Годы работы над изучением Монгольского Алтая совпадают с выполнением обязанностей ректора Томского университета. В 1906 г. В. В. Сапожников был выдвинут на этот пост группой либеральных профессоров в период так называемой автономии университетов.

После революционного подъема 1905 г. наступили годы реакции. Студенческая революционная молодежь не могла мириться с удушающей атмосферой реакции, репрессий и доносов. Студенты попадали в тюрьму и ссылку.

В. В. Сапожников, сочувственно относившийся к революционной молодежи, пользовался большой популярностью среди студентов. Он и сам оказывался объектом доносов, за которыми следовали запросы министра народного просвещения и требования: "навести порядок во вверенном Вам университете". Сочувствуя молодежи, он пытался выручать из беды пострадавших, помогал нуждавшимся сбором средств от публичных лекций.

Работа в экспедиции хоть на время освобождала от тягостной и сложной обстановки, в которой протекал учебный год. В письме к П. К. Козлову от 10 декабря 1907 г. В. В. Сапожников пишет о своем решении оставить ректорство, если оно помешает намеченному на лето 1908 г. путешествию: "довольно и того самопожертвования, что я одно лето просидел дома" {Архив ВГО, фонд 18, оп. в No 610.}. Но он еще несколько лет оставался на этом посту, подчиняясь просьбам передовой группы профессоров университета.

Кроме университета, В. В. Сапожников был занят в эти годы работой в Томском технологическом институте и организацией Сибирских высших женских курсов, вместе с Г. Н. Потаниным и группой профессоров университета и Технологического института.

В зимние каникулы В. В. Сапожников нередко выезжал в различные города Сибири с публичными лекциями.

Ежегодно В. В. Сапожников бывал в Москве и Петербурге, где его можно было встретить и на ученых съездах, и в концертных и театральных залах, и на художественных выставках.

В декабре 1909 и в январе 1910 г. в Москве и в Петербурге с большим успехом прошли доклады В. В. Сапожникова об итогах работы в Монгольском Алтае. В Москве В. В. Сапожников выступил на XII Всероссийском съезде естествоиспытателей и врачей в переполненной Большой аудитории Политехнического музея, в Петербурге -- на заседании Русского Географического общества, посвященном памяти И. В. Мушкетова.

Через год материалы четырех путешествий по Монголии были окончательно обработаны. Подписав 12 июня 1911 г. книгу к печати, неутомимый исследователь 16 июня выехал в пятое путешествие по Русскому Алтаю.

В феврале 1912 г. П. П. Семенов-Тян-Шанский личным письмом известил В. В. Сапожникова о присуждении ему почетной награды Общества -- большой золотой медали его имени "за совокупность трудов и главным образом за новый труд "Монгольский Алтай". Это письмо застало исследователя за разработкой плана нового цикла экспедиций по Семиречью, на этот раз -- ботанико-географических.

Ботанико-географические экспедиции В. В. Сапожникова в 1912-1916 гг.

Путешествия по Семиречью в 1902 и 1904 гг. В. В. Сапожников рассматривал как научную рекогносцировку, так же как и путешествие по Алтаю в 1895 г. "Очерки Семиречья" он считал предварительным опубликованием и все описание Семиречья дал в форме путевых дневников, как в книге "По Алтаю"; конечной целью нового цикла исследований была книга о Семиречье с очерком растительности на фоне общегеографического описания этого своеобразного края. Исследователь попрежнему не оставлял идеи, вдохновившей его на первое путешествие в Семиречье: проследить смену растительных форм севера Азии (Саян и Алтая) на растительные формы юга Азии (до Памира включительно).

За 10 лет, отделяющих начало этих экспедиций от первого путешествия в Семиречье (в 1902 г.), отпала надобность коллекционирования "по всем трем царствам природы" ("Очерки Семиречья", Введение, IV), которая тяготела над всеми путешественниками, посещавшими отдаленные и труднодоступные страны. Отпала надобность в маршрутной и инструментальной съемке: кроме карты Центрального Тянь-шаня, явившейся результатом путешествия 1902 г., для ряда районов можно было использовать детальные карты военных топографов.

Следует отметить порой героический труд этих скромных тружеников, нередко задерживавшихся в горах до зимы, чтобы пройти недоступные летом ущелья по руслам рек после спада воды.

Таким образом, можно было сосредоточить все усилия для достижения одной цели -- ботанико-географической.

Что касается протяженности маршрутов, то в этом отношении никаких изменений не произошло, они были попрежнему до предела напряжены и требовали ежедневных переходов в 30--40 км.

Вместо более или менее случайных спутников первых экспедиций в этих экспедициях принимает участие ряд постоянных сотрудников, в дальнейшем обрабатывавших собранный материал. Некоторые из них впоследствии были соавторами публикуемых работ (Б. К. Шишкин, позже Е. В. Никитина).

Экспедиции финансировались Переселенческим управлением, которое, начиная с 1908 г., организовало ряд ботанико-агрономических партий для изучения окраин России.

В 1912 г. первый этап путешествия был посвящен работе в долинах левых притоков рек Или, Чилика и Чарына; в долинах рек Текеса, Как-пака и Баянкола, по которому подошли к Хан-тенгри с севера. Этот этап закончился выходом в г. Пржевальск через Каркару.

Во втором этапе долиной реки Кокджар и перевалом Минтер вышли к реке Сарыджас. Были обследованы истоки реки Сарыджас и левых его притоков, -- Тюпа, Иныльчека и Каинды. Спустившись долиной реки Каинды до среднего течения Сарыджаса, поднялись вверх по Сарыджасу и, перейдя последний, ушли в долину реки Куэлю, откуда перевалом через Терскей Ала-тау, вышли к озеру Иссык-куль и в Пржевальск.