Организация не имеет штатных оплачиваемых сотрудников. Все работают как добровольцы. Лидеры основных направлений являются членами Правления. Они ведут работу на местах. Координацию их деятельности осуществляет Председатель и его помощник, Сопредседатель. Можно сказать, что экоНПО руководит группа лидеров, где каждый отвечает за свое направление и является руководителем проекта.

Процесс принятия решений происходит поэтапно:

1) Идею и программу действий предлагают лидеры направлений.

2) Решения принимаются на заседаниях Правления с привлечением участников, лично заинтересованных в реализации проекта.

3) Дальше за работу отвечает лидер проекта. Председатель и остальные члены правления, партнерские организации помогают осуществить проект, участвуя лично в определенных блоках программы.

Например, когда решался вопрос об учебной поездке активистов «Школа Мулле» в Швецию в «Центр Мулле», собирались Правление, лидер проекта «Школа Мулле в России» и воспитатели из детских садов и школ Санкт-Петербурга и Ленинградской области, занимающиеся обучением детей по этой программе. Лидер проекта дал рекомендации наиболее активным педагогам, потом все имели возможность высказаться «за» или «против», а также предложить другую кандидатуру. Решение было принято большинством голосов членов Правления с учетом высказанных мнений.

В «Прозрачные воды Невы» все участники являются добровольцами. Численность актива – около 20 человек, временно вовлекаемых участников – 300—500 человек. Таким образом, роль добровольцев в деятельности экоНПО исключительно велика. Основная работа с добровольцами ведется лидерами проектов. Добровольцев вовлекают с помощью средств массовой информации, которые рассказывают о деятельности организации, дают контактные телефоны. Кроме того, вовлечению добровольцев способствуют выступления членов организации на различных мероприятиях.

Потенциальными участниками «Прозрачные воды Невы» являются все, кому не безразлична судьба реки Невы. ЭкоНПО вовлекает учеников, учителей, директоров школ в участие в экспедициях, акциях, исследованиях и семинарах. Родители привлекаются к участию во всех проектах, особенно включающих праздники и фестивали. Студенты участвуют как помощники в работе со школьниками, особенно активны добровольцы из Морского технического университета, Военно-строительного института и Педагогического университета. Научные сотрудники привлекаются для разработки методических материалов, заданий, оценки деятельности.

Налажено сотрудничество с Ботаническим садом, Институтом океанологии, Невско-Ладожским бассейновым управлением и Институтом озероведения. Экологи из районных и городских администраций и Комитетов по охране окружающей среды оказывают помощь в различного рода акциях по благоустройству территорий водосбора реки Невы. Средства массовой информации привлекаются для рассказа о деятельности «Прозрачные воды Невы».

Ценностями участников «Прозрачные воды Невы» являются: гармония с природой, как первейшее условие выживания, развития и процветания человечества; уникальность каждой формы жизни; красота, которая спасет мир. Членом может стать любой человек, позвонивший по контактному телефону и желающий помогать в решении экологических проблем региона Невско-Ладожско-Балтийской водной системы. Для приема в необходимо письменное заявление и участие в полезных для природы акциях.

Финансирование и ресурсы

До 1998 года Шведская экоНПО «Коалиция «Чистая Балтика» давала «Прозрачные воды Невы» ежегодно грант на водные походы по Неве. Теперь экоНПО не имеет постоянного финансирования. Но другие ресурсы привлекаются успешно и используются эффективно. Бизнес структура «Ротари-клуб» даёт деньги на экологическое проектирование. Нередки личные пожертвования американских и шведских коллег в виде оборудования, реактивов, спасательных жилетов, одежды, семян, методических материалов, организации и финансирования семинаров. Например, в 2000 году экоНПО получила два набора фирмы «ЛаМотте» по определению параметров воды и десять детских микроскопов от американских коллег из экоНПО ALARM.

Офис «Прозрачные воды Невы» раньше располагался на квартире председателя и по месту его работы в Санкт-Петербургском морском техническом университете – в помещении Яхт-клуба. Это позволяло иметь помещение для деятельности и не платить за аренду. В настоящее время официально оформлена часть территории острова Бычий в дельте Невы для деятельности Природной школы. У экоНПО есть свой транспорт – две лодки, оборудование для проведения мониторинга водных объектов – химические наборы, сачки, лупы, термометры.

Основной трудовой ресурс это добровольцы – учителя, воспитатели, ученые, студенты, школьники, родители. Также к ресурсам можно отнести персональные сети, в том числе и международные связи с другими неправительственными и правительственными организациями. Группа школьников и учителей – участников «Прозрачные воды Невы» из города Кировска ездила в Швецию на экскурсию, которую финансировал Экологический Фонд Швеции. Сопредседатель «Прозрачные воды Невы» и один из лидеров экоНПО, входящего в сеть «Прозрачные воды Невы» ездили для обмена опытом в США за счет средств Фонда «Доверие и Взаимопонимание».