Погреба в 1547 году выгорели, но подвалы нет, и ценности были спасены.

В 1571 году Москва была сожжена подошедшей к ней ордой крымского хана Девлет-Гирея, но Кремль в этот раз не пострадал. Еще по приказу Ивана III Кремль от посада был отделен большой площадью, которая позднее стала называться Красной, и огонь от горевшего города на подготовленный к обороне Боровицкий холм дотянуться не смог.

Очень много разговоров велось известными историками многих стран об исчезновении сокровищ Ивана Грозного в 1582 году. Вполне возможно, что перед смертью царь перепрятал все свои колоссальные ценности, в состав которых входила и библиотека московских государей. В те времена украшенные драгоценными металлами и камнями книги могли весить более пятидесяти килограммов, и за некоторые из них можно было купить даже и небольшое княжество. Поскольку сам больной Грозный ночами не таскал тяжеленные сундуки по Кремлю, то в его тайны были посвящены и самые доверенные его люди, среди которых был и телохранитель его наследника Федора Борис Годунов.

В середине XIX века в первом томе «Актов Археологической экспедиции» под названием «Опись царского архива» был издан подлинник этого бесценного официального исторического документа, написанный в 1562–1575 годах разными почерками тогдашней скорописью. Хранившийся в Императорской Публичной библиотеке документ, оригинал которого содержал множество описок, до нашего времени дошел не полностью.

Царский архив до XVII века содержался в нескольких сотнях ящиков, а сами документы были в столбцах (новый документ подклеивался к старому и скручивался в свиток). Опись царского, не личного, а государственного архива, составленная в 1550-х годах тем самым руководителем Посольского и Разрядного приказов Иваном Висковатым, содержала записи, в каком ящике что лежало, то есть перечисляла его содержание.

«Ящик 64. А в нем списки литовские старые, при дьяке при Луке [Семенове], ответ Жигимонтов короля Михаилу Юрьеву, коли был посольством в Литве…

Ящик 139. А в нем книги посолские Литовские, Крымские, Нагайские, Казанские, Немецкие, Астраханские, Турские, при дьяке Иване Михайлове…»

Многие документы были составлены еще в XV веке, во время правления Ивана III. Большинство материалов касались проблем внешней политики, международных переговоров, пограничных дел, многих князей правящего Рюрикова дома, в архиве находились судебники, городовые акты, политические сыскные дела, материалы по ересям, архив боярской думы. Некоторые важнейшие государственные документы, например Государев Родословец, писцовые книги, боярские списки, в архиве не упоминаются, очевидно, были выданы в Разрядный или Посольский приказы, имевшие также и свои архивы. Посольская изба была построена в 1565 году на месте, указанном в Александро-Невской летописи так: «против Ивана святого под колокола».

Книги также упоминаются в описи царского архива, но без указания номеров ящиков: «Литовский Летописец, перевод с Летописца Польского, перевод с Космографии», «Коробья Новгородские, а в них книги латинские».

В XVI веке «коробьями новгородскими» называли большие надежные сундуки хорошей, изящной работы, в которых хранились особо ценные предметы государевой казны. Были ли книги, упомянутые в описи царского архива середины XVI века частью библиотеки московских государей? Возможно.

Национальная библиотека именно для того и существует, чтобы ею пользовались при необходимости разные государственные органы. Книгами пользовались, книги читали, они находились в разных местах Кремля.

В Европе рассказывали, что будто бы незадолго до взятия Константинополя в 1453 году византийский император сам отправил драгоценные книги в Москву для их спасения от очевидного уничтожения. В 1600 году в Москве с посольством Льва Сапеги побывал униатский ученый Петр Аркудий, который по поручению кардинала Сан-Джорджо пытался выяснить, есть ли в Москве книги из библиотеки византийских императоров. Аркудий ничего не нашел, но, скорее всего, он ничего и не искал. Заказчику поисков он просто и безыскусно сообщил, что московские князья были людьми необразованными, а значит, никаких книг у них и быть не могло.

Пережила ли библиотека Смуту начала XVII века, тотальный грабеж Кремля поляками в 1611 году? Поляки даже забрали из сердца Москвы коронационные шапку Мономаха, скипетр и державу московских государей, утопив, правда, их при отправке в Варшаву во время грандиозной попойки под Можайском. Царские регалии пришлось восстанавливать по воспоминаниям, из-за чего была перенесена коронация Михаила Романова на 1613 год.

Рукописи не горят, а значит, библиотека пережила и правление Бориса Годунова, 1611 и 1627 год, когда опять горела вся Москва. Это подтверждают сохранившиеся дела знаменитого Преображенского приказа князя Ромодановского, занимавшегося охраной Петра Великого и государственной безопасностью.

В декабре 1724 года в Петербурге в Канцелярию фискальных дел обратился бывший пономарь московской церкви на Пресне Конон Осипов. Он писал о том, что в 1718 году докладывал Ивану Ромодановскому о тайных сундуках кремлевских подвалов, и были проведены их поиски, но малыми силами, и безрезультатно. Петр I был знаком с этим делом и распорядился «свидетельствовать совершенно». Поиски были проведены опять, но везде офицер и десять солдат натыкались на завалы. Конон еще раз, при Анне Иоанновне, в 1734 году обращался в Сенат с просьбой доверить ему поиски, и опять искал, но опять безрезультатно. Канцелярист дотошно записал его слова:

«Есть в Москве под Кремлем тайник, а в том тайнике есть две палаты, полны наставлены сундуками до сводов. А те палаты за великой укрепой. У тех палат двери железные, поперек цепи в кольца проложены, замки вислые превеликие, печати на проволоке свинцовые. У тех палат по одному окошку, а в них решетки без затворок.

А ныне тот тайник завален землею за неведением. Как веден ров под Цейхгаузный двор, и тем рвом на тот тайник нашел на своды и те своды проломали и насыпали землю накрепко.