Скорбя при мысли о многих бедствиях, постигших державу, Гермоген, однако, верил, что повсеместное ожесточение было более временным, нежели сущим. И когда надо было вразумить Неверов, он приводил слова из послания римлянам апостола Павла: «И не сообразуйтесь с веком сим, но преобразуйтесь обновлением ума вашего, чтобы вам познавать, что воля Божья благая, угодная и совершенная».

Чад своих церковных Гермоген часто укреплял словами из Евангелия: «Они отломились неверием, а ты держишься верою». Иных увещевал, на иных накладывал епитимью. Но случалось, и предавал проклятию. «А истинно кающихся, тех любезно принимал и многих от смерти избавлял ходатайством своим. Терпением же его можно было только удивляться, каким он благодетелем представал перед злодеями», — свидетельствовал летописец.

И многих он в то ужасное время спас своим чадолюбием и нищелюбием. На трапезы свои он звал всяких людей, не отвергал и злодеев. Не уставал оделять из скудной казны своей и нищих и ограбленных, так что и сам впал в крайнюю нищету.

В эти годы им было написано множество грамот к народу. Сначала они носили увещевательный характер и были адресованы тем, кто пристал к мятежникам и после 17 февраля бежал в Тушино. То были слова боли и недоумения, воззвание к душе человеческой, написанные столь красноречиво, что Гермогена называли «вторым Златоустом».

«Ко всем прежде бывшим господам и братиям и всему священническому и иноческому сану, и боярам и окольничим, и дворянам и дьякам, и детям боярским и купцам, и приказным людям, и стрельцам, и казакам, и всяким ратным и торговым и пашенным людям, бывшим православным христианам всякого чина и возраста же и сана, ныне же из-за грехов ваших против нас обретающихся, не знаю, как вас и назвать — недостаёт мне слов, болезнует сердце моё, и всё внутри у меня терзается, и все суставы мои содрогаются. И плачу, и говорю, и рыдаю: помилуйте, помилуйте, братья и чада единородные, отпадшие от своих душ и родительских, от жён своих и чад, от сродников и друзей, появитесь, вразумитесь и вернитесь!»

Назвав мятежников «бывшими православными христианами», Гермоген умоляет их, однако, обратить взор к родному достоянию, ставшему добычей врага:

«Узрите отечество своё, расхищаемое чужаками и разоряемое, и святые иконы и церкви поругаемые, и неповинную кровь проливаемую, которая вопиет к Богу, словно кровь праведного Авеля, прося отмщения. Вспомните, на кого воздвигаете оружие? Не на Бога ли, сотворившего вас, не на жребий ли великих чудотворцев и Пречистой Богородицы, не на свою ли единоплеменную братию? Не своё ли отечество разоряете, перед которым многие орды иноплеменных изумлялись, а ныне вами же попираемое и ругаемое?..»

Почему эти грамоты достигали своей цели и многие крамольники да и просто заблудшие овцы возвращались в Москву и просили царя отпустить им их вину? Да потому, что они указывали путь к спасению; Гермоген находил слова, которые западали в сердце, будили совесть, укрепляли дух. Он по-прежнему оставался для них пастырем.

«Не бойся, малое Моё стадо, поскольку благоизволил Отец Мой дать вам царство. Если и среди многих волн люто потопление, но не бойтесь погрязновения, поскольку стоим на камени веры и правды. Пусть пенится и бесится море, но Иисусова корабля не может потопить, и не отдаст Господь на поношение уповающих, ни жезла на жребий Свой, ни зубам вражиим рабов Своих, но сохранит нас, как хочет святая воля Его!»

Свои воззвания Гермоген подкреплял решениями освящённого собора и обещанием царских милостей. Тут была продуманная стратегия борьбы за отпадшие от церкви души.

«Заклинаю же вас именем Господа Бога и Спаса нашего Иисуса Христа отстать от такого начинания, пока ещё есть время к покаянию, да не до конца погибнете душами вашими и телами. А мы, по данной нам благодати Святого Духа, обращающихся и кающихся восприимем и о прощении вашего согрешения, вольного и невольного, общим советом, соборно, с возлюбленными единомысленными нашими российскими митрополитами и архиепископами и епископами и со всем освящённым причтом молить должны Бога и о провинностях ваших. И у государя прощения испросим: милостив он и не памятнозлобив и знает, что не всё по своей воле всё это творят».

Первое время его грамоты не имели успеха, хотя каждое слово в них било в набат, сзывая народ стать за отечество. Но в это время в Москве начинался голод. Народ толпами уходил в Тушино, чтобы не умереть с голоду.

Немало было и таких, кто подбивал народ к бунту. Они выходили на улицы и площади с криками:

— Долго ли нам терпеть царя злосчастного?! От него терпим голод.

Тем временем в Москву вернулся главный заводчик смуты князь Гагарин и с ним несколько мятежников, отставших от Вора. Имел ли он душу, как писал Карамзин, или княжеская честь одолела мятежный порыв, но князь принёс царю Василию свою повинную голову и сказал не без вызова:

— Отпустишь мне мои вины или не отпустить — твоя воля. Но лучше умереть на плахе, нежели служить бродяге гнусному.

Василий помиловал его. Гагарин вышел к собравшемуся народу и объявил:

— Тушинский царик — настоящий вор. Он творит волю литовского короля, который хочет истребить православную веру...

В толпе раздались злодейские голоса:

— Это он по указке Василия говорит...

Гагарин услышал, спокойно возразил говорунам:

— Вернулся я в Москву своею волей и вас заклинаю именем Божьим не прельщаться дьявольским обманом, не верить тушинскому злодею. Он орудие ляхов, желающих гибель России и святой церкви...