5 декабря 1998 года МО Украины и МО США подписали соглашение о ликвидации 44 тяжелых бомбардировщиков и 1068 крылатых ракет Х-55 воздушного базирования (19 самолетов Ту-160 предполагалось уничтожить в рамках международного договора START-1). В начале августа 1999 года была достигнута договоренность о передаче Украиной России восьми полностью исправных тяжелых бомбардировщиков Ту-160 в счет частичного погашения задолженности за поставки природного газа. Передача бомбардировщиков России началась в ноябре 1999 года. К апрелю 2000 года все самолеты перелетели на аэродром под Энгельсом. С этого момента единственным напоминанием о стратегической авиации на территории Украины стали Ту-160 и Ту-95МС, отправленные в Музей Дальней авиации в Полтаве.

В 2004–2005 годах на базе командований ВВС и ПВО было организовано командование воздушных сил. На базе двух авиационных корпусов и трех корпусов ПВО были сформированы воздушные командования «Запад», «Север», «Центр» и тактическая группа «Крым».

По состоянию на конец 2013 года ВВС и ПВО Украины включали три воздушных командования и четыре отдельные бригады. В прямом подчинении штабу ВВС и ПВО находились 203-я учебная авиабригада (Чугуев) и три транспортные авиабригады – 15-я (Борисполь), 25-я (Мелитополь) и 456-я (Гавришовка).

Воздушное командование «Центр» (Васильков) включало:

– 9-ю бригаду тактической авиации (Озерная; истребители МиГ-29);

– 40-ю бригаду тактической авиации (Васильков; МиГ-29);

– 831-ю бригаду тактической авиации (Миргород; Су-27);

– 96-ю зенитно-ракетную бригаду (Даниловка; 3 дивизиона ЗРС С-300ПС);

– 120-ю зенитно-ракетную бригаду (Харьков;

2 дивизиона С-300ПТ);

– 108-й зенитно-ракетный полк (Золотоноша;

3 дивизиона ЗРК «Бук-М1»);

– 138-й зенитно-ракетный полк (Днепропетровск; 6 дивизионов С-300ПТ);

– 156-й зенитно-ракетный полк (Донецк, Луганск, Мариуполь; 3 дивизиона «Бук-М1»);

– 301-й зенитно-ракетный полк (Никополь; 2 дивизиона С-300ПТ);

– 302-й зенитно-ракетный полк (Харьков; 3 дивизиона С-300ПТ);

– 138-ю радиотехническую бригаду (Васильков);

– 164-ю радиотехническую бригаду (Харьков).

Воздушное командование «Запад» (Львов) имело в своем составе:

– 7-ю бригаду тактической авиации (Староконстантинов; бомбардировщики Су-24);

– 114-ю бригаду тактической авиации (Ивано-Франковск; МиГ-29);

– 11-й зенитно-ракетный полк (Шепетовка; 2 дивизиона «Бук-М1»);

– 223-й зенитно-ракетный полк (Стрый; 3 дивизиона «Бук-М1»);

– 540-й зенитно-ракетный полк (Каменка-Бугская; 2 дивизиона С-300ПС);

– 1-ю радиотехническую бригаду (Липники).

Воздушное командование «Юг» (Одесса) располагало:

– 204-я бригада тактической авиации (Бельбек (Севастополь); МиГ-29);

– 299-я бригада тактической авиации (Кульбакино (Николаев); штурмовики Су-25);

– 160-я зенитно-ракетная бригада (Одесса, Николаев; 4 дивизиона С-300ПТ/ПС);

– 208-я зенитно-ракетная бригада (Херсон; 1 дивизион С-300ПС);

– 50-й зенитно-ракетный полк (Феодосия, Алушта; 2 дивизиона С-300ПТ/ПС);

– 55-й зенитно-ракетный полк (Евпатория; 3 дивизиона «Бук-М1»);

– 174-й зенитно-ракетный полк (Дергачи (Севастополь); 3 дивизиона С-300ПС);

– 201-й зенитно-ракетный полк (Первомайск; 2 дивизиона С-300ПТ);

– 14-я радиотехническая бригада (Одесса);

– 40-я радиотехническая бригада (Любимовка, Севастополь).

Ударная авиация была представлена 16 фронтовыми бомбардировщиками Су-24М (еще до 52 единиц было на хранении) и 43 штурмовиками Су-25 (в том числе восьми учебно-боевых; еще четыре на хранении).

В составе истребительной авиации насчитывалось 6 Cу-27 (в том числе тринадцать учебно-боевых; еще пять было на хранении), 96 МиГ-29 (в том числе восемнадцать учебно-боевых; еще сорок восемь, в том числе 10 УБ, – на хранении). Кроме того, на хранении находились устаревшие машины – 37 МиГ-23МЛД и 8 МиГ-23УБ, 19 МиГ-25.

Разведывательная авиация включала 5 Су-24МР (еще не менее трех на хранении), 8 Ан-30 (еще четыре на хранении). На хранении также находились до четырех самолетов-заправщиков Ил-78.

Относительно много насчитывалось транспортных машин: 36 Ил-76 (еще восемь на хранении), 7 Ан-24, до 46 Ан-26 (еще до трех на хранении), 5 Ту-134 (еще один на хранении); 2 Ан-72 на хранении. Учебные самолеты – это 39 устаревших машин чехословацкого производства L-39 «Альбатрос» (еще тридцать девять на хранении).

Наземная ПВО включала 30 дивизионов ЗРС С-300П, 14 дивизионов ЗРК «Бук-М1». Кроме того, 4 дивизиона ЗРС С-300В и 12 дивизионов ЗРС С-200 находились на хранении.

Стоит отметить, что никакой новой техники за постсоветский период ВВС не получили, лишь 1 МиГ-29 и 13 Су-25 прошли модернизацию. Из тех самолетов, которые числились в строю ВВС, реально подняться в воздух могли не более половины (по-видимому, цифра ближе к 20–25 процентам).