ВВС.

15 августа 2001 г. 47-й Гвардейский разведывательный авиационный Борисовский-Померанский Дважды Краснознаменный ордена Суворова 3 ст. полк отметил 60-летний Юбилей!

Пе-Збис-разведчик «1 белый», 3-я АЭ, весна 1943 г. С января 1942 г. по апрель 1943 г. машина выполнила более 100 б/в. В конце апреля 1943 г., при посадке в грозу к-н Малютин потерпел на ней аварию.

Пе-2-разведчик «2 голубой» (зав. № 14/177), 3-я АЭ, весна 1944 г.

6 июля 1944 г. экипаж летчика Семёнова не вернулся на этой машине из боевого вылета. Бортовой номер сначала был белым, а когда подвернулась голубая краска, внутренняя часть была закрашена.

Пе-2-разведчик «4 красный», 3-я АЭ, осень 1944 г. Механик всех «пешек» — В. Силантьев.

Ил-4 «23 желтый», 2-я АЭ, лето-осень 1943 г.

Ту-2Р «4 белый», 1-я АЭ, весна 1945 г.

Ил-28Р «17 красный», 3-я АЭ. Мигалово, весна 1958 г.

Як-25Р «03 красный», 3-я АЭ. Мигалово, август 1958 г.

ЯК-27Р «75 красный», 1-я АЭ, лето 1963 г.

Як-28Р «28 красный», 2-я АЭ, лето 1975 г.

В феврале 1975 г. на все Як-28 47-го ОГРАП, участвовавшие в учениях «Весна-75», на фюзеляж перед килем нанесли вертикальную красную полосу

ЯК-28Р «29 красный», 2-я АЭ, лето 1981 г.

МиГ-25РБФ «20 красный» (заводской № 02032208), 2-я АЭ,

47-й Гвардейский разведывательный авиационный Борисовский-Померанский дважды Краснознамённый ордена Суворова авиационный полк. Шаталово, август 2001 г.

В связи с подготовкой к 60-летию полка, по инициативе Офицерского собрания, 4 декабря 2000 г. командир издал приказ № 234 «О нанесении символики боевых заслуг на самолётах полка и увековечении памяти однополчан — Героев Советского Союза». В соответствии с ним гв. п/п-ки Пазынич и Лавров разработали символику и изготовили трафареты. 5 апреля начались полномасштабные работы в эскадрильях по нанесению символики и имён Героев. Первыми именными самолётами полка стали Су-24МР «06» ВАЛЕНТИН СОКОЛОВ и МиГ-25РБФ «20» РОСТИСЛАВ ЯЩУК. 20 апреля на полёты уже вышли именные самолёты.