На подходе к старому пассажирскому терминалу по штурмовым группам «Сайерет Маткаль» был открыт огонь снайперами, засевшими на контрольной вышке. Именно в эти первые секунды штурма снайперским выстрелом в спину был смертельно ранен командир «Сайерет Маткаль» подполковник Йонатан (Йони) Нетаньяху. Он практически сразу лишился сознания и на протяжении всего боя продолжал лежать, истекая кровью, прямо перед центральным входом старого пассажирского терминала. Перед высадкой в Энтеббе подполковник Нетаньяху лично отдал приказ: до окончания зачистки старого пассажирского терминала никому из раненых не оказывать помощь, чтобы не сбить темп атаки. Однако, как выяснилось позже, ранение было настолько серьезным, что у него не было ни единого шанса выжить, даже при оказании своевременной медицинской помощи.

Прошло не более 15 минут с того момента, как шасси «Геркулеса» первой волны десанта коснулись взлетно-посадочной полосы Энтеббе. Свою часть операции бойцы «Сайерет Маткаль» выполнили с минимальными потерями. Во время планирования операции рассчитывали, при самом благоприятном развитии событий, на потерю трети личного состава спецназа Генштаба и примерно такое же процентное соотношение числа погибших заложников. Вместе с тем об окончательных результатах еще было слишком рано судить. Пока вся территория аэропорта Энтеббе не была очищена от угандийских солдат, освобожденные заложники и «Сайерет Маткаль» не могли отойти к ожидавшим их самолетам. Покинув старый пассажирский терминал, они тут же оказывались на совершенно открытой простреливаемой площадке. С каждой минутой шансы вернуться домой уменьшались в геометрической прогрессии. Время бежало неумолимо. Если бы десант второй волны не успел бы зачистить территорию аэропорта за отведенный на операцию час, территорию Энтеббе непременно окружили бы стягивающиеся в этот район крупные силы угандийской армии, включая танки и минометную артиллерию.

На территории аэропорта царил сущий ад. Наверняка угандийской армии за все время ее существования не приходилось испытывать подобного кошмара. Через 7 минут после высадки «Сайерет Маткаль» и группы прикрытия на взлетно-посадочной полосе Энтеббе приземлились три «Геркулеса» второй волны десанта, включавшей в себя отдельное спецподразделение под командованием майора Шауля Муфаза, спецназ 35-й воздушно-десантной бригады под командованием подполковника Матана Вильнаи, а также роту спецназа бригады «Голани» под командованием подполковника Ури Саги-Айзенберга. Бойцы спецназа 35-й бригады ВДВ сразу же несколькими точными выстрелами из ручного противотанкового гранатомета «Лау» уничтожили одну из контрольных вышек, где засели снайперы и пулеметчик. Разделившись на три автономные группы, каждая из которых имела строго определенное задание, вторая волна десанта погрузилась на бронетранспортеры и бронированные джипы с установленными на них безоткатными артиллерийскими орудиями и крупнокалиберными пулеметами.

Перед первой группой, которую возглавил майор Шауль Муфаз, была поставлена задача провести зачистку аэропорта и прилегающих к нему районов, разыскав и уничтожив рассыпавшихся по его территории угандийских солдат. Однако уже в первые минуты высадки произошла небольшая заминка, случившаяся по вине бойцов спецназа бригады «Голани» из первой волны десанта, обеспечивавших подсветку взлетно-посадочной полосы. Поскольку они должны были охватить участок в 600 метров, им не хватило времени, чтобы вернуться на исходные позиции до прибытия трех «Геркулесов», таким образом, они оказались на линии огня. Растянувшись широкой бронецепью, первая автономная группа стала проводить методичную зачистку территории аэропорта, уничтожая на своем пути все, что подавало признаки жизни. Обогнув новый пассажирский терминал и горящую контрольную вышку, от пламени которой на огромном участке аэропорта стало светло как днем, бойцы майора Шауля Муфаза неожиданно столкнулись с большим отрядом угандийских солдат. Увидев бронетранспортеры и бронированные джипы с израильскими шестиконечными звездами на бортах, угандийцы в дикой панике стали разбегаться, беспорядочно мечась в разные стороны. Высадка израильтян стала для них такой неожиданностью, что никто из них даже не думал о том, чтобы попытаться оказать сопротивление. Основная часть угандийского отряда упала на колени и, размахивая руками над головой, стала просить пощады. Израильтяне не щадили никого, расстреливая угандийцев прямой наводкой из тяжелых пулеметов или попросту наматывая их на гусеницы бронетранспортеров.

В то же время вторая группа, в которую вошли спецназовцы бригады «Голани» под командованием подполковника Ури Саги-Айзенберга, вышла к месту стоянки боевых самолетов. Первоначальный план предусматривал закладку под фюзеляжи «МиГов» мин замедленного действия, рассчитанных на взрыв только после того, как все четыре «Геркулеса» с десантом и заложниками покинут Уганду. Однако на территории аэропорта Энтеббе оказались только учебные машины, без боевого комплекта на борту, и подполковник Саги-Айзенберг принял решение сразу уничтожить все «МиГи», не дожидаясь начала эвакуации. В течение четверти часа угандийский диктатор лишился более десятка истребителей.

Третья группа, состоявшая из спецназа 35-й воздушно-десантной бригады подполковника Матана Вильнаи, должна была взять под свой контроль здание нового пассажирского терминала. Выполнение задачи затруднялось тем, что в новом корпусе могли находиться гражданские лица, на чей счет были даны однозначные инструкции. Ни при каких обстоятельствах ни один из пассажиров не должен был пострадать, иначе вся антитеррористическая операция могла бы привести к крайне негативному международному резонансу. Отряд десантников окружил здание и ворвался внутрь. На этот раз угандийские солдаты оказали яростное сопротивление. Бой в новом пассажирском терминале длился не более четверти часа. Угандийцы были в буквальном смысле смяты, однако во время перестрелки один из десантников получил тяжелое пулевое ранение в голову и впоследствии остался на всю жизнь прикованным к постели.

Взяв под свой контроль большую часть аэропорта Энтеббе, бригадный генерал Дан Шомрон отдал приказ к началу эвакуации. Первыми следовало вывести заложников и «Сайерет Маткаль». Однако во время отхода неожиданно возникло серьезное осложнение. Налет «Сайерет Маткаль» прошел настолько стремительно, что у бойцов просто не было времени, чтобы ввязываться в перестрелку с угандийцами, находившимися в ближайшей периферии здания. Угандийский снайпер, который смертельно ранил подполковника Нетаньяху, продолжал контролировать стоянку перед старым пассажирским терминалом, засев на контрольной вышке. Пришлось по рации срочно вызвать один из бронированных джипов подполковника Матана Вильнаи, выстрелом безоткатного артиллерийского орудия которого была уничтожена контрольная вышка, вместе с засевшим на ней угандийским снайпером.

Эвакуация прошла без единой задержки, так же быстро, как и высадка десанта. В 23:59 Энтеббе покинул первый самолет, увозя на борту бывших израильских и французских заложников. Спустя 41 минуту, ровно в 00:40, последние три «Геркулеса» поднялись в воздух, оставив за собой пылающий аэропорт с разбросанными по его территории трупами солдат Иди Амина. Кроме освобожденных заложников, десантники забрали с собой в Израиль трех палестинских террористов из организации НФОП, входивших в боевое крыло Вади Хаддада.