Теперь это Национальный музей-усадьба Н. И. Пирогова, который включает в себя дом ученого, его аптеку, усадьбу, сад и парк, фамильную церковь, в которой покоится забальзамированное тело великого хирурга.

В коллекции музея более 15 тысяч уникальных экспонатов: личных вещей, медицинского инструментария, в библиотеке около 12 тысяч книг и журналов, многие из них с пометками самого Пирогова. Экспозиции музея рассказывают о врачебной, педагогической и общественной деятельности ученого. В восстановленном рабочем кабинете хирурга, его приемной комнате, операционной и аптеке все так, как было при его жизни. Восковые фигуры самого Пирогова и его пациентов усиливают у посетителей впечатление реальности всего их окружающего.

В честь Н. И. Пирогова назван Винницкий национальный медицинский университет – ВНМУ им. Н. И. Пирогова.

Улица Пирогова – самая длинная в Виннице, ее длина 8 километров.

Центральная городская больница Севастополя также носит имя Николая Ивановича Пирогова. Улица Пирогова в Киеве проходит от станции метро «Университет» до улицы Богдана Хмельницкого.

В честь Николая Пирогова назван астероид 2506 Pirogov.

Он был гениальным хирургом, анатомом, морфологом, педагогом и воспитателем. В его трудах немало страниц посвящено тому, как уважать свой народ и свою страну, как любить и защищать Родину.

21 ноября 1910 года в Петербурге в зале Городской думы на заседании, посвященном 100-летию Н. И. Пирогова, Анатолий Федорович Кони выступил с речью «Пирогов и школа жизни». Оценивая характер ученого, он сказал: «…есть, однако, характеры, до конца остающиеся верными себе, умеющие отдавать себя всецело и бесповоротно служению излюбленной идее, обладающие закалом для борьбы за нее и способностью проводить ее в жизнь. Людям, владеющим таким характером, свойственно то, что французы называют esprit de combativite (боевой дух). Они на своем житейском пути осуществляют завет Сенеки: „Vivere est militare“ (жизнь – это борьба). Таким именно характером обладал Пирогов. Он сам в „Вопросах жизни“ говорит: „Без вдохновения – нет воли, без воли – нет борьбы, а без борьбы – ничтожество и произвол“».

Пирогов был настоящим борцом. Его ум, интуиция и идеи опережали время. Он был и гениальным ученым, беззаветно преданным научной истине, и выдающимся государственным деятелем, и талантливым педагогом, и патриотом, самоотверженно служившим своему народу.

«Время, – писал Н. И. Пирогов, – обсудит и оценит лучше нашего и наши убеждения, и наши действия, а мы утешим себя тем, что и здесь на земле, где все проходит, есть для нас одно неразрушимое – это господство идей. И потому если мы верно служили идее, которая по нашему твердому убеждению вела нас к истине путем жизни, науки и школы, то будем надеяться, что поток времени не унесет ее вместе с нами».