В 1910 г. Россия переживала период нового революционного подъема. Учащаяся молодежь активно включилась в общественное движение, выдвигая политические требования. Правительство обрушило на студентов репрессии. Министр народного просвещения Л. А. Кассо разослал 11 января 1911 г. циркуляр, в котором заявлял о недопустимости «публичных и частных студенческих собраний, за исключением собраний научного характера». Если же вопреки усилиям администрации сходка все-таки собиралась, ректорам предписывалось вызывать полицию. Ряд профессоров Московского университета во главе с ректором А. А. Мануйловым в знак протеста против действий министра подали в отставку. 1 февраля (ст. ст.) Л. А. Кассо удовлетворил их ходатайство. Университет остался без руководства и лучших профессоров. Дело шло к тому, что Россия могла лишиться своего прославленного учебного заведения оно разваливалось на глазах профессоров поддержали приват-доценты, многие младшие служащие также оставили должность в университете.

4 февраля 1911 г. М. К. Любавский, отдававший себе ясный отчет о последствиях такого разрушения, обратился к членам Совета университета со своеобразным посланием:

«Московский университет в настоящее время подожжен и объят пламенем извне и внутри. Нам, его преподавателям, надо употребить все усилия, чтобы отстоять во что бы то ни стало нашу альма-матер, спасти все, что только можно. При таких обстоятельствах считаю, что личные чувства преподавателей, как бы благородны сами по себе они ни были, должны отойти на второй план и уступить требованиям блага университета. С этой точки зрения считаю роковой ошибкой выход преподавателей в отставку и полагаю, что Совет должен исчерпать все средства, чтобы убедить их взять назад свои прошения об отставке…»

С историко-филологического факультета уходил Д. М. Петрушевский. Как декан М. К. Любавский пытался не допустить такого шага. Он обратился к попечителю учебного округа, отметив, что отставка выдающегося специалиста по Средним векам скажется на качестве преподавания. Едва выздоровев от инфлюэнцы, протекавшей в тяжелейшей форме, М. К. Любавский поехал к Л. А. Кассо хлопотать за 25 студентов, которых полиция переписала на одной из сходок и которые подлежали отчислению из университета. Преподаватели вступились за них и доказали, что полиция ошиблась студенты присутствовали на занятиях. Расправу удалось предотвратить.

Даже из этих поступков видно, насколько несправедливым было обвинение М. К. Любавского в «лакейском прислужничестве власти», которое сделали в свое время авторы «Истории Московского университета» (М., 1955. Т 1. С. 379).

В апреле 1911 г. Совет университета избрал профессора М. К. Любавского ректором. На этой должности он проработал до 1917 г., подвергаясь постоянным атакам то слева, то справа, так как радикалов не устраивало его стремление поставить университет вне политики. Как ни старался заниматься Матвей Кузьмич лишь учебными делами, но приходилось выполнять волю начальства, притом приказывало и начальство московское в лице попечителя, и начальство петербургское в лице министра просвещения. Часто их распоряжения вступали в противоречие друг с другом. Ректор не всегда угождал Совету, а уж сторонники университетской автономии были недовольны М. К. Любавским за одно то, что он согласился стать ректором.

Однако несмотря на все это, Любавский медленно, но неуклонно восстанавливал университет после разгрома 1911 г. При этом прежде всего ученый думал о необходимости этого высшего учебного заведения для России, а не о выполнении предписаний свыше. Не случайно на официальном заседании Совета, посвященном 300-летию Дома Романовых, ректор «говорил больше о патриотизме народа, чем о заслугах и династии», что не ускользнуло от внимания современников.

Успешное «упорядочение» университета и умелое ведение его хозяйственных дел укрепили авторитет М. К. Любавского в глазах профессуры. В марте 1914 г. он был избран ректором на второе трехлетие (67 избирательных шаров и 12 неизбирательных) [131] .

На этом посту и застала Матвея Кузьмича Первая мировая война. Патриотические настроения захватили многих русских интеллигентов; призывы правительства к войне против «немецких варваров» увлекли даже таких демократически настроенных людей, как А. Н. Толстой, В. Г. Короленко [132] .

Как и многие другие патриотически настроенные русские интеллигенты, М. К. Любавский был сторонником войны до победного конца. Перед лицом немецкой опасности он призывал сплотиться, прекратить внутренние распри, применить суровые меры к спекулянтам, так как борьба, по его мнению, предстояла «на жизнь и на смерть» [133] . Как ректор Московского университета Любавский выступил инициатором «Ответов русских ученых на обращение немецких ученых к «культурному миру» [134] , в которых критиковалась ложь по поводу предъявленных Германией обвинений в «вандализме» и нарушении законов международного права. Активное участие ректор принимал в работе университета, направленной на оборону страны [135] .

Деятельно помогал М. К. Любавский становлению и работе периодического печатного органа русских историков «Исторические известия» (начал выходить с 1916 г.) [136] . В эти же годы он выступал одним из инициаторов и организаторов намечавшегося на 1919 г. первого съезда историков [137] . Активно сотрудничал в ОИДР, секретарем которого был с 1907 по 1917 г., а председателем с 1917 по 1929 г.

Несмотря на значительно увеличивавшийся объем административной работы, Матвей Кузьмич плодотворно и успешно занимался научной и преподавательской деятельностью. Помимо ставших традиционными для него курсов по истории западных славян, древней русской истории (до конца XVI в.), исторической географии, Любавский стал читать новые по истории Польши, Чехии, русской истории XVII в. и первой четверти XVIII в., XVIII в. Вел семинары источниковедческого характера, где изучались Литовские Статуты, сочинение Г. К. Котошихина, Русская Правда, общеземские и областные привилеи Великого Княжества Литовского, Соборное уложение 1649 г., волочная помера и уставы Сигизмунда Августа [138] .

Знаком признания и высокой оценки творчества Любавского со стороны русской научной общественности стало его избрание действительным членом многих научных обществ и почетным членом ряда ученых губернских архивных комиссий [139] . Группа ведущих представителей русской исторической науки подготовила к 30-летию научной и педагогической деятельности М. К. Любавского сборник статей в его честь [140] . Московская университетская историческая наука того периода видела в Любавском крупного русского ученого, создавшего в науке о русской истории совершенно новую область [141] . По рекомендации М. А. Дьяконова в декабре 1917 г. ученый был избран членом-корреспондентом Российской академии наук [142] . Он являлся не только крупным историком-исследователем, но и «выдающимся профессором» [143] , учителем видных советских историков: В. И. Пичеты, Н. Г. Бережкова, В. А. Панова, А. А. Новосельского, В. К. Никольского, руководителем магистерских занятий С. В. Бахрушина [144] .