На самолетах до 14-й серии пришлось усиливать обшивку крыла в районе хвостика нервюры № 11. Имели место случаи разрушения лопаток турбин двигателя. Все это негативно сказывалось на боеготовности частей и отношении к самолетам летного состава.

Тем не менее в январе 1948 года истребитель приняли на вооружение под обозначением МиГ-9. Первым МиГ-9 освоил личный состав 50-го отдельного учебно-тренировочного Краснознаменного авиационного полка, участвуя в подготовке к так и не состоявшемуся ноябрьскому параду 1946 года. В декабре того же года летчики полка, впоследствии преобразованного в 1-й Учебно-методический Краснознаменный центр (КУМАЦ), перегнали парадные самолеты с макетным вооружением в Саваслейку Горьковской области. В январе следующего года туда же начали прибывать летчики из строевых частей — 10-го, 11-го и 14-го иак для переучивания на МиГ-9.

Первыми же должны были перейти на новый самолет 117-й иап 14-го иак 303-й иад (1-я ВА), 5-й иак 309-й иад (7-я ВА) и 1-й гвардейский иак 3-й гвардейской иад (16-я ВА, Германия). На 1 октября 1947 года в указанных соединениях числилось всего 29 «мигов», еще 85 машин находилось в 1-м КУМАЦ.

Выпуск МиГ-9 на заводе № 1 осуществлялся большими сериями, но качество самолета оставляло желать лучшего, и первоначальные хвалебные высказывания в адрес машины сменились на противоположные. В правительство, Министерство авиационной промышленности, ОКБ посыпались всевозможные жалобы. Сообщалось о необходимости повышения запаса прочности планера, о срыве в воздухе щитков шасси, о повреждениях планера звеньями патронной ленты при стрельбе из пушек, частом выходе из строя стартеров двигателей, представлявших собой двухтактный поршневой двигатель, называвшийся немцами «риделем».

Был случай, когда ВВС вернули на завод для доработок 70 машин!

В конце 1947 года венцом терпения военных стала докладная записка главкома ВВС маршала К. В. Вершинина. В ней, в частности, отмечалось, что в некоторых частях не было ни одного самолета в летном состоянии. На докладную быстро отреагировал министр государственного контроля Л. З. Мехлис, подготовивший доклад «О поставке Министерством авиационной промышленности недоброкачественных самолетов». В докладе указывалось на плохие взлетно-посадочные свойства МиГ-9, на недоведенность оружия и отсутствие катапультных кресел, быстрый износ покрышек колес, течь топливных баков и деформацию планера, отсутствие бронестекол и низкий ресурс двигателя.

Вокруг МиГ-9 стали сгущаться тучи. Парадоксальная ситуация: ОКБ-155, разработавшее самый мощный в СССР реактивный истребитель, вложившее в него самые прогрессивные технические решения (правда, в пределах, освоенных в стране технологических процессов), стало обвиняться в создании недоброкачественных самолетов, и кем — заказчиком, принявшим машину на вооружение. В ответ на развернувшуюся кампанию недоверия к самолету Министерство авиационной промышленности СССР в начале 1948 года подготовило своего рода протест, направленный министру иностранных дел М. В. Молотову, министру Вооруженных сил Н. А. Булганину и заместителю председателя Совмина СССР М. З. Сабурову, в котором, в частности, говорилось: «МиГ-9 был запущен в серийное производство в сентябре 1946 г. по образцу опытного самолета, переданного на государственные испытания.

Выпуск первых серий МиГ-9 производился в особых условиях экстренно для обеспечения воздушных парадов 7 ноября 1946 г. и 1 мая 1947 г. К концу 1946 г. промышленность выпустила лишь 10 боеготовых МиГ-9.

Для скорейшего освоения в серийном производстве запуск был произведен, не ожидая окончания государственных испытаний. Предполагалось, что доводка самолета и двигателя будет осуществляться в процессе производства, на основании опыта эксплуатации».

По существу конструктивных недоработок и производственных дефектов, указанных в письме Л. Мехлиса, П. Дементьев сообщал:

«1. Плохие взлетно-посадочные свойства самолетов.

Никем не оспаривалось также и то положение, что реактивные самолеты, по крайней мере в первый период освоения, требовали летчиков повышенной квалификации.

2. Доводка оружия, обеспечивающая стрельбу из пушек на высотах более 7000 метров, потребовала от главного конструктора дополнительных исследований и конструктивных доработок, что задержало передачу самолета на государственные испытания на 40 дней против установленного правительством срока.

Постановлением Совета Министров № 1626-434 от 20 мая 1947 года было разрешено сдать ВВС 100 самолетов МиГ-9 без пушек Н-37 с последующей установкой в частях ВВС в III и IV кварталах 1947 года, в связи с тем, что Министерство вооружения не организовало производство этих пушек. Фактически Министерством авиационной промышленности сдано без НС-37 46 самолетов. Таким образом, все самолеты с июля 1947 года выпускаются с НС-23К, а с сентября и с Н-37.

Первые 48 МиГ-9 построены к первомайскому параду 1947 г., согласно решению правительства № 2698–1114 от 16 декабря 1946 г. по образцу самолета № 11 без оружия. Эти самолеты будут вооружены пушками НС-23К до 1 июня 1948 г. Установка пушек Н-37 на них невозможна.

3. Катапультное сиденье решением Правительства № 1591-425 от 16 мая 1947 года указано о запуске в серийное производство.

В связи с тем, что катапультное сиденье не было испытано и потребовалось изменение конструкции, работы по запуску были приостановлены.

4. Быстрый износ покрышек колес.

5. При постройке и эксплуатации 10 самолетов в 1946 году к октябрьскому параду и 50 самолетов в 1947 году к майскому параду имели место течи в керосиновых баках. Баки доработали.