При благоволившем к Чудову монастырю и почитавшем его основателя митрополита Алексия Иване Грозном возродился древний обычай крестить княжеских и царских детей у мощей святителя. Впервые в истории монастыря отмечено крещение в 1384 г. св. Киприаном и преп. Сергием Радонежским родоначальника рода Воейковых, Воейко-Терновского, прибывшего на службу к Дмитрию Донскому. Сам Иван IV крестил здесь в 1554 г. царевича Ивана, в 1556 г. царевну Евдокию, в 1557 г. царевича Федора, в 1559 г. своего племянника кн. Василия Юрьевича. Царь Федор Иванович, следуя отцовскому обычаю, крестил в Чудове свою дочь Феодосию. Патриарх Филарет продолжил этот обычай и крестил своего внука царевича Алексея Михайловича. Алексей Михайлович в свою очередь крестил в Чудове своего первенца Дмитрия в 1648 г., других детей в Успенском соборе, но царевича Петра и его сестру царевну Наталью снова у мощей св. Алексия. В 1818 г. здесь был крещен Александр II, родившийся в примыкавшем к монастырю Малом Николаевском дворце – бывших митрополичьих покоях.

Посещения монастыря почитаемыми и высокоучеными гостями, проживавшими в Чудове длительное время, и внимание к нему членов царской фамилии при возникновении идеи о создании в России ученой Греко-латинской школы, были причинами тому, что такая школа была основана именно здесь по благословению патриарха Филарета и существовала до учреждения Славяно-греко-латинской академии. По свидетельству Олеария, руководителем этой школы был Грек Арсений, на смену которому был вызван Епифаний Славинецкий. Голландец Кленк писал в 1675 г. об этой школе, что «Чудов монастырь скорее можно назвать дворянским учебным заведением, чем монастырем», где дети бояр и важных вельмож проходили курс обучения до 16 лет. Духовно-просветительское значение Чудова монастыря сохранялось и после основания Академии и других духовных школ, что подтверждается Указом Петра I 1723 г., повелевавшим «в Чудове монастыре монахов иметь, которые бы достойны были к производству в духовные начальники» (23, с. 299).

Здесь же содержали исстари для исправления провинившихся духовных владык, считая монастырь не казематом, но духовной крепостью со строгим учительным житием для всей братии. Еще в 1391 г. сюда был водворен тверской епископ Евфимий Вислень, через год скончавшийся и похороненный за алтарем храма. В 1397 г. в монастыре был погребен владыка смоленский Даниил. В 1401–1404 гг. новгородский владыка Иван провел здесь более трех лет по решению великого князя Василия I и митрополита Киприана. Здесь же были заключены принявший Флорентийскую унию митрополит Исидор, бежавший в 1440 г. в Рим, и последний независимый новгородский митрополит Феофил, скончавшийся здесь через шесть лет и здесь погребенный. В 1504 г. сюда вернулся в качестве заключенного и строитель Алексеевской церкви, поборник православия и гонитель еретиков новгородский архиепископ Геннадий, обвиненный в мздоимстве. По устойчивому преданию, впрочем не имеющему точных документальных подтверждений, в Чудовом монастыре некоторое время проживал монах Григорий Отрепьев – Лжедмитрий I, бежавший в Польшу в 1602 г. вместе со священником Варлаамом и «крылошанином» Мисаилом Повадиным. При воцарении Василия Шуйского в 1606 г. в Чудове был заключен поставленный Лжедмитрием патриарх Игнатий. Он прожил здесь в простых чернецах до 1611 г., когда мятежные бояре и поляки, заточив патриарха Гермогена, снова возвели на патриарший престол того же Игнатия. 12 декабря 1666 г. в присутствии Вселенских патриархов Паисия Александрийского и Макария Антиохийского в Благовещенской церкви Чудова монастыря состоялся Соборный суд над патриархом Никоном, на котором он был лишен патриаршего сана и отправ лен в заточение.

В войну 1812 г. в соборном храме монастыря была канцелярия маршала Даву. Французы разграбили монастырь, выбросили в ров у Кремлевской стены дела архива духовной консистории и правительствующего Сената, смежного с ней. Даже мощи свт. Алексия были выброшены из раки и обнаружились в придельном храме Благовещения заваленными разным мусором. После изгнания французов монастырь был восстановлен, епархиальные учреждения, такие, как консистория, епархиальное попечительство, цензурный комитет, переведены в другие здания монастыря. В 1833 г. консистория была вообще переведена на Лубянку, в здание бывшего Рязанского подворья.

В 1839–1849 гг. под надзором митрополита Филарета академик М. Д. Быковский реставрировал основные храмы монастыря: Михайловский, Алексеевский и Благовещенский. Эти работы были высоко оценены современниками. В соборной церкви свт. Алексия в 1839 г. был устроен новый бронзовый иконостас, фоны которого были обиты листовым серебром, а колонны позолочены, с царскими вратами из чистого литого серебра барельефной и горельефной работы. Иконостас был выполнен мастером Саликовым по рисункам графа Ф. П. Толстого, знаменитого гравера, модельера и скульптора классицизма.

В монастыре были погребены многие выдающиеся церковные и светские деятели России XIV–XVIII вв.: архиепископ Новгородский Геннадий, митрополит Адрианопольский Матфий, всероссийские митрополиты Феодосий, Симон и Афанасий; архиепископы московские Иосиф, Платон (Малиновский), Тимофей; иеромонах и писатель Карион Истомин, справщик книг Епифаний Славинецкий, иконописец и юродивый Тимофей Архипов, воспитатель и родственник царя Алексея Михайловича И. И. Морозов и его жена Анна Ильинична; последний казанский царь Едигер, в крещении Симеон; представители знатных боярских и княжеских родов Морозовых, Оболенских, Трубецких, Хованских, Куракиных, Щербатовых, Стрешневых, Милославских, Салтыковых, Волынских, Пушкиных, Одоевских и многих других; наряду с ними здесь лежали простые монахи монастыря.

Захоронения в монастыре светских лиц были прекращены уже в конце XVIII в., но 4 февраля 1905 г. бомбой террориста И. Каляева у Никольских ворот Кремля был убит генерал-губернатор Москвы великий князь Сергей Александрович. Его останки перенесли в Алексеевский собор и положили у раки с мощами свт. Алексия. По проекту В. Загорского и П. Жуковского под наблюдением академика архитектуры Р. И. Клейна в 1906 г. в подклете Алексеевской церкви был устроен храм-усыпальница великого князя, освященный во имя преп. Сергия Радонежского, со склепом, расположенным точно под ракой святителя. Иконостас в храме выполнил академик живописи К. Степанов в древней темперной технике (44, т. 1, с. 117). Этот храм был случайно открыт в 1985 г. во время земляных работ на Ивановской площади. Были обнаружены две камеры, в одной из которых стоял гроб с серебряными накладками. При вскрытии гроба в нем оказались останки тела, облаченные в полуистлевший мундир. Серебро взяли в музей, а храм вновь засыпали и только останки великого князя Сергея Александровича с крестным ходом торжественно перенесли в Новоспасский монастырь и положили в усыпальнице Романовых.

В 1911 г. в монастыре была устроена еще одна небольшая церковь во имя свт. Иоасафа Белгородского по инициативе последнего архимандрита, затем епископа в ранге наместника сщмч. Арсения (Жадановского). Эта церковь находилась рядом с кельями наместника, занимая часть подколокольного помещения, и епископ Арсений обыкновенно совершал в ней ежедневную службу. Название храму было выбрано по недавно состоявшейся канонизации свт. Иоасафа (2, № 1033).

В 1905 г. в монастыре числились: наместник – архимандрит, казначей – архимандрит, 10 иеромонахов, 4 иеродьякона, 34 послушника.