Костомаров имел круг и других близких знакомых. «И. И. Срезневского долго не было в Харькове: он был за границей, куда отправился для изучения славянских языков; из других близких мне личностей, принадлежавших к университетскому кругу, я вспомню профессора Александра Петровича Рославского-Петровского, с которым я проживал несколько лет на одной квартире и держал с ним общий стол. В то время он читал статистику, уже после моего отъезда из Харькова был несколько времени ректором, скончался не в очень старых летах. Это был человек с большою начитанностью, огромною памятью, но ленивый, рассеянный и преданный карточной игре, зато очень добросовестный и правдивый. Как профессор он не пользовался большим уважением. Прежде постоянно споривший со мною против моих идей об украинской литературе, он наконец поддался той же идее, стал писать малорусские стихи и напечатал их под псевдонимом Амвросия Могилы, назвавши свой сборник „Думки и писни та ще дещо“. Стихи его казались хорошими, плавными, но творческого таланта за ним не признавали. К таким же близким знакомым можно отнести Поликарпа Васильевича Тихоновича, бывшего тогда учителем латинского языка в Первой гимназии, человека трудолюбивого, отлично знающего как латинскую, так и греческую словесность, и прекрасного педагога. Он был со мною постоянно дружен, но оставался совершенно холоден к украинской народности и, занятый своим античным миром, как будто ни во что не ставил все современное. Это был классик в буквальном смысле этого слова. Впоследствии он был профессором и в университете».

Между тем приближался день защиты Костомаровым диссертации. Накануне на стене университета появляется объявление, в котором говорится, что по непредвиденным обстоятельствам защита диссертации Костомарова откладывается на неопределенное время. Декан факультета на вопрос Николая Ивановича об этом сообщил ему, будто архиерей Иннокентий написал какую-то бумагу помощнику попечителя учебного округа, в которой предлагает остановить защиту диссертации Костомаровым до получения разрешения от министра просвещения. Так как тогдашний попечитель учебного округа граф Головкин был очень стар и не занимался этими делами, то все управление делами округа находилось в руках его помощника князя Цертелева. Николай Иванович отправился к нему и узнал, что действительно архиерей Иннокентий сделал такое заявление. «Я обратился к Иннокентию. Архиерей сказал мне, что он не имеет против меня ничего в цензурном отношении, а только готовится оспаривать меня дискуссионным образом. Я увидел в словах архиерея неискренность».

Прошло между тем более месяца; Костомарова известили, что министр народного просвещения, которым был тогда граф Сергей Семенович уваров, прислал подготовленную профессором М. Устряловым рецензию на диссертацию Николая Ивановича и вместе с ней предписание уничтожить все экземпляры, которые были напечатаны, а Костомарову позволить писать иную диссертацию. Так как, кроме профессоров и близких знакомых, он не успел ее пустить в публичную продажу, то ему поручили самому объездить всех тех, у кого находилась или могла найтись эта диссертация, отобрать все экземпляры и представить в Совет университета для сожжения. Все это он сделал; но большая часть профессоров, к которым Николай Иванович ездил, отговорились неимением у себя экземпляров под разными предлогами, и вместо ста экземпляров, которые были розданы, Костомарову удалось возвратить в правление менее двадцати. Все возвращенные экземпляры были преданы огню. «Я был в полной уверенности, что все это дело Иннокентия, и в такой уверенности оставался очень долго; в Петербурге же в шестидесятых годах мне говорили занимавшиеся архивными делами в министерстве Уварова, что не Иннокентий был причиною сожжения моей диссертации, а один из харьковских профессоров, пославший на меня извет министру. Однако из биографии архиерея Иннокентия, напечатанной в „Русской старине“ 1878 года, следует главное участие преосвященного Иннокентия в тогдашнем задержании моей диссертации. Будучи в то время убежденным в виновности архиерея Иннокентия, я, однако, не прекратил с ним знакомства; он говорил мне, что нимало не причастен в этом деле, был со мною постоянно ласков и приглашал к себе. Так было до моего выезда из Харькова».

Так церковная власть, царская цензура и правительственные чиновники пришли к выводу о том, что представленное к защите исследование Н. Костомарова недостойно ученой степени как по характеру избранной темы, так и по причине широко приводимого фактического материала о безнравственности православного духовенства, тяжелых поборах с народных масс, а главное – о восстаниях крестьян и казаков.

Весной 1843 года Н. Костомаров подал в Харьковский университет новую научную работу – первую в Украине историко-этнографическую диссертацию «Об историческом значении русской народной поэзии», которую защитил 13 января 1844 года, несмотря на сопротивление части консервативной профессуры. На защите присутствовал и друг Николая Ивановича А. Корсун, который вспоминал: «Архиерей Иннокентий обратился к ректору П. Гулак-Артемовскому: „Вы, Петр Петрович, пожалуйста, воспитывайте молодых в духе уважения старших ученых, таких как Карамзин. А то, смотрите, на такой-то странице Н. Костомаров опровергает Карамзина“. На это ректор ответил: „На каждого мудреца достаточно простоты, ваше высокопреосвященство; только Бог без греха, а Карамзин – человек“. На этом разговор и закончился. Николая Ивановича поздравили, он был утвержден в степени магистра».

А вот как на это реагировал сам Николай Иванович: «Диссертация моя была рассмотрена, одобрена и зимою напечатана. По ее поводу я сошелся с профессором М. Луниным; хотя прежде я часто слушал его на лекциях и глубоко уважал, но должным образом не был с ним знаком. Теперь меня свело с ним то, что моя диссертация ему особенно понравилась и он вполне сочувствовал моей мысли о введении народного элемента в науку истории. Как человек с европейским образованием, он способен был смотреть шире других ученых мужей старого закала. День защиты моей диссертации назначен был 13 января 1844 года. Моими оппонентами были профессора Якимов и Срезневский. Они потребовали от меня доказать, что здесь есть какая-нибудь поэзия. Прежде чем я собрался отвечать им, Лунин засмеялся и сказал: „Это равно, если бы рассечь человека по частям и потребовать, чтобы показали, где у него душа; ни в ноге, ни в руке, ни в ухе, ни в носу нету, а весь человек живой – с душою“. По окончании защиты меня провозгласили получившим степень магистра исторических наук. В общественном мнении, моя диссертация получила сочувственный отзыв только в одном „Москвитянине“, в статье, написанной Срезневским; в других журналах – „Библиотеке для чтения“ и „Отечественных записках“ – ее приняли не так ласково. В „Библиотеке для чтения“, которою заправлял тогда Сенковский, мои мнения о важности народной поэзии для историка подали только возможность поглумиться и позабавиться над моей книгою. Впрочем, замечательно, что тот же Белинский, еще в 1839 году разбирая в „Отечественных записках“ моего „Савву Чалого“ и „Украинские баллады“, признал за мною несомненный талант».

Во второй диссертации Н. И. Костомаров провел, как он выразился, «свою задушевную мысль об изучении истории на основании народных памятников и знакомства с народом», обращения к жизни народа в ее многообразии, тем самим поставив одной из первых в то время в украинской историографии новую актуальнейшую проблему, заняв в науке свое отдельное место. «…История скользила только по дворцам да армиям, нацией признавались одни привилегированные классы и никто не считал нужным знать, – отмечал Н. И. Костомаров, – как говорит, чувствует, думает, живет народная масса».

В течение 1842–1843 годов, не имея достаточных средств, кроме написания диссертации и научных занятий, Николай Иванович работал помощником инспектора студентов Харьковского университета и был представлен к чину коллежского секретаря. В этой новой должности Николаю Ивановичу пришлось проявить и свои личные качества: решительность, открытость, честность, нетерпимость к лицемерию. Так, однажды к нему, как к помощнику инспектора, обратился священник местной церкви с требованием утихомирить студентов, которые устроили громкую овацию своей любимой актрисе Протасовой во время обряда ее венчания. Николай Иванович отказался прибыть на место события и выполнять роль полицейского и осведомителя, не страшась получить взыскание от университетского начальства.

В это же время Н. Костомаров пытался обзавестись семьей и устроить свою личную жизнь. Но богиня любви Афродита не дала своего благословения. Его сватанье завершилось дуэлью с каким-то офицером, который отбил у него невесту. Этот инцидент послужил поводом к отставке с занимаемой должности. Как иронично отметил сам Костомаров: «Разве возможно было доверить воспитание студентов такому горячему господину!»

Прослужив в должности помощника инспектора студентов в Харьковском университете с августа 1842-го по апрель 1843 года, Н. И. Костомаров, осознав свою неспособность к выполнению некоторых обязанностей по данной должности, подал в отставку.