Считается, что в эти годы покои Ивана III во дворце находились рядом с дворцовой церковью Святого Лазаря, построенной еще Иваном Калитой в начале XIV века, недалеко от церкви Спаса на Бору. Покои жены Ивана III Софьи находились рядом, у церкви Иоанна Предтечи на Бору, разобранной до подвалов и фундамента в 1847 году. Под всеми кремлевскими церквями были подвалы, подклети, где надежно от частых пожаров хранились ценности как казны, так и частных лиц. Вполне вероятно, что великокняжеские богатства, в том числе и бесценная библиотека, хранились именно в глубоких церковных подвалах, что было совершенно правильно.

Кажется, у церкви Святого Лазаря в 1396 году была построена церковь Рождества Богородицы, которая вместе с ней обрушилась, вероятно, в 1480 году, и вроде бы по приказу Василия Ивановича ее стал разбирать зодчий Алевиз Фрязин. Знаменитая библиотека была, очевидно временно, перенесена на новое место и опять попала в исторические документы.

Во второй половине XVI века было написано «Сказание о Максиме философе, иже бысть инок Святые горы Афонские преславные обители Ватопедские, еже здесь пострада довольно лета за истину». Впервые «Сказание», которое приписывают авторству князя Андрея Курбского, было опубликовано в 1872 году в Москве в «Описании рукописей А. Хлудова» и в «Описании рукописных сборников Императорской Публичной библиотеки», изданном в Петербурге в 1882 году. Впрочем, документ и до этого был известен в ученом мире: «Преславный государь и великий князь Василий Иванович отверзе царские сокровища древних князей, прародителей своих, и обрете в неких палатах бесчисленное множество греческих книг, словенским людям отнюдь неразумных».

Тяжелым и сложным дьяческим языком XVI века «Сказание», авторство которого, кстати, приписывают князю Курбскому, рассказывало о том, что Василий Иванович попросил греческого патриарха прислать к нему «мужа ученого истолковать книги греческого языка на словенский». По этой просьбе в 1518 году в Москву приехал Максим, прозванный в Москве Греком по национальному признаку, ученый инок, «вельми хитр еллинскому и римскому и словенскому, и о божественной философии рачительство имел».

«Сказание» сообщает: «Великий князь Василий Иванович сего инока Максима призвал и ввел его в свою царскую книгохранительницу и показал ему бесчисленное множество греческих книг. Сей же инок с клятвой рече перед государем, яко и в Грецех толикое множество книг сподобися видеть. Великий князь преда ему книги на рассмотрение разобрати и повелел Максиму Псалтирь толковую перетолмачить».

Архивные документы о пребывании Максима Грека в Москве до нашего времени почти не дошли. Известны только две грамоты: письмо Василия Ивановича на Афон с просьбой послать к нему на время «книжного переводчика Савву» и ответ старцев.

Савва болел и поехать не смог. Вместо него Ватопедский монастырь прислал в Москву «возлюбленного брата нашего Максима, искусна суща и пригожа к толкованию и переведению всяких книг церковных и эллинских, понеже он от иной младости в сих учениях». Максим Грек, до пострижения в монахи имевший имя Михаил Триволис, учился во Флоренции, там же участвовал в фанатичном движении Джироламо Савонаролы и после его казни ушел на Афон, где постригся в монахи, откуда и выехал в далекую Москву.

Московская летопись отметила приезд афонских монахов: «Лета 7026 [1518], марта 4 дня, в четверг на третьей неделе поста, приеде к великому князю Василию Ивановичу государю и самодержцу всея Руси на Москву милостыни ради от Благовещения Святые Богородицы из Ватопеда монастыря три старца: Максим Грек, да Неофит священно-инок Грек, да Лаврентий Болгарин».

Летопись ни слова не говорит о причинах приезда монахов, отделываясь словами «милостыни ради», которые совсем не означают, что они приехали без денег спасаться в Москву от голодной смерти. Возможно, афонских монахов призвали в Москву совсем не для разбора бесценной библиотеки, о чем говорит «Сказание», а для срочного перевода греческих церковных книг, необходимых для борьбы с популярной в то время на Руси «ересью жидовствующих». Сам Максим Грек в дошедших до нас сочинениях ни слова не упоминает ни о посещении, ни о составе библиотеки Ивана III и его жены Софьи, что в общем-то ничего не значит. О богатствах московских государей было не принято кричать на Москве направо и налево, можно было остаться без головы. Правда, Максим сам писал о том, чем почти девять лет занимался в Кремле: «По грамоте великого князя Василия Ивановича всея Руссии, его же повелением толкование псалтырное исполнено, переводы с греческого языка на руський, и иные богодухновенные книги, растленные от переписчиков, предобрейше исправил, яко же и вам, государям моим, то ведомо есть».

В XIX, да и в XX веке комментаторы перевели слова Максима при посещении им великокняжеской библиотеки как «Государь, такого богатства нет и во всей Греции!», хотя сам Грек указывал в написанном не им «Сказании» только, что книг очень много. В своих сочинениях Максим подтверждал факт существования великокняжеской библиотеки, называя ее книгохранительницей, в которой были и греческие рукописи, однако ничего не говорил о самих книгах.

В 1526 году Максим Грек неосторожно вмешался в московскую политику и был заключен сначала в подмосковный, а затем в тверской монастыри, где его держали в очень суровых условиях. Только через двадцать лет его реабилитировали и перевели в Троице-Сергиев монастырь, где он и умер в 1556 году. Великому князю Василию Ивановичу в конце жизни было не до книг. «Ересь жидовствующих» была побеждена, и переводчики ему были не очень нужны.

Великого князя очень беспокоило то, что у него не было наследника, и все его время и силы забирали скандальный развод с женой Соломонией Сабуровой и вторая женитьба на Елене Глинской, матери Ивана Грозного.

В Кремле после 1526 года Максим Грек больше не работал, однако есть свидетельства о том, что он в 1553 году в монастыре встречался с Иваном Грозным, которому, очевидно, рассказал все, что знал, о библиотеке московских государей.

Монастырские и княжеские библиотеки на Руси действительно называли книгохранительными палатами или казнами, или просто казнами, то есть помещениями, в которых можно было надежно хранить ценности, в том числе книги и архивы. Либерее Ивана Грозного предстояло пережить два страшных пожара Москвы XVI века, и она в них не сгорела, надежно спрятанная под толстыми многометровыми церковными сводами.

«Царственная книга» так писала о страшном пожаре 21 июня 1547 года: «И обратилась буря на град, и загорелся в граде у соборной церкви Пречистой верх, и на царском дворе великого князя кровля, и избы деревянные, и палаты, украшенные златом, и казенный двор с царской казной, и церковь на царском дворе у казны Благовещения златоверхия, в которой деисус письма Андрея Рублева златом обложен, и все с казной великого царя, и оружничья палата, и постельная палата, и конюшня царская, и погреба на царском дворе выгорели все».