В августе 1884 года перешел из 6-го класса гимназии во 2-й класс Олонецкой духовной семинарии, которую окончил в июне 1889 года и был определен на должность надзирателя за учениками и эконома при общежитии Петрозаводского духовного училища, где проработал до 2 сентября 1891 года. В конце лета того же года поступил и в 1895 году окончил Санкт-Петербургскую духовную академию со степенью кандидата богословия. Магистр богословия (защитил диссертацию в 1926 г., утвержден в степени в 1927 г., тема диссертации «Мессианские представления иудеев по Таргуму Ионафана, сына Узиелова»). Доктор богословия (1949 г.).

После окончания семинарии был вынужден отложить поступление в Академию из-за тяжелого материального положения семьи. С сентября 1895 года – наблюдатель церковно-приходских школ и школ грамоты Олонецкой епархии. Вступил в должность, когда школьное дело в епархии находилось в упадке. В результате его деятельности в течение пятнадцати лет количество школ, а следовательно, и учащихся увеличилось в два раза, в два с половиной раза увеличился контингент учителей, а средства на содержание школ в шесть раз. В епархии были открыты 308 библиотек с общим количеством книг более 55 000 томов. Для взрослого населения при школах были введены воскресные чтения.

С апреля 1897 года – одновременно, священник кафедрального собора Петрозаводска. С мая 1907 года – протоиерей. Отец Николай Чуков принимал активное участие в различных общественных благотворительных и просветительных организациях, участвовал в деятельности Православного Карельского братства, в 1909–1917 годах – председатель его Олонецкого совета. Был близок к русским националистам, выступавшим против увеличения финского влияния в Карелии. В течение 17 лет представлял духовенство в Олонецком губернском земстве, дважды избирался кандидатом в члены Государственного совета от белого духовенства. С 1906 года – член, с 1910 – председатель Совета Олонецкого епархиального женского училища.

С 3 февраля 1911 по 1918 годы – ректор Олонецкой духовной семинарии. Ревизор Учебного комитета при Св. синоде П.Ф. Полянский (позднее – митрополит Петр (Полянский)) писал в 1915 году о деятельности о. Николая Чукова: «Нынешний ректор, будучи начальником солидным, авторитетным и заботливым, сумел и на воспитанников повлиять благотворно, вселив в них любовь к благолепию церковной службы».

Был известен своими широкими взглядами – так, любил бывать в театре, и, занимая одно из самых видных мест в первых рядах партера, давал понять, что не видит в этом ничего предосудительного.

Выступал в печати за сохранение религиозного образования в государственной школе. 24 июня того же года Олонецким общим епархиальным съездом духовенства и мирян был избран председателем Олонецкого епархиального училищного совета, а также представителем от духовенства на Губернское Земское собрание.

В 1918 году дважды арестовывался в Петрозаводске, после второго ареста был выслан из Олонецкой губернии, переехал в Петроград.

В 1919-1920-е годы – настоятель Петропавловской церкви Петроградского университета. С декабря 1920 года – настоятель Казанского собора. В 1920 году избран ректором Петроградского богословского института, преподавал в институте христианскую педагогику с дидактикой Закона Божия. Являлся товарищем председателя правления Общества православных приходов Петрограда и его губернии.

30 мая 1922 года арестован по делу «о сопротивлении изъятию церковных ценностей». 5 июля 1922 приговорен к высшей мере наказания на «процессе митрополита Вениамина». 3 августа 1922 года расстрел ему и еще нескольким приговоренным заменили пятью годами тюрьмы со строгой изоляцией. Освобожден 30 ноября 1923 года.

С 29 марта 1924 по март 1935 года – настоятель Николо-Богоявленского собора. В 1924–1928 годы возглавлял районные богословские курсы, с 1925 года – Высшие богословские курсы. В трудные годы гонений на церковь стремился сохранить традицию качественного духовного образования.

Был сторонником «примирительной» политики по отношению к обновленческому движению (в том числе соглашался на значительные уступки обновленцам, возможность которых была отклонена священноначалием), однако всегда оставался в юрисдикции Патриаршей церкви. По словам профессора-протоиерея Георгия Митрофанова, «безусловно, он не демонизировал обновленчество, он видел в обновленцах людей, достойных уважения. Сам не будучи обновленцем, сотрудничал с ними в сфере духовного просвещения. Безусловно, ему были созвучны некоторые их идеи в плане преобразования богослужения».

Остался верен Заместителю Патриаршего митрополита Сергию (Страгородскому) после издания им Декларации от 1927 года.

Одновременно с церковной службой, с 1918 по 1922 год состоял научным сотрудником Комиссии по исследованию естественных производительных сил России при Академии наук, а с 1926 года – членом Комиссии по изучению Карельско-Мурманского края при Русском географическом обществе.

11 июня 1930 года арестован по делу организации «Всенародный союз борьбы за возрождение свободной России» («Дело академика Платонова»), 14 марта 1931 года освобожден из Дома предварительного заключения «за недоказанностью обвинения».