Но вот весной 1954 г. на флот поступил приказ: подготовить к переходу Северным морским путем на Дальний Восток подводные лодки «С-56» (командир гвардии капитан-лейтенант В.И. Харченко), «С-102» (командир капитан 3 ранга А.С. Хлонин), «С-104» (командир капитан 3 ранга Д.А. Фиронов) и другие корабли. (В переходе участвовали также четыре подводные лодки послевоенной постройки.) Возглавлял отряд капитан 1 ранга Н.П. Нечаев. Корпус «С-56» не заключали на этот раз, как сделали ранее на «Щ-423», в двойную «шубу». На ней установили облегченную ледовую защиту, и только, как и прежде, бронзовые винты были заменены на временные стальные, а также сняты носовые горизонтальные рули.

Наступило 10 июля 1954 г. День уже клонился к вечеру. Несмотря на дождь, не перестававший идти с самого утра, проститься с боевыми друзьями, проводить будущих тихоокеанцев в трудное арктическое плавание пришло множество людей. На кораблях и постах СНиС (Служба наблюдения и связи) подняли сигнал «Счастливого плавания».

Проливом Югорский Шар отряд, в составе которого шла «С- 56», вошел в Карское море. Здесь стали попадаться отдельно плавающие льдины. За 14 июля пересекли сразу три северные параллели — 72, 73 и 74-ю.

На следующий день к обеду открылся один из Медвежьих островов, а через некоторое время показались мачты полярной радиостанции острова Диксон. Пройдя пролив Превен, корабли отдали якоря на Диксонском рейде. Стоянка в арктической бухте затянулась: сведения о ледовой обстановке по маршруту дальнейшего следования изо дня в день поступали неутешительные.

И лишь 8 августа подводные лодки снялись с якоря и взяли курс на северо-восток. К вечеру следующего дня за 76-й параллелью вошли в шхеры архипелага Норденшельда, а 10 августа, идя за ледоколом «Ермак», встретившим караван у входа в пролив Вилькицкого, миновали мыс Челюскин и вышли в море Лаптевых.

Ледокол ушел за следующим караваном. Попытка подводников форсировать льды самостоятельно успехом не увенчалась. Пришлось лечь в дрейф и ожидать возвращения ледоколов. И только когда «Ермак» и «А. Сибиряков» стали в голове каравана, снова тронулись в путь. Навстречу не раз попадались небольшие айсберги и стамухи — осколки айсбергов, сидящие на грунте, столкновение с которыми могло закончиться печально.

Поздно вечером 16 августа уже по чистой воде достигли порта Тикси. В порту североморцы проводили полярный день. В отличие от Диксона здесь не пришлось долго ожидать. Однако за короткий срок успели осмотреть механизмы и произвести необходимый ремонт. 19 августа отряд, в состав которого входила «С-56», снова двинулся на восток. На следующие сутки проливом Дмитрия Лаптева, отделяющим Новосибирские острова от материка, вошли в Восточно-Сибирское море. Плавание проходило без ледоколов, но «С-56» и другие корабли все время вынуждены были форсировать ледовые перемычки, плавучие ледяные поля. 22 августа опять встретились со сплошным льдом, правда не таким сплоченным, как у выхода из пролива Вилькицкого. Более десяти часов форсировали его то в наплывающем тумане, то в налетающих снежных зарядах. К вечеру пришлось стать среди льдов на якорь, пока не подошел ледокол «Ленин» и не взял «С-56» под проводку. Тяжело пришлось всему экипажу, но особенно личному составу БЧ-5 (электромеханическая боевая часть). Дизеля испытывали непомерную нагрузку. То и дело приходилось производить реверсы, менять ход. Доставалось и верхней вахте. Ветер, мороз пронизывали до костей. Командир «С-56» и его старший помощник гвардии старший лейтенант В.Д. Шакуло, попеременно несущие командирскую вахту, не сходили с мостика.

Крепким орешком, как и ожидалось, оказался пролив Лонга. У мыса Биллингса караван встретили ледоколы «Л. Каганович», «Молотов», «А. Микоян».

«С-56» пришлось идти вплотную за ледоколом «Л. Каганович». Дело это оказалось непростым и даже опасным. Вылетающие из-под его корпуса и винтов льдины повредили носовые балластные цистерны. Однако другого выхода не было. Стоило ненамного отстать, как лодка оказывалась зажатой льдом. А ледоколу к тому же приходилось «отлучаться» для околки других судов. Личный состав испытывал колоссальное напряжение. В критические моменты людям приходилось находиться в готовности номер один, т.е. по боевой тревоге, непрерывно по 26—28 ч. В Чукотском море экипаж пытался пустить в ход пешни и подрывные патроны. Но помогло это мало: на некоторое время сжатие ослабевало, но затем лед снова заключал корпус лодки в свои могучие клещи.

Шквальный западный ветер вызвал такую подвижку льда. что вскоре вся кормовая часть надстройки до рубки оказалась под ним. Здесь срезало леерные стойки, сорвало несколько листов обшивки легкого корпуса. Своей тяжестью лед притопил лодку. Образовался дифферент на корму в 9°. Попытка личного состава сбросить многотонные глыбы ни к чему не привела. Пришлось, нарушив инструкцию, продуть в воду кормовые топливные цистерны, чтобы поставить корабль на ровный киль и получить возможность снова запустить дизеля. В наше время, когда вопрос об экологической угрозе арктическому региону встал особенно остро, никто бы, конечно, подобную вольность даже в создавшейся аварийной обстановке себе не позволил.

Продвижение на восток за ледоколом «Л. Каганович», а затем ледоколом «Ленин» шло настолько медленно, что штурману гвардии лейтенанту А.А. Фролову за четырехчасовые промежутки вахты почти не приходилось менять на карте место корабля. На форсирование одной из мощных ледовых перемычек протяженностью в 10 миль даже под проводкой ледокола ушло более суток. На последнем этапе кораблям помогали ледоколы «А. Микоян» и «Молотов» (в последующем «Адмирал Макаров»).

Наконец все преграды остались позади, и подводная лодка вошла в Берингов пролив. Миновав мысы Дежнева и Чукотский, встретившие сплошным туманом, она направилась в бухту Провидения, где стала на якорь в ее западной части — бухте Комсомольской. На календаре значилось 1 сентября. Таким образом, на переход Северным морским путем «С-56» затратила более полутора месяцев. Она прошла в полярных морях 3991 милю, около 400 миль из них во льдах. Вместе с «С-56» успешно закончили переход и другие корабли.

Плавание до Владивостока проходило обычным маршрутом: Берингово море — Тихий океан — Петропавловск-Камчатский, 4-й Курильский пролив — Охотское море — пролив Лаперуза — Японское море. Снова началась служба «С-56» на Тихоокеанском флоте. Вскоре после возвращения на Тихоокеанский флот заслуженный боевой корабль переоборудовали в плавучую зарядовую станцию. В этом новом качестве «С-56» просуществовала еще много лет, пока не было принято решение превратить подводную лодку в мемориальный корабль-музей.