К тому времени ненависть к Годою достигла апогея. В марте 1808 г. в Аранхуэсе, где находилась королевская семья и фаворит, вспыхнул мятеж. Годоя свергли, а Карл IV был вынужден передать корону сыну, однако вскоре аннулировал свое отречение от престола. Коротким междуцарствием сразу же воспользовался Наполеон. Он заманил испанских Бурбонов на юг Франции, в Байонну, где вынудил их отречься от короны в его пользу. Передавая все права на Испанию императору французов, Карл IV оговорил лишь два условия: признание католической религии единственной верой в государстве, а также сохранение целостности и независимости Испании и ее колоний. Последнее условие оказалось трудновыполнимым.

Пока в Байонне решались судьбы Испании, в Мадриде 2 мая 1808 г. вспыхнуло восстание против французов, которое было потоплено в крови. Известия о нем и о «байоннских отречениях» взбудоражили всю страну. Возмущение народа стремительно перерастало в вооруженные столкновения с французами. Восставший народ вооружался, захватывая арсеналы, и требовал объявления войны Франции во имя религии, Родины и Фердинанда «Желанного». По всей Испании стали возникать хунты, которые возглавили восстание, вскоре была создана Центральная хунта, действовавшая от имени «плененного» Фердинанда VII (после «байоннских отречений» Фердинанд остался во Франции).

Назначенный Наполеоном «королем Испании и Индий» его брат Жозеф (Хосе I) не смог умиротворить страну. Для большинства испанцев он так и остался королем-чужаком, узурпатором законной власти Бурбонов. В ноябре 1808 г. император французов лично возглавил поход в Испанию, в результате которого удалось покорить почти всю страну. Многие патриоты и члены Центральной хунты бежали на юг страны и укрылись в Кадисе, который выдержал французскую осаду. Именно в Кадисе были созваны кортесы, которые 19 марта 1812 г. приняли первую в истории страны конституцию.

Патриоты, мечтавшие сохранить целостность Испанской империи, уравняли в правах свободное население колоний и метрополии. Первая статья Кадисской конституции гласила: «Испанская нация есть объединение всех испанцев обоих полушарий». Исчезли «Индии», а более подходящее территориальное деление было отложено, согласно конституции, до тех пор, пока не «позволит политическая обстановка», т. е. пока не закончится война против французов. То были надежды, которым не суждено было сбыться, ведь «политическая обстановка» стремительно менялась и в самих колониях.

В конце XVIII в. Испанская Америка делилась на четыре вице-королевства: Новая Испания (современная Мексика, Центральная Америка и южная часть нынешних США), Перу (современные Перу и Чили), Новая Гранада (современные Венесуэла, Колумбия, Эквадор и Панама) и Рио-де-ла-Плата (современные Аргентина, Парагвай, Боливия и Уругвай). Их отличало экономическое, социальное, культурное и этническое разнообразие. Колониальное общество состояло из «пиренейцев» (уроженцев метрополии), креолов (испанцев, родившихся в Америке), индейцев, негров, метисов, мулатов, самбо. Именно креолы стали движущей силой движения за независимость колоний от. метрополии: они были недовольны реформами Бурбонов, направленными на централизацию управления империей, выступали за свободную торговлю с другими странами и были достаточно образованными, чтобы воспринять идеи Просвещения и Французской революции конца XVIII в. Однако не все креолы являлись сторонниками отделения от Испании, и до 1808 г. колониальное общество в целом сохраняло лояльность Мадриду.

Начало войны в Испании резко изменило ситуацию. Во многих городах Испанской Америки стали возникать хунты, наподобие тех, что образовались на Пиренейском полуострове. Как и в метрополии, хунты в колониях отказывались признать Жозефа Бонапарта королем и провозглашали свою верность Фердинанду VII. Таким образом, они фактически становились независимыми от метрополии. Ведь с их точки зрения власть над колониями Центральной хунты и Кадисских кортесов могла быть спорной, а политические и экономические связи с охваченной войной Испанией были номинальными и очень непрочными. Уже тогда креольские хунты начали вводить принцип свободной торговли и предпринимательства, а также отменять многие законы и налоги колониальной эпохи. После похода Наполеона и почти полной оккупации Испании французскими войсками начинается отделение колоний от Испании. Так внутриполитический кризис в охваченной войной метрополии стал прологом к глобальному кризису всей Испанской империи, а в конечном счете — к ее развалу.

В колониальном обществе и армии не было единства взглядов на будущее колоний и Испанской империи. Поэтому освободительное движение сопровождалось кровопролитной гражданской войной между патриотами, возглавившими движение за независимость, и местными роялистами. Наиболее ожесточенным этот конфликт стал в Венесуэле и Мексике, где и началось движение за независимость.

Тем временем в самой Испании война против французов подходила к концу. В декабре 1813 г. император французов, пытаясь сосредоточить все свои силы против Шестой антифранцузской коалиции, вернул испанскую корону Фердинанду VII. Жозеф Бонапарт и французские войска покидали Испанию. Война завершилась победой патриотов, но Испания была обессилена и опустошена кровопролитной войной, и в новом мире ей была уготована роль второстепенной державы.

В качестве единственного «вознаграждения» от держав-победительниц за вклад в победу над Наполеоном Испания получила часть о. Санто-Доминго (переданную Испанией Франции в 1795 г.), однако власть Мадрида там оставалась номинальной: еще в 1791 г. во французской части острова началось восстание негров-рабов, а в 1804 г. там было провозглашено независимое государство Гаити, в 1822 г. захватившее весь остров. В 1844 г. в бывшей испанской части острова была провозглашена независимая от Гаити Доминиканская республика.