В поиске ответов на вызовы времени началось возрождение православной мысли. Вели с последней четверти XVIII в. были оживлены традиции мистико-аскетической практики («умного делания») и старчества (их центрами стали, в частности, Нямецкий монастырь в Румынии, Саровская и Оптина пустыни в России), то к концу столетия сформировалась вполне самобытная светская линия русского православного философствования. Важным стимулом развития православного богословия, церковной публицистики, историко-церковной науки стал перевод Библии со славянского (церковно-славянского) на русский язык (окончательно завершен в 1876 г.). Большую роль в возрождении духовного просвещения в Константинопольской церкви сыграло открытие богословского училища на острове Халки в 1844 г. Огромное значение для всего православного мира имела духовная деятельность «монашеской республики» — обителей Святой Горы Афон (кстати, греческий п-ов Халкидики, к которому прилегает Афон, вплоть до 1912 г. оставался территорией Османской империи).

История русской церкви в XIX столетии во многом определялась политикой правительства и потому неотделима от перипетий государственного курса. Либерально-мистическая линия обер-прокурора А.Н. Голицына (1803–1816) в эпоху Александра I, консервативная политика обер-прокурора Н.А. Протасова (1836–1855) при Николае I, попытка «подморозить Россию» с использованием ресурсов церкви, предпринятая обер-прокурором К.П. Победоносцевым (1880–1905), — идейные истоки всех этих стратегий по отношению к церкви были внешними. Однако среди российских высших иерархов в тот период мы встречаем также немало сильных и самостоятельных деятелей: митрополит Платон (Левшин, 1737–1812) — автор первого научнокритического исследования по истории русской церкви, сыгравший ключевую роль в учреждении в 1800 г. единоверия (своеобразной формы присоединения старообрядцев к господствующей церкви — разрешалось сохранение старого обряда, но нужно было признать власть Синода); святитель Филарет (Дроздов, 1782/1783-1867) — плодовитый церковный писатель и администратор, автор Манифеста об освобождении крестьян (1861), благословивший работу над русским переводом Библии; святитель Иннокентий (Вениаминов, 1797–1879) — выдающийся миссионер, проповедовавший в Якутии, на побережье Охотского моря, на Камчатке, Аляске, Алеутских островах.

Хотя после польского восстания 1830–1831 гг. отношение официального Петербурга к униатской церкви ухудшилось, никто поначалу не помышлял о прекращении ее деятельности. Воссоединение униатов с православием стало личным успехом униатского епископа Литовского (1833–1839), уроженца Киевской губернии Иосифа Семашко (1798/1799-1868), искренне верившего в единство восточного славянства под эгидой Великороссии и умело уловившего настроения имперской власти, и двух его сторонников-епископов. В 1839 г. Полоцкий собор принял решение о воссоединении униатов Российской империи с православием, а под соответствующим обращением к императору подписались 1305, а затем еще 302 представителя черного и белого духовенства. Число присоединившихся к православию жителей западнорусских земель превысило 1,6 млн человек. Тем не менее еще осенью 1838 г. с протестом против уничтожения униатства выступили 111 священников. Сопротивление оказалось заметным, так что вторая часть словесной формулы, выбитой на памятной медали: «Отторгнутые насилием (1596) воссоединены любовию (1839)», верна не полностью. Примеры принуждения показал А.И. Герцен в статье «Секущее православие» (1858). В Царстве Польском, на Холмщине, униатская церковь была ликвидирована в 1875 г., после чего униаты сохранились только в австро-венгерской Галиции. В 1905–1909 гг. после указа Николая II «Об укреплении начал веротерпимости» 233 тыс. человек перешли из православия в католичество — это и были почти исключительно греко-католики.

К началу XIX в. католицизм и его важнейший институт — папство — подошли в ослабленном состоянии. Несмотря на сохранявшееся экономическое могущество Римской церкви, пышность богослужений и миссионерские успехи, авторитет Святого престола снижался, а католическое богословие переживало упадок. На протяжении всего столетия усилия высшего руководства католической церкви были направлены на отстаивание светских прерогатив и особых духовных полномочий папской власти, на борьбу с «заблуждениями современности» (политический либерализм и церковный модернизм, законодательно закрепленные принципы светскости, свободы совести и отделения церкви от государства). Рост национальных государств и национальных идеологий часто оборачивался против католицизма, чей универсализм и верность Папе Римскому (вплоть до 1870 г. — светскому правителю со своими внешнеполитическими интересами) воспринимались как угроза сплочению общества вокруг единой национальной светской власти.

В то же время, помимо простого отвержения новых ценностей, католическая мысль к концу XIX в. пытается восстановить свое влияние в обществе путем освоения новых интеллектуальных и социальных стратегий. Важными аспектами этой обновленной идейно-богословской парадигмы, окончательно оформившейся в XX в., в эпоху Второго Ватиканского собора, становятся утверждение верности папе при допустимости культурного и культового многообразия внутри Церкви, акцент на социальный характер христианского учения, открытость к диалогу с научным миром и использование данных светской науки, в том числе при изучении Библии.

Ослабление политического влияния папства к началу XIX столетия было связано в числе прочего с роспуском под давлением католических монархов ордена иезуитов — того самого «Общества Иисуса», которое оказало Риму столько услуг (1773). Примечательно, что структуры иезуитов продолжали действовать на территории некатолических государств — Пруссии и России (так, в 1801 г. папа Пий VII (1800–1823) официально признал существование ордена в Российской империи). Под руководством избранного в 1805 г. нового главы ордена в России Фаддея Бжозовского (1749–1820) иезуиты расширили свою деятельность: были основаны новые миссии, а иезуитский коллегиум в Полоцке был преобразован в академию с правами университета. Однако активная работа иезуитов по обращению в католицизм привела к тому, что в 1815 г. они были высланы из Петербурга, а в 1820 г. их деятельность в России была прекращена.

На XIX в. приходится «Эпоха Пиев» (1775–1958), названная так потому, что семь из одиннадцати правивших в данный период римских первосвященников носили имя Пий. В первой половине XIX в. идейной основой католической проповеди и публицистики оставалось ультрамонтантство (идеи жесткого подчинения национальных католических церквей Папе Римскому, а также положение о превосходстве светской власти пап над светскими государями). Наиболее ярко эти тезисы были представлены в сочинении савойского политического мыслителя Жозефа де Местра «О папе» (1819). Папская власть представала единственной Божественной властью на земле, неограниченной по самой своей природе и простиравшейся как в духовной, так и в светской сферах; папа признавался единственным хранителем и непогрешимым истолкователем предания Церкви; лишь пребывающие в духовном общении с папой могут надеяться на спасение.

Противоположной ультрамонтантству являлась идея построения национальной католической церкви (в последней трети XVIII в. в этом русле была выдержана политика австрийского императора Иосифа II (1780–1790) и государей некоторых католических немецких княжеств). В первой половине XIX в. было предпринято несколько слабых неудачных попыток основания церковных сообществ, независимых от папы (так называемая «французская католическая церковь» аббата Франсуа Шателя (1795–1857) в 1830-е годы, «немецко-католическое движение» во главе с Иоханнесом фон Ронге (1813–1887) в 1840-е годы).