Пирогов размышлял на страницах «Дневника» о назначении разума, его функциях. Он полагал, что мозг – исключительный орган индивидуального сознания. Мышление же зависит от мозга настолько, насколько он есть орган слова и ощущений, приносимых различными органами. Но Пирогов оставлял открытым вопрос о том, откуда же в нем берется сознание нашего «я»?

Много места в дневнике занимают рассуждения о вере, которую ученый считал психической способностью человека, более всех других отличавшей его от животных, о мировых религиях, среди которых он отдавал предпочтение христианству: «Для меня главное в христианстве – это недостижимая высота и освещавшая душу чистота идеала веры, ибо там выше законов нравственности поставлен был совершенно в другой сфере идеал неземной и вечный – будущая жизнь и бессмертие».

В подготовительных зарисовках к своим мемуарам Николай Иванович вспоминал, как встречался с Джузеппе Гарибальди и Львом Толстым, с Менделеевым и Склифосовским, Чайковским, скольким великим землякам и простым людям помог советом, рекомендациями, операциями и даже добрым словом…

Его дневник обрывается на воспоминаниях о первой жене Екатерине Дмитриевне (урожденной Березиной): «В первый раз я пожелал бессмертия – загробной жизни. Это сделала любовь. Захотелось, чтобы любовь была вечна – так она была сладка… Со временем я узнал по опыту, что не одна только любовь составляет причину желанию вечно жить. Вера в бессмертие основана на чем-то еще более высшем, чем сама любовь. Теперь я верю (или, вернее, желаю) в бессмертие не потому только, что любовью жизни за любовь мою – и истинную любовь – ко второй жене и детям (от первой), нет, моя вера в бессмертие основана теперь на другом нравственном начале, на другом идеале».

На этом дневник Пирогова обрывается навсегда.

За день до смерти, 22 октября 1881 года, Николай Иванович написал: «Ой, скорей, скорей! Худо, худо! Так, пожалуй, не успею и половины петербургской жизни описать». Он не успел.

За месяц до смерти Пирогова его супруга Александра Антоновна написала патологоанатому Давиду Выводцеву письмо: «Милостивый государь Давид Ильич, извините, если я Вас обеспокою моим печальным письмом. Николай Иванович лежит на смертной постели. Вы прислали ему ко дню юбилея Вашу книгу о бальзамировании. Могу ли я надеяться, что Вы предпримете труд бальзамирования его тела, которое я бы желала сохранить в нетленном виде. Если Вы согласны, то уведомьте меня».

Давид Ильич Выводцев – видный российский хирург и анатом, доктор медицины, автор ряда научных трудов в области топографической анатомии и хирургии, специалист по минимально-инвазивному бальзамированию трупов. Он был лечащим врачом Пирогова в последние годы жизни.

Метод бальзамирования, предложенный Выводцевым, был апробирован в ситуации внезапной смерти китайского посла в Санкт-Петербурге. Забальзамированное Выводцевым тело посла выдержало весьма длительное по тем временам путешествие в Пекин. Весь необходимый для процедуры бальзамирования инструментарий был также спроектирован им. За свой метод 19 января 1876 года доктор Выводцев был удостоен первой премии на Филадельфийской международной выставке.

Еще в 1879 году Д. И. Выводцев опубликовал свою работу под названием «О бальзамировании вообще и о новейшем способе бальзамирования трупов без вскрытия полостей, посредством салициловой кислоты и тимола», которая была практически единственной в России книгой по бальзамированию.

Давид Ильич согласился забальзамировать по своей методе тело Пирогова. На это требовалось разрешение Святейшего синода. Оно было получено. В виде исключения, «отмечая заслуги раба Божьего…», духовенство согласилось не предавать тело Пирогова земле, а забальзамировать его.

Бальзамирование могло быть эффективным, только если оно проведено сразу вскоре после смерти, поэтому к нему надо было приготовиться заранее. Вопрос о бальзамировании своего тела возник, по-видимому, у Пирогова не накануне своей смерти, он обдумал его значительно раньше.

Перед бальзамированием тела Пирогова Выводцев вырезал часть опухоли, занимавшей всю правую половину верхней челюсти и распространившейся по полости носа. Ее исследования в Петербурге подтвердили, что у Н. И. Пирогова оказался характерный «роговой рак», о чем он сам и писал.

До сих пор остается тайной, почему Пирогов разрешил забальзамировать свое тело после смерти. Перевозить тело никуда не требовалось, Николай Иванович оставался в своем фамильном склепе. Походить на царствующие особы великий хирург явно не желал, и его похороны были довольно скромными.

Николай Иванович Пирогов умер в селе Вишня 23 ноября 1881 года.

24 января 1882 года саркофаг с телом Николая Пирогова, дотоле пребывавший в деревянной кладбищенской церкви неподалеку от усадьбы, был установлен в склепе. Три года спустя над ним построили церковь, престол которой освятили во имя Николая Чудотворца.

Тело Пирогова пребывает в забальзамированном состоянии до сегодняшнего дня. По методике Выводцева специалисты из НИИ «Мавзолей Ленина» проводят раз в несколько лет ребальзамирование. И каждый раз убеждаются, что научный эксперимент Выводцева является уникальным.

После Великой Отечественной войны в усадьбе Пирогова, находившейся в крайне запущенном состоянии, благодаря усилиям военных медиков, согласно постановлению Наркомата здравоохранения СССР, начались работы по созданию в Вишне мемориального музея Пирогова, который был открыт в 1947 году.