Формальным поводом к широкомасштабной церковной реформе явилось исправление якобы неисправных богослужебных книг. Реформаторы утверждали, что со времени принятия христианства при великом князе Владимире в богослужебные книги по вине переписчиков вкралось такое множество ошибок, что необходима серьёзная правка. Эта мысль явилась из сличения оригиналов и переводов. Но что принималось реформаторами за оригинал? Историки убедительно доказали, что оригиналом для них служили новые богослужебные греческие книги, напечатанные в иезуитских типографиях в Венеции и Париже! (Греки тогда находились под игом турок-османов и собственных типографий не имели.) Помимо того что за шесть с лишним веков, прошедших со времени Крещения Руси, греки, заразившись духом католицизма, сами существенно изменили чинопоследования некоторых служб, к этим изменениям добавлялись ещё сознательные догматические искажения, внесённые хозяевами типографий — иезуитами. «Трагедия расколотворческой реформы, — пишет современный исследователь старообрядчества М.О. Шахов, — в том и состояла, что была предпринята попытка “править прямое по кривому”, провозгласив содержавшие погрешности формы религиозного культа позднейшего времени древнейшими, единственно верными и единственно возможными, а всякое отклонение от них — злом и ересью, подлежащей насильственному уничтожению» [10] .

Со временем стало ясно, что Никон и стоявший за его спиной царь хотят не просто исправления каких-то погрешностей переписчиков, а изменения всех старых русских церковных чинов и обрядов в соответствии с новыми греческими. И действительно, изменений было множество. Достаточно перечислить лишь некоторые, наиболее важные с точки зрения православного вероучения:

1. Двоеперстие, древняя, унаследованная от апостольских времен форма перстосложения при крестном знамении, было названо «арменскою ересью» и заменено на троеперстие. В качестве священнического перстосложения для благословения была введена так называемая малакса, или именословное перстосложение. В толковании двоеперстного крестного знамения два протянутых перста означают две природы Христа (Божественную и человеческую), а три (пятый, четвертый и первый), сложенных у ладони, — Святую Троицу. Введя троеперстие (означающее одну Троицу), Никон не только пренебрегал догматом о Богочеловечестве Христа, но и вводил «богострастную» ересь (то есть, по сути, утверждал, что на кресте страдала не только человеческая природа Христа, а вся Святая Троица). Это новшество, введённое в Русской Церкви Никоном, было очень серьёзным догматическим искажением, поскольку крестное знамение во все времена являлось для православных христиан видимым Символом веры.

2. Были отменены принятые в дораскольной Церкви земные поклоны, являющиеся несомненным церковным преданием, установленным Самим Христом, о чём есть свидетельство в Евангелии (Христос молился в Гефсиманском саду, «пад на лице Свое», то есть делал земные поклоны) и в святоотеческих творениях. Отмена земных поклонов была воспринята как возрождение древней ереси непоклонников, поскольку земные поклоны вообще и в частности совершаемые в Великий пост являются видимым знаком почитания Бога и Его святых, а также видимым знаком глубокого покаяния. В предисловии к Псалтырю 1646 года издания говорилось: «Проклято бо есть сие, и с еретики отвержено таковое злочестие, еже не творити поклонов до земли, в молитвах наших к Богу, в церкви во уреченныя дни. Тако же о сем, и не не указахом от устава святых отец, зане во мнозех вкоренися таковое нечестие и ересь, еже коленное непрекланяние, во Святыи Великии пост, и не может убо слышати всяк благочестивый, иже соборныя церкви апостольския сын. Таковаго нечестия и ереси, ни же буди в нас таковое зло в православных, яко же глаголют святии отцы» [11] .

3. Трисоставный восьмиконечный крест, который издревле на Руси был главным символом православия, заменен двусоставным четырёхконечным, связывавшимся в сознании православных людей с католическим учением и называвшимся «латинским» (или «ляцким») «крыжом». После начала реформы восьмиконечный крест изгонялся из церкви. О ненависти к нему реформаторов говорит тот факт, что один из видных деятелей новой церкви — митрополит Димитрий Ростовский — называл его в своих сочинениях «брынским», или «раскольническим». Только с конца XIX века восьмиконечный крест начал постепенно возвращаться в новообрядческие церкви.

4. Молитвенный возглас — ангельская песнь «аллилуйя» — стал четвериться у никониан, поскольку они поют трижды «аллилуйя» и четвёртое, равнозначное, «Слава Тебе, Боже». Тем самым нарушается священная троичность. При этом древняя «сугубая (то есть двойная) аллилуйя» была объявлена реформаторами «богомерзкою македониевой ересью».

5. В исповедании православной веры — Символе веры, молитве, перечисляющей основные догматы христианства, — из слов «в Духа Святаго Господа истиннаго и животворящаго» изъято слово «истиннаго» и тем поставлена под сомнение истинность Третьего Лица Святой Троицы. Перевод слова « », стоящего в греческом оригинале Символа веры, может быть двояким: и «Господа», и «истиннаго». Старый перевод Символа включал в себя оба варианта, подчеркивая равночестность Святого Духа с другими лицами Святой Троицы. И это нисколько не противоречило православному учению. Неоправданное же изъятие слова «истиннаго» разрушало симметрию, жертвуя смыслом ради буквального калькирования греческого текста. И это у многих вызвало справедливое возмущение. Из сочетания «рожденна, а не сотворенна» выброшен союз «а» — тот самый «аз», за который многие готовы были идти на костёр. Исключение «аза» могло мыслиться как выражение сомнения в нетварной природе Христа. Вместо прежнего утверждения «Его же царствию несть (то есть нет) конца» введено «не будет конца», то есть бесконечность Царствия Божия оказывается отнесенной к будущему и тем самым ограниченной во времени. Изменения в Символе веры, освященном многовековой историей, воспринимались особенно болезненно. И так было не только в России с её пресловутым «обрядоверием», «буквализмом» и «богословским невежеством». Здесь можно вспомнить классический пример из византийского богословия — историю с одной только изменённой «йотой», внесённой арианами в термин «единосущный» (греческое «омоусиос») и превратившей его в «подобосущный» (греческое «омиусиос»). Это искажало учение святого Афанасия Александрийского, закреплённое авторитетом Первого Никейского собора, о соотношении сущности Отца и Сына. Именно поэтому Вселенские соборы запретили под страхом анафемы любые, даже самые незначительные перемены в Символе веры.

6. В никоновских книгах было изменено само написание имени Христа: вместо прежнего Исус, встречающегося до сих пор и у других славянских народов, было введено Иисус, причём единственно правильной была объявлена исключительно вторая форма, что возводилось новообрядческими богословами в догмат. Так, по кощунственному толкованию митрополита Димитрия Ростовского, дореформенное написание имени «Исус» в переводе якобы означает «равноухий», «чудовищное и ничего не значащее» [12] .

7. Была изменена форма Исусовой молитвы, имеющей согласно православному учению особую мистическую силу. Вместо слов «Господи, Исусе Христе, Сыне Божии, помилуй мя грешнаго» реформаторы постановили читать «Господи, Иисусе Христе, Боже наш, помилуй мя грешнаго». Исусова молитва в её дониконовском варианте считалась молитвой вселенской (универсальной) и вечной как основанная на евангельских текстах, как первое апостольское исповедание, на котором Исус Христос создал Свою Церковь [13] . Она постепенно вошла во всеобщее употребление и даже в Устав церковный. Указания на неё есть у святых Ефрема и Исаака Сирина, святого Исихия, святых Варсонофия и Иоанна, святого Иоанна Лествичника. Святитель Иоанн Златоустый говорит о ней так: «Умоляю вас, братие, никогда не нарушайте и не презирайте молитвы сей». Однако реформаторы выбросили эту молитву из всех богослужебных книг и под угрозой анафем воспретили её произносить «в церковном пении и в общих собраниях». Её стали называть потом «раскольнической».

8. Во время крестных ходов, таинств крещения и венчания новообрядцы стали ходить против солнца, в то время как, согласно церковному преданию, это полагалось делать по солнцу (посолонь) — вслед за Солнцем-Христом. Здесь нужно отметить, что подобный ритуал хождения против солнца практиковался у разных народов в ряде вредоносных магических культов.

9. При крещении младенцев новообрядцы стали допускать и даже оправдывать обливание и окропление водой, вопреки апостольским постановлениям о необходимости крещения в три погружения (50-е правило Святых Апостол). В связи с этим был изменен чиноприём католиков и протестантов. Если по древним церковным канонам, подтверждённым Собором 1620 года, бывшем при патриархе Филарете, католиков и протестантов требовалось крестить с полным троекратным погружением, то теперь они принимались в господствующую церковь только через миропомазание.