На панихиде (1911 г.) в храме Спаса-на-Водах накануне его освящения сказал пророческие слова: «За забвение Бога, за глумление над Его заповедями…за неиспользование находящихся, по воле Его, у народа сил и средств, – Бог отступается от народа, лишает его Своего благоволения и помощи, после чего беды и несчастья, как тучи черные, находят на народ, и от этих туч гибнут не всегда виновные, часто и невинные».

В июне 1913 года ему присвоено звание почетного настоятеля Федоровского собора в Царском Селе. В годы Первой мировой войны находился в Ставке, откуда руководил пятитысячной армией военных священников, а также выезжал на фронт, бывал на передовых позициях.

В 1917 году был кандидатом на Петроградскую архиерейскую кафедру, получив на выборах 93 голоса. Член Всероссийского Поместного Собора 1917–1918 годов, член Высшего церковного совета. С 13 апреля 1918 года был настоятелем домовой церкви Александра Невского при бывшем Управлении протопресвитера военного и морского духовенства в Петрограде. В сентябре 1918 года Витебский совет рабочих депутатов приговорил его к смертной казни. Расстрел был назначен на 9 сентября. Предупрежденный об этом, был вынужден бежать.

30 сентября 1918 года, спасаясь от террора, в одежде оборванца, с паспортом умершего крестьянина Скобленка, прибыл из Витебска в Киев, находившийся тогда под властью гетмана Павла Скоропадского. В Киеве был вынужден пробавляться написанием статей в местные газеты и окончательно испортил личные отношения с митрополитом Киевским Антонием (Храповицким).

В ноябре 1918 года гостил в Ялте у великого князя Николая Николаевича; 9 декабря прибыл в Екатеринодар и 10 декабря приказом генерала Деникина был назначен на должность протопресвитера военного и морского духовенства Добровольческой армии (число священников в Армии – около 50).

В начале февраля 1919 года выступил с инициативой организовать Временную высшую церковную власть на юго-востоке России – ввиду невозможности сношений с патриархом и синодом в Москве. Под председательством Донского архиепископа Митрофана (Симашкевича) с 19 по 24 мая проходили заседания Собора, который учредил Временное Высшее церковное управление (ВВЦУ), облеченное всею полнотой власти, какая принадлежит Патриарху, Священному синоду и Высшему церковному совету – до восстановления связи с патриархом. Стал членом ВВЦУ на юго-востоке России.

28 марта 1920 года генерал Петр Николаевич Врангель заменил его на посту главы военного духовенства вооруженных сил юга России, место протопресвитера занял епископ Вениамин (Федченков). В апреле 1920 года из Феодосии эмигрировал в Болгарию. Имел натянутые отношения с назначенным летом 1921 года настоятелем бывшей посольской церкви в Софии и управляющим русскими церквами в Болгарии епископом Серафимом (Соболевым) (до 1945 г. в РПЦЗ).

В эмиграции мнение о нем в консервативной церковной среде как о масоне, шпионе и ренегате еще более укрепилось; поддерживал экуменизм, введение григорианского календаря, а также притязания на власть митрополита Евлогия (Георгиевского) в споре того с митрополитом Антонием.

Не смог участвовать в Зарубежном («Карловацком») Соборе 1922 года, так как не получил въездной визы в Королевство С. Х. С.; на Соборе против него звучали обвинения в соучастии в разложении русской армии – в частности, со стороны епископа Вениамина (Федченкова).

В 1926 году, ввиду готовившихся Архиерейским синодом запрещений, перешел в юрисдикцию Болгарского экзарахата и фактически порвал отношения с РПЦЗ.

С 1926 года – приват-доцент кафедры гомилетики, затем профессор пастырского богословия богословского факультета Софийского университета, законоучитель и директор Русской гимназии. Принимал участие в организации Софийской духовной академии.

В июле 1946 года патриарх Алексий I пригласил Шавельского вернуться в СССР и занять должность профессора Московской духовной академии; Шавельский ответил согласием. Затем, однако патриарх, по указанию председателя Совета по делам Русской Православной Церкви Г.Г. Карпова, был вынужден отказать Шавельскому (по выражению Карпова «ввиду неполучения корпуса в Загорске, а фактически ввиду его старости»). Возвращение Шавельского на родину не состоялось.

В письме от 7 мая 1948 года поверенного в делах СССР в Болгарии К. Левычкина заместителю министра иностранных дел Вышинскому давалась следующая его характеристика как предполагаемого кандидата в делегацию Болгарской Церкви на совещание глав и представителей православных церквей в Москве в июле того же года: «… белоэмигрант (комиссия отказала ему в восстановлении в советском гражданстве за активную антисоветскую деятельность), сторонник экуменизма, имеет сомнительные связи с американскими представителями в Болгарии, оказывает большое влияние на экзарха Стефана». В связи с планами экзараха Стефана использовать Шавельского (а также протопресвитера Стефана Цанкова) для выступления на Совещании против Московской патриархии, Левычкин предлагал прямо сказать экзарху, что кандидатура Шавельского в составе делегации «нежелательна как белогвардейца, не восстановленного в советском гражданстве за его активную деятельность против Советского Союза»; в состав делегации включен не был.

Председатель Совета по делам Русской Православной Церкви Г.Г. Карпов в своем письме от 2 сентября 1949 года в МИД СССР В.А. Зорину предлагал «.устранение от занимаемых постов, а может быть, и привлечение к ответственности проф. Цанкова и протопресвитера Шавельского как главную агентуру западных экуменистов.

Георгий Иванович Шавельский скончался 2 октября 1951 года в Софии. Отпевание в храме святых Седьмочисленников, где священствовал протопресвитер, возглавил Председатель Синода митрополит Кирилл в сослужении, среди прочих, протопресвитера Стефана Цанкова.