Поголовное мародерство французских солдат, налоги, которыми Филипп обложил города, привели к всеобщему восстанию в мае 1302 года. На его подавление отправились 7 тыс. всадников и 20 тыс. пехотинцев. В битве при Кортрейке французские войска были наголову разбиты. Такого большого сокрушительного поражения у Филиппа больше не было за все время его правления.

Королевский двор испытывал подавленность и разочарование. Негодующему королю советники осторожно пытаются подсказать, что на исход сражения, наверное, оказало влияние низкое жалованье превосходно экипированных и вооруженных солдат. В ответ король говорит: «Сборщики налогов обманывают нас на каждом шагу, они собирают гораздо больше, чем сдают в казну».

Это был первый, единственный случай, когда Филипп обвинил в нечистоплотности чиновников, которые находились на королевской службе.

Да король и сам понимал, что его обвинения не имеют под собой реальной почвы. В основном доходы казны от налогов и хитрых манипуляций монетного двора идут не на выплаты войскам. Расширение королевского дворца, королевские празднества, щедрые дары иностранным монархам, чтобы не обращали внимания на военные мероприятия короля. Вот куда идут огромные деньги.

Римский папа прощал Филиппу манипуляции с монетами, но вот налога на церковь простить не мог.

В 1296 году король потребовал от французской церкви удвоить взнос десятины в казну для поддержания защиты страны. Ранее Филипп никогда не отказывал церкви в разных богатых дарах. В трудные годы церковная десятина составляла до трети всех государственных доходов. В этот раз церковь требует от Филиппа больших привилегий. Внезапно еще до начала переговоров вмешался римский святой отец папа Бонифаций VIII, запретивший в своей булле любые контрибуции с церкви в пользу мирских властителей.

Бонифаций VIII, властолюбивый и вспыльчивый человек, был избран папой в 1294 году, в возрасте 74 лет. На то время возраст библейский. На папскую буллу Филипп ответил запретом на любой вывоз золота и драгоценных металлов из Франции. Через некоторое время папа все же уступил, заявив, что его булла на Францию не распространяется.

Вскоре произошло событие, которое временно приостановило борьбу священного престола за мирскую власть.

Верный сторонник папы, епископ Пармский, Бернар Сэссэ, не раз выступавший против деспотизма и своевластия Филиппа, в своей очередной речи высказался о монетах короля: «Эти деньги дешевле грязи. Они нечистые и фальшивые; неправедно и нечестно поступает тот, по чьей воле их чеканят. Во всей римской курни я не знаю никого, кто дал бы за эти деньги хотя бы горсть грязи».

Такие речи паства одобряла. По-своему реагировали на них во дворце. Филипп начал ждать удобного момента, чтобы расправиться со своим противником. Вскоре такой случай предоставился. Сэссэ сравнил облеченного саном божьего наместника во Франции короля с совой, «самой красивой из птиц, которая ни на что не годится… Таков и наш король, самый красивый мужчина в мире, который, однако, не может ничего иного, как лицезреть окружающих». Это уже открытое оскорбление королевского величества, государственная измена. В конце октября 1301 года епископ предстал перед судом. Сэссэ был посланником папы, поэтому решение суда было сравнительно мягким. Филипп ограничился тем, что лишил Сэссэ епископского сана и имущества стоимостью в 40 000 ил, которое «с согласия» Сэссэ было передано одному из монастырей. Через семь лет ему был возвращен епископский сан, но своих денег Сэссэ так и не увидел.

Реакция святого престола на процесс не заставила себя ждать. Приговор был оглашен в конце ноября, а уж 5 декабря папские послы привезли буллу Бонифация под красноречивым названием «Внемли, сын», в которой папа называл себя верховным судьей. В булле папа уведомлял «короля французов» о ликвидации всех привилегий, которые французский двор имел во взаимоотношениях со святой церковью. Самым болезненным для короля было аннулирование выторгованного в 1297 году у святого престола права обложения французской церкви десятичным налогом без согласия папы. В пространной булле речь шла о запретах на вывоз, о выборе королевских советников, о финансовой политике, о манипуляциях с монетами. Правда, Бонифаций воздержался от того, чтобы открыто назвать Филиппа фальшивомонетчиком.

Король поручил разобраться с буллой своему первому министру Пьеру Флоте. Тот сообщил о ней лишь узкому кругу советников. Ее содержание осталось неизвестным для наиболее верных приверженцев папы из королевского окружения. Римские упреки Флоте обобщил одной фразой: «Знай, что ты наш подданный и в мирских, и в духовных делах». По этой фразе о папской булле следовало судить на собрании Генеральных штатов 10 апреля 1302 г.

На это собрание в первый раз были приглашены представители не только дворянства и духовенства, но и третье сословие в лице горожан. Подобный ход должен был обеспечить победу королю. В знак признательности Флоте получил титул хранителя большой королевской печати.

Папа, узнав о решении Генеральных штатов, пришел в ярость. Он созвал церковный собор, на который прибыла только половина французских епископов (39 из 79), и открыто проклял Флоте, «которого бог уже покарал частичной физической слепотой и полной слепотой духовной». Флоте был назван вторым Аристотелем, папа пожелал ему разделить участь последнего. Предсказание папы сбылось. 11 июля 1302 года Пьер Флоте погиб в битве при Кортрейке.

На смену Флоте пришел такой же энергичный, но более тщательный в исполнении королевской воли Гийом Ногаре. Вскоре за служебное рвение король пожаловал ему дворянство. В книге «Проклятие из огня» Морис Дрюон характеризует этого поджарого темноволосого человека с беспокойными глазами как беспощадного и «неотвратимого, как коса смерти» слугу короля, который смахивал на черта и был дьявольски настойчив в проведении политики своего господина.