Так, увидев в 1897 г. с Талдуринского седла на Южном Чуйском хребте "холмистый хребет с обширными альпами", В. В. Сапожников не мог не уйти к границе Монголии -- к вершине Табын-богдо-ола; убедившись, что имеется еще и третий центр оледенения на Алтае (на Укоке), он вернулся к Белухе, где предстояла работа по - определению высоты этой высшей точки Русского Алтая; западный склон Белухи с истоками Кочурлы так и остался не изученным в это лето.

Отсутствие уверенности в возможности продолжить работы приводило к спешке и крайнему напряжению сил. Последняя поездка на Алтай, в 1899 г., едва не сорвалась из-за отсутствия средств. По предложению начальника округа путей сообщения инженера Аминова, пришлось уделить время на исследование Черного Иртыша, что сократило расходы на дорогу к Белухе и позволило В. В. Сапожникову пройти к истокам Кочурлы, к последним крупным ледникам Белухи {Поездка 1899 г. "В Алтайские горы" была оформлена в университете как научная командировка лишь после того, как она состоялась.}.

За четыре путешествия главная водная артерия Алтая -- Катунь, с обширным водосборным районом, была пройдена Сапожниковым на всем ее протяжении в 600 примерно верст, за исключением одной небольшой теснины.

Отчетом об этих экспедициях является книга "Катунь и ее истоки", составляющая вторую и третью части настоящего издания.

В предисловии к "Катуни" автор писал: "...я хорошо понимаю, что мои исследования далеко не исчерпывают всего научного интереса, который представляет система Катуни; многое все-таки осталось нетронутым, и потребуется немало усилий, чтобы всестороннее знакомство с страной поставить на желательную высоту".

Каждая страница "По Алтаю" и "Катуни" зовет к такому дальнейшему исследованию. Автор указывает удобное место стана, лучшую точку Иля обозрения той или иной группы ледников и призывает к посещению малоизученной страны не только исследователей-ученых, но и туристов.

В 1911 г., после двух экспедиций в Семиречье и четырех в Монгольский Алтай, В. В. Сапожников вновь посетил Русский Алтай -- Катунские и Чуйские белки. Этой экспедицией было положено начало более систематическим наблюдениям за режимом ледников: были нанесены отметки на скалах на уровне конца ледников Катунского, Берельского, Большого Талдуринского, Аккольского, Мен-су и других. По отметке 1897 г. было установлено, что Катунский ледник отступил за 14 лет на 114 сажен {Это составляет в среднем отступание ледннка на 17,4 м в год.}. При посещении больших ледников обнаруживались малые, ранее не описанные. Так, например, только за два дня близ Большого Талдуринского ледника было обнаружено три новых.

Описания отдельных отрезков маршрута этого года, например, пути от Котанды к Тайменьему озеру и истокам Катуни, вошли в книгу "Пути по Русскому Алтаю" {1-е издание в 1912 г.; 2-е -- в 1926 г.}.

Этой книгой В. В. Сапожников облегчил многим туристам путешествия по Алтаю. В книге описано много коротких маршрутов, из которых можно по желанию составить целый ряд маршрутов любой протяженности; указано основное снаряжение: инструменты, хозяйственный инвентарь и провиант, который рекомендуется иметь в пути.

Экспедиция 1911 г. обогатила также коллекцию фотографий и диапозитивов по Русскому Алтаю. Эти фотографии до сих пор широко используются различными авторами, как при географическом описании, так и в книгах по геологии {Сборник "Ойротия", изд. АН СССР, 1937 г. В. А. Обручев. "Основы геологи", 1947 г. В. А. Варсонофьева. "Жизнь гор", 1948 г. и др.}.

В. В. Сапожников стремился ознакомить широкие круги читателей с результатами своих путешествий и неоднократно делал доклады в Русском Географическом обществе, в Томском университете, в Горном обществе, на съездах естествоиспытателей и врачей, на съездах Ботанического общества и выступал с публичными лекциями, всегда привлекая многочисленную аудиторию.

Стремясь донести до слушателей всю красоту альпийских озер, ледников, лесов Алтая и ярких альпийских растений, В. В. Сапожников, перегруженный зимой большой учебной и административной работой, не жалел времени и от руки расцвечивал диапозитивы прозрачными красками, достигая исключительной точности в передаче оттенков.

Два путешествия в Семиречье и "Очерки Семиречья"

После исследований Русского Алтая и выхода в свет отчета о них -- книги "Катунь и ее истоки", В. В. Сапожников наметил новый план дальнейших работ, на этот раз в Семиреченской области. Успех только что завершенной работы вдохновлял на широкие планы и облегчал их осуществление.

В предисловии к "Очеркам Семиречья" (Томск, 1904 г.) В. В. Сапожников писал: "...Семиречье представляет для натуралиста особенный интерес, как связующее звено между Сибирью с севера и Туркестаном с юга. Подвигаясь с севера на юг от Алтая через долину Иртыша, Саур с Тарбагатаем, Джунгарские степи с Балхашем и Алакулем, Джунгарский Ала-тау, Илийскую долину и Заилийский Ала-тау до Тянь-шаня, связанного в свою очередь через Памир с системой Гималаев, мы можем наблюдать, как постепенно в флоре и фауне утрачиваются черты Сибири и появляются черты, свойственные Туркестану и даже Гималаям. Проследить возможно детально столкновение форм севера и юга Азии и понять их географическое распространение из факторов климатических, орографических и биологических составляет почтенную и интереснейшую задачу многих будущих исследователей".

Вполне сознавая, что время для широких обобщений еще не пришло, В. В. Сапожников ставил своей задачей хотя бы положить основание к таким обобщениям, собрать материал.

При обсуждении плана этой экспедиции в Русском Географическом обществе первый исследователь Тянь-шаня, П. П. Семенов, настаивал на исследовании Джунгарского Ала-тау, который справедливо называл "неведомой землей". На выполнение этого поручения Русское Географическое общество ассигновало дополнительные средства сверх того, что было дано Томским университетом. Небольшую сумму выделил также Томский технологический институт.