Думается, что А.Н. Пыпин, автор «Истории русской этнографии» (1890-1892), был достаточно объективен. В 1880-х гг. Фаминцын, даже с учетом сделанных им оговорок в отношении былин и сказок, выглядел как «последний из могикан» почти вытесненной из научного обихода мифологической школы. В то же время, не исключено, что критика была связана не только с недостатками самой работы. В том же выпуске журнала была напечатана и статья В.В.Стасова «Тормозы нового русского искусства», в которой, хотя и вскользь, опять упоминался все тот же печальный инцидент, ("необыкновенный случай", по выражению самого Стасова), когда Русское музыкальное общество отказалось от услуг Балакирева, что и привело к выяснению отношений между Стасовым и Фаминцыным в суде.

Материалы книги «Божества древних славян», несмотря на критику в ее адрес, широко использовались в славистике того времени. Так, например, в «Славянских древностях» Л.Нидерле нашел отражение анализ Фаминцыным этнографических материалов, связанных с Ладой, богиней, которую Фаминцын включал в славянский пантеон. Дискуссия о Ладе продолжалась в славистике и позднее. Фаминцын предложил свою трактовку трехярусного членения знаменитого Збручского идола, исходя из древнего представления о делении мира на небо, землю и подземный мир. Эта концепция нашла поддержку у многих славистов.

В 1888-1891 годах вышли в свет еще несколько значительных работ А.С.Фаминцына. В журнале «Баян» было напечатано его сочинение «Древняя индокитайская гамма в Азии и Европе с особенным указанием на ее проявление в русских народных напевах»[970] (отдельное издание было опубликовано в 1889 г.) с многочисленными нотными примерами. В 1889 г. была издана книга Фаминцына «Скоморохи на Руси»[971], получившая массу положительных откликов в прессе. В 1890 г. в серии «Памятники древней письменности и искусства» издательством Общества любителей древней письменности (основано в 1877 г. известным любителем археологии и археографии князем П.П.Вяземским, издавало этнографически исключительно ценные и факсимильные издания древних памятников) было выпущено сочинение А.С.Фаминцына «Гусли, русский народный музыкальный инструмент: Исторический очерк с многочисленными рисунками и нотными примерами»[972]. В «Гуслях» А.С.Фаминцын анализировал упоминания о гуслях в былинах и песнях, объяснил, почему одно и то же название «гусли» имеет разный смысл у русских и сербов. Это сочинение было награждено от Императорского Русского археологического общества большой серебряной медалью. В 1891 г. увидела свет книга А.С.Фаминцына «Домра и сродные ей музыкальные инструменты русского народа: Балалайка. – Кобза. – Бандура. – Торбан. – Гитара: Исторический очерк»[973]. Фаминцын в этом сочинении показал, как на базе заимствованной с Востока домры развился такой национальный инструмент как балалайка, установил западное происхождение бандуры. Часть работы он посвятил истории проникновения в Россию семиструнной гитары.

В 1890-е годы Фаминцын вместе с братом жил на Васильевском острове (8 линия, д. 17; по данным Адресной книги Санкт-Петербурга). Незадолго до смерти он опубликовал работы «Богиня весны и смерти в песнях и обрядах славян»[974] и «Древнеарийские и древнесемитские элементы в обычаях, обрядах, верованиях и культах славян»[975] (вышла также отдельным изданием в Москве). По-видимому, эти наброски должны были составить часть второго выпуска сочинения по славянской мифологии, закончить которое Александр Сергеевич не успел.

Александр Сергеевич Фаминцын умер 6 июля (24 июня по старому стилю) 1896 г. в местечке Лигово под Петербургом. В сообщении о смерти Фаминцына, опубликованном в «Этнографическом обозрении» отмечалось, что «для нас важнее всего его труды в области этнографической, именно по исследованию нашей музыкальной старины». Говоря о «Скоморохах» и «Индокитайской гамме», автор сообщения писал, что они «заслуживают полного внимания со стороны исследователей русской бытовой старины и русской народной музыки».

После смерти Фаминцына статьи о нем были помещены в «Настольном энциклопедическом словаре» братьев Гранат, в «Энциклопедическом словаре» Ф.Павленкова (по берлинскому изданию 1924 г. упомянуты оба брата, причем Александр Сергеевич – как «композитор и писатель»), в словаре Брокгауза и Ефрона, где говорилось, что «его лекции являются первым обширным и самостоятельным трудом в области истории музыки на русском языке»[976], в дополненном издании «Музыкального словаря» Гуго Римана. Уже после смерти Фаминцына в 1901 г. был переиздан в Санкт-Петербурге составленный им «Русский детский песенник. Собрание песен с народными напевами. Часть I», в который вошли 60 песен для одного голоса.

Архив А.С.Фаминцына хранится в бывшей Государственной Публичной библиотеке (Российской национальной) имени М.Е.Салтыкова-Щедрина (фонд 805). Здесь лежат так и не опубликованный «Биографический и исторический словарь русских музыкальных деятелей» (начатый в 1880-х гг.), материалы (наброски, выписки) к словарю, а также к работам «Очерки славянской мифологии» (1895-1896) – видимо, второму выпуску сочинения о божествах славян, и к уже вышедшим сочинениям (с 1860-х гг.). В архиве находятся и письма тех, с кем он переписывался. Среди авторов писем – Г.АЛарош, Ф.Лист, Р.Вагнер, хороший знакомый композитор А.Н.Серов, фольклорист В.Ф.Миллер и другие. С представителями «могучей кучки» связаны материалы конфликта со Стасовым из-за фельетона последнего «Музыкальные лгуны».

В советский период в статьях, посвященных славянской и балтийской мифологии, довольно часто встречались цитаты из «Божеств древних славян» и других работ А.С.Фаминцына. Особенно широко они использовались в сочинениях неославянофилов и трудах академика Б.А.Рыбакова «Язычество древних славян» и «Язычество древней Руси». Правда, Б.А.Рыбаков критикует книгу «Божества древних славян» за то, что в ней мало внимания уделено Роду и рожаницам, и «Рода нет в числе рассматриваемых божеств» (за то же он критикует и «последователей Фаминцына» – В.В.Иванова и В.Н.Топорова). Рыбаков высоко оценивает работу Фаминцына «Богиня весны и смерти в песнях и обрядах славян», в которой он «еще до Д.Фрэзера, сопоставил славянские обряды с мифом о Деметре и Персефоне». В то же время, он упрекает Фаминцына за то, что тот не включил Макошь в общий перечень славянских божеств[977].