В 1700 году, после смерти патриарха Адриана, Петр предпринял ряд мер по ограничению влияния монастырей в России. Для управления обителями был учрежден новый орган, Монастырский приказ, во главе которого царь поставил мирянина, боярина Ивана Мусина-Пушкина. Дабы монахи и монахини могли целиком посвятить себя служению Господу, управление всеми хозяйственными и финансовыми делами монастырей было передано этому приказу. Царь решительно сократил приток нового пополнения в монастыри: он запретил принимать постриг дворянам, чиновникам, несовершеннолетним, а также всем, кто не умел читать и писать. Впоследствии правила ужесточились, и всякий желавший дать обет должен был испросить царского дозволения. Одновременно были закрыты вес обители, в которых насчитывалось менее тридцати человек. На их месте возникли приходские церкви или школы, а братию разослали по крупным монастырям.

Петра, как правителя, в первую очередь заботила роль церкви в обществе и ее место в структуре государственных институтов. Несмотря на сокрушительный удар по независимости церкви, нанесенный царем Алексеем Михайловичем, лишившим сана патриарха Никона, ко времени воцарения Петра Русская церковь еще сохраняла известную самостоятельность и по-прежнему обладала значительной властью. Патриарх имел собственный двор, своих чиновников, суд и финансовые службы. Население огромных церковных владений платило подати в патриаршую казну. Все вопросы, касавшиеся браков, прелюбодеяния, разводов, завещаний и наследования, рассматривались в церковных судах. Церковь же разбирала споры между мужьями и женами, родителями и детьми, духовенством и мирянами. Адриан, занявший патриарший престол, когда Петру было восемнадцать лет, обладал не столь сильным характером, как Никон, однако и он со своих крайне консервативных позиций постоянно вмешивался в личную жизнь царя, донимая Петра попреками и требованиями: поменьше знаться с чужеземцами, сменить европейское платье на традиционное русское и уделять больше внимания Евдокии. Неудивительно, что у молодого монарха возникло желание избавиться от назойливой личной опеки и вообще опостылевшей старины, воплощением которой являлся патриарх.

В октябре 1700 года Адриан скоропостижно скончался. Петр тогда находился при армии, у него не было готового решения относительно того, кто станет преемником Адриана, он лишь хотел видеть на патриаршем престоле человека, который не стал бы оспаривать верховенство светской власти над духовной и поддерживал бы задуманные перемены в церковном устройстве. Подходящей кандидатуры под рукой не оказалось, а времени на раздумья у государя не было. Царь не желал вручать высшую духовную власть случайному человеку и в то же время не решался упразднить пост патриарха вовсе, опасаясь посеять в стране смуту. Поэтому он выбрал компромисс: патриарший престол был объявлен «до времени» свободным, а дабы церковь не осталась без руководства, бразды правления были вручены местоблюстителю, который в силу неопределенности своего положения не мог стать средоточием власти. На том царь и успокоился. Духовенство настойчиво просило государя даровать церкви нового патриарха, но Петр всякий раз отговаривался тем, что слишком занят на войне и потому не может пока решить столь важный вопрос, требующий глубокого размышления.

В качестве местоблюстителя патриаршего престола царь избрал сорокадвухлетнего Рязанского митрополита Стефана Яворского, украинского монаха, получившего образование в Киево-Могилянской духовной академии, где уровень богословских знаний и общей культуры был намного выше, чем в Москве. Яворский был профессором богословия и произносил впечатляющие проповеди в главном киевском соборе – Софийском. Глубокий, звучный голос, театральные жесты, умелое сочетание учености и острословия позволяли ему легко овладевать слушателями, повергая их то в смех, то в слезы. В московских храмах Петру не доводилось слышать подобных ораторов, и потому царь по любому торжественному поводу с удовольствием внимал проповедям Яворского. Однако, сделав Яворского местоблюстителем, Петр не наделил его патриаршей властью. Управление церковным имуществом и сбор податей с церковных земель были переданы в ведение Монастырского приказа, который возглавил боярин Мусин-Пушкин. Впоследствии большая часть церковных доходов стала перечисляться в государственную казну, которая, в свою очередь, выплачивала из этих средств жалованье духовенству.

Яворского пребывание на высоком посту не слишком радовало. Он не был честолюбив и частенько с грустью вспоминал мирную, уединенную жизнь в Киеве. В 1712 году он обратился к Петру с прошением, умоляя освободить его от обременительной должности. Но Петр не видел Яворскому достойной замены, и тот продолжал оставаться местоблюстителем. Со временем, однако, авторитет Яворского в церковных кругах возрос, и митрополит стал энергичнее поддерживать духовенство в противоборстве с мирскими властями. Он все чаще стал протестовать против передачи значительной части церковных доходов на нужды армии. В самих его проповедях зазвучали мотивы, которые едва ли могли понравиться царю: так, митрополит осуждал мужей, принуждавших своих жен принять постриг, чтобы самим получить возможность вступить во второй брак. Всякому было ясно, в чей огород был брошен этот камень. В 1712 году, проповедуя в день Святого Алексея, Яворский назвал царевича Алексея «единственной нашей надеждой». Петр этой проповеди не слышал, но ее запись была доставлена царю. Петр внимательно прочитал проповедь, отмечая что-то пером. Не желая делать из Яворского мученика, государь не наказал его. Вместо того он написал митрополиту письмо, в котором недоумевал, почему духовный пастырь, прежде чем укорять царя прилюдно, не поговорил с ним наедине. Яворский ответил покаянным посланием, писанным «не чернилами, а слезами», и был оставлен на своем посту, хотя проповедовать ему царь временно запретил.

Между тем Петр присмотрел, опять-таки среди киевских монахов, подходящего исполнителя своих замыслов, касающихся преобразования церкви. Феофан Прокопович, еще молодой в сравнении с Яворским, но более искушенный в житейских делах, более практичный и несравненно более деятельный, оказался именно тем человеком, который был нужен царю. Это был истинный деятель просвещенного XVIII века, волею судьбы ставший священником. В нем сочетались качества администратора, реформатора, полемиста и, если угодно, пропагандиста, а главное, он полностью разделял взгляды Петра на необходимость модернизации и секуляризации Русской церкви. Для православного священника Прокопович обладал небывалой ученостью – был знаком со взглядами Эразма Роттердамского, Лютера, Декарта, Бэкона, Макиавелли, Гоббса и Локка. Феофан с детства остался сиротой, и его первым учителем был дядюшка, ученый монах из Киевской академии. Затем юноша продолжил образование в иезуитском коллегиуме в Польше, а после отправился в Рим – изучал там теологию. В Риме ему выпало стать свидетелем коронации папы Климента XI. Однако в итоге трехлетнего пребывания в Риме у Прокоповича сформировалась стойкая неприязнь к католицизму и папству. Вернувшись в Киев, он стал преподавать в академии – читал на латыни лекции по философии, риторике и пиитике и первым добился включения в учебную программу арифметики, геометрии и физики. В неполные тридцать лет Прокопович написал пятиактную пьесу в стихах о крещении Руси князем Владимиром. В 1706 году Петр посетил Киев, был в Софийском соборе и пришел в восторг от проповеди, читанной Прокоповичем. В 1708 году, когда Мазепа изменил Петру и сделал ставку на Карла, Прокопович без колебаний стал на сторону русского царя. Киевский губернатор, князь Дмитрий Голицын, отвечая на вопрос Петра относительно лояльности высших киевских иерархов, писал: «Узнать нет ли в ком из монахов подозрения трудно, потому что монахи всех нас чураются, во всем Киеве нашел я только одного человека, именно из братского монастыря префект, который к нам снисходителен». В 1709 году, после Полтавской победы, Петр снова приехал в Киев, где Прокопович произнес в его честь панегирик, превознося царя сверх всякой меры. В 1711 году Феофан сопровождал государя в несчастном для русских войск Прутском походе, а через год, в возрасте тридцати одного года, был назначен ректором Киево-Могилянской академии. В 1716 году Петр вызвал Прокоповича в Петербург, и тот навсегда покинул Киев.

В отличие от Яворского, Прокопович всецело поддержал стремление Петра подчинить церковь государству. Фоккеродт, секретарь прусского посланника Мардефельда, писал, что помимо широчайшей учености, Прокоповича отличает «безмерная преданность благу страны, даже в ущерб интересам духовенства». Неудивительно, что он не находил общего языка с длиннобородыми поборниками патриархальных традиций. Конфликт Прокоповича с рядом видных иерархов обострился в связи с тем, что они поддерживали царевича Алексея. В 1718 году Петр повелел высшему духовенству «учинить суд» над царевичем, 6 апреля, в Вербное воскресенье, Феофан Прокопович произнес пламенную проповедь, возглашая с кафедры, что царская власть установлена Творцом, вооружена мечом Господним и повиноваться ей – святой долг всех подданных без изъятия, а всякое противодействие есть грех перед ликом Господним. Он гневно порицал тех, кто полагал, что духовенству не обязательно верноподданнически служить своему государю. «Многие мыслят, – заявил Прокопович, – что не все люди обязаны повиновением властям, что некоторые исключаются, именно священство и монашество. Это терн, жало змеиное, дух папский, неизвестно как нас коснувшийся: священство есть особое сословие в государстве, а не особое государство в государстве». Вполне понятно, что многие церковники упрекали Прокоповича в низкопоклонстве, честолюбии, вероотступничестве и лицемерии. Когда Петр назначил его архиепископом Псковским, московское духовенство не преминуло обвинить новопоставленного архиерея в протестантской ереси. Это обвинение поддержал и Яворский, однако, когда Петр потребовал представить доказательства еретических воззрений Прокоповича, местоблюститель, оказавшийся не в состоянии их раздобыть, вынужден был отступиться.

Война со Швецией близилась к концу, и Петр все чаще задумывался о необходимости дать наконец церкви постоянное управление. «Временное» назначение Яворского местоблюстителем растянулось на восемнадцать лет, а русские архиереи без конца досаждали царю просьбами о поставлении патриарха. Долгое время Петр оставлял эти прошения без внимания, а когда наконец откликнулся, ответ его оказался вовсе не таков, какого ожидали церковники. За годы, прошедшие со времени кончины последнего патриарха, Петр немало поездил по Европе, побывал и в католических, и в протестантских странах и познакомился с принятыми на Западе формами церковного управления. Римскую церковь единолично возглавлял папа, а в протестантских странах руководство церковью осуществляли коллегиальные органы – синоды, ассамблеи или административные советы. Эта-то система и пришлась по нраву Петру. Он уже реформировал гражданское управление, заменив приказы коллегиями, а теперь задумал и церковь переустроить по аналогичному образцу. В конце 1718 года Петр поручил Прокоповичу подготовить проект нового церковного уложения, получившего впоследствии название «Духовный регламент». Этот документ должен был определить на будущее принципы управления Русской православной церковью. Долгие месяцы Прокопович упорно трудился над текстом Регламента, и в том, что этот документ увидел свет, ему, бесспорно, принадлежит основная заслуга, однако каждый раздел проекта внимательно прочитывался, а порой и переписывался самим государем.