Остался на бумаге и вариант МиГ-9 («ФН») с двигателем «Нин-1».

Согласно приказу МАП от 14 августа 1948 года, Микояну надлежало разработать и к 1 июля 1949 года построить на заводе № 155 летающую лабораторию СДК-9А, предназначенную для испытаний системы наведения фронтовой крылатой ракеты ФКР-1, созданной на базе И-308 авиационной «Кометы». Одновременно ОКБ-155 предписывалось разработать к 1 декабря эскизный проект самолета-снаряда «Комета» и проработать вопрос об использовании в качестве авиаматки самолетов Ту-2, Ту-14 и Ту-4.

С МиГ-9 сняли вооружение, в районе «редана» расположили кабину экспериментатора, разместив его спиной по полету, а в носовой части и на киле — антенны аппаратуры наведения ракеты на цель. Полеты летающей лаборатории, оснащенной автопилотом АП-24, начались в июне 1949 года и продолжались около четырех лет.

В конце 1946 года, одновременно с постройкой опытной машины, на заводе № 1 развернулась подготовка к его массовому производству. Серийные машины (изделие «27»), получившие в ОКБ обозначение «ФС» (И-301), укомплектованные двигателями РД-20А-2 (советский аналог БМВ-003) с ресурсом 50 часов, внешне практически не отличались от опытных, разве что небольшими форкилями. В действительности они отличались от тех машин, что выпустили к планировавшемуся параду 7 ноября 1946 года, настолько, что пришлось переделывать всю конструкторскую документацию, что потребовало перестройки всего технологического процесса серийного завода. Но и это не все. В ходе производства вносились различные изменения по бюллетеням.

Из-за неритмичной поставки пушек на завод № 1 для выполнения плановых показателей до июля 1947 года приходилось сдавать заказчику машины либо с неполным комплектом вооружения, либо вообще без него и по мере поступления орудий монтировать их в строевых частях.

Как говорилось выше, третий опытный экземпляр МиГ-9 в ноябре 1946 года должен был быть предъявлен на государственные испытания с подвесными топливными баками. Однако из-за спешной подготовки самолета к ноябрьскому воздушному параду осуществить это не удалось. В результате подвесными топливными баками объемом по 260 литров оборудовали первый серийный экземпляр истребителя № 101001, разместив их на концах крыла. Заправка подвесных баков могла осуществляться как централизованно, через третий фюзеляжный бак, так и через заливные горловины. Помимо этого, на машине провели ряд доработок, направленных на улучшение ее эксплуатационных характеристик.

Заводские летные испытания самолета № 101001, проходившие с 27 декабря 1946-го по 5 апреля 1947 года, показали, что дальность полета увеличилась с 810 до 1100 км. На высоту 5000 метров самолет поднимался за 6,25 минуты, а практический потолок составил 12 800 метров.

Государственные испытания МиГ-9 с подвесными баками начались 28 апреля, но из-за отсутствия запасных двигателей РД-20А-1 приостановили 8 мая. В дальнейшем испытания подвесных баков продолжили на втором опытном экземпляре УТИ МиГ-9.

В соответствии с письмом главного инженера ВВС Маркова от 25 декабря 1947 года заместитель министра авиапрома П. Дементьев в январе следующего года дал указание о производстве МиГ-9, начиная с машины № 450 по образцу самолета 17-й серии выпуска 1947 года с тормозными щитками по типу УТИ МиГ-9. В 1948 году планировалось устанавливать, начиная с самолета № 380, на стволы пушек приспособления для отвода пороховых газов, на самолетах с № 400 — бронестекол, комбинированные указатели скорости, указатели числа М и индикаторы топлива в баках, а с № 450 — воздушные тормоза.

За годы серийной постройки было выпущено 19 серий в количестве 610 машин, включая опытные. Из них 10 — в 1946-м и 292 — в 1947 году. В 1948 году планировалось построить 250 боевых машин по образцу самолета № 109006 и 50 УТИ МиГ-9 по образцу, прошедшему государственные испытания. Однако этому не суждено было сбыться, и серийный завод построил 302 МиГ-9, но в боевом исполнении, и перешел на изготовление МиГ-15.

Как уже говорилось, освоение МиГ-9 в ВВС началось в январе 1947 года, и уже на этом этапе на новых самолетах дали знать о себе конструктивно-производственные дефекты. Например, к 1 мая, когда истребитель впервые продемонстрировали общественности над Красной площадью столицы. Но при подготовке к воздушному параду в Тушине 3 августа на нескольких машинах сорвало в полете щитки, прикрывавшие купола колес основных опор шасси. В той акции участвовали самолеты 7-й, 8-й и 9-й серий.

Щитки усилили, но, как оказалось, недостаточно, поскольку при подготовке к параду 7 ноября 1947 года на самолетах Курсов усовершенствования младших авиационных специалистов, передислоцированных с аэродрома Сейма в подмосковное Раменское (аэродром ЛИИ), щитки продолжали отваливаться на скорости 760–780 км/ч. К тому же военные испытатели посчитали, что запас прочности самолета недостаточен.