Доктор богословия honoris causa богословского евангелического факультета имени Яна Гуса в Праге (1950 г.); Софийской духовной академии (1952 г.); Богословской академии Венгерской реформатской церкви (1953 г.); Православного богословского института в Бухаресте (1954 г.); протестантского Богословского института в Клуже (1955 г.).

23 октября 1914 года пострижен в монашество ректором Академии епископом Анастасием (Александровым), высокообразованным иерархом, оказавшим большое влияние на духовное развитие будущего митрополита. 24 октября 1914 года – иеродиакон; 25 октября – иеромонах.

Вскоре после своего рукоположения в священный сан с именем Николай он выехал на фронт Первой мировой войны, сначала для служения духовником-проповедником в санитарном поезде, а с ноября 1914 года – священником лейб-гвардии Финляндского полка. В 1915 году в связи с тяжелой болезнью (ревматизм с осложнением на сердце) покинул фронт.

С 1915 года – преподаватель литургики, гомилетики, практического руководства для пастырей, церковной археологии, немецкого языка в Петроградской духовной семинарии.

С декабря 1916 года – священник церкви святителя Николая при Николаевской детской больнице.

С декабря 1918 года – и. о. настоятеля Петропавловского собора г. Петергофа.

27 декабря 1919 года стал и. д. наместника Александро-Невской лавры; на следующий день митрополитом Петроградским Вениамином (Казанским) возведен в сан архимандрита.

Под его руководством в лавре издавались «Листки», проводились внебогослужебные беседы, религиозно-философские, богословские и церковно-общественные чтения, действовало Богословско-пастырское училище, в котором архимандрит Николай читал лекции по литургике, гомилетике (церковному проповедничеству).

7 апреля 1922 года в Троицком соборе Александро-Невской лавры был хиротонисан во епископа Петергофского, викария Петроградской епархии. Хиротонию совершили митрополит Петроградский и Гдовский Вениамин (Казанский), епископ Ямбургский Алексий (Симанский), епископ Лужский Артемий (Ильинский) и епископ Кронштадтский Венедикт (Плотников).

Негативно относился к обновленческому движению, официально признанному в 1922 году властями как Православная Российская Церковь. Вместе с другим викарием – епископом Алексием (Симанским) – стоял во главе «Петроградской автокефалии», которая занимала позицию неприсоединения: не подчинялась ни обновленческому Высшему церковному управлению митрополита Антонина (Грановского), ни находившемуся тогда под домашним арестом «бывшему» (по терминологии ВЦУ и властей) патриарху Тихону. После ареста епископа Алексия (Симанского), с октября 1922 года по февраль 1923 года, возглавлял «Петроградскую автокефалию».

В феврале 1923 года был выслан в поселок Усть-Кулом Зырянского края. В это время о. Николай был тяжело болен из-за обострения ревматизма. В ссылке написал акафист Богоматери, который совершал позднее перед Ее иконой, именуемой «Млекопитательница». После окончания ссылки, в начале 1926 года вернулся в Ленинград, поселился в Петергофе (Красный пр., 40), служил в местном Петропавловском соборе.

В сентябре 1927 – феврале 1928 годов временно управлял Ленинградской епархией, получив назначение от митрополита Сергия (Страгородского) и Временного при нем Патриаршего Священного синода, после устранения с кафедры митрополита Иосифа (Петровых). Активно поддерживал линию заместителя Патриаршего местоблюстителя (митрополита Сергия (Страгородского)), направленную на достижение «легализации» со стороны существовавшего в СССР режима за счет значительных уступок со стороны Патриархии. В данный период противостоял не только обновленцам, но также и сильному с конца 1927 года иосифлянскому движению сторонников смещенного с Ленинградской кафедры митрополита Иосифа (Петровых).

В 1935 году возведен в сан архиепископа и поставлен архиепископом Петергофским с предоставлением прав епархиального архиерея.

К концу 1937 года в Петергофе были закрыты все храмы, кроме кладбищенского.

В 1936–1940 годах, оставаясь по титулу Петергофским, по поручению митрополита Алексия (Симанского), управлял Новгородской и Псковской епархиями. В то время ему запретили жить в Ленинграде, он вынужден был переехать в поселок Татьянино под Гатчиной. Служил обычно иерейским чином в ленинградском Никольском Морском соборе.

Осенью 1940 года был, вследствие введения в заблуждение Патриаршего местоблюстителя митрополитом Алексием (Симанским) и вопреки своему отказу от назначения, определен архиепископом (с 9 марта 1941 г. – митрополит) Волынским и Луцким, экзархом западных областей Украины и Белоруссии. Назначение вопреки своему желанию (у него в тот момент умирала мать) в значительной мере определило лично неприязненные отношения с будущим патриархом Алексием.

Пользовался доверием органов советской власти, руководил присоединением к Русской Православной Церкви западно-украинских и западно-белорусских епархий, которые ранее находились в юрисдикции Польской Православной Церкви. Совершал поездки по экзархату, в частности, служил во львовском Георгиевском храме.

9 марта 1941 года возведен в сан митрополита.

С 15 июля 1941 года – митрополит Киевский и Галицкий, экзарх Украины. С наступлением немецких войск эвакуировался в Москву, не успев взять с собой ничего, кроме архиерейского посоха. 12 октября 1941 года в своем завещании, написанном перед эвакуацией из Москвы, митрополит Сергий (Страгородский), назвал его третьим кандидатом в местоблюстители после своей кончины, после митрополита Алексия (Симанского) и архиепископа Сергия (Гришина). Сопровождал митрополита Сергия в эвакуацию, но уже через 4 месяца вернулся в Москву.