Должность директора Геологического комитета требовала не только научных качеств, но и умения ладить с людьми, знания их психологии, умения работать с «верхами». Ф. Н. Чернышев, будучи крупным ученым, отчетливо представлял перспективы развития геологической службы. Как никто из геологов, он был хорошо знаком с постановкой геологической службы в других странах, видел преимущества и недостатки зарубежных государственных геологических учреждений. За 20 лет существования Геологического комитета вместе с ростом квалификации его кадров усложнялась и его внутренняя структура, росли чины и награды его ведущих специалистов, а вместе с тем и их амбиции. Все это требовало умения управлять большим коллективом, умиротворять неизбежно возникавшие в нем противоречия. Еще больших усилий требовало контактирование с власть имущими в тогдашней Российской империи. Рост задач геологического изучения требовал постоянных ходатайств и хлопот по увеличению финансирования Геолкома.

Ф. Н. Чернышев в полной мере обладал всеми необходимыми для этого качествами. Он представлял столь редкий для того времени тип ученого с исключительными качествами оргайизатора-практика. Этим и объяснялась его популярность в Академии наук, где ученых с такими способностями было чрезвычайно мало. Поэтому к нему обращались за советом и помощью в делах организации научных исследований специалисты различного профиля. Геолком был одним из первых учреждений, в котором совмещались чисто научные, познавательные цели с практическими нуждами, т. е. это был прообраз современных научных организаций.

Организаторский талант Ф. Н. Чернышева стал залогом успеха многих предприятий, крупнейшим из которых была Русско-шведская экспедиция на Шпицберген. На заседании Присутствия Геологического комитета 9 января 1914 г., посвященном памяти Ф. Н. Чернышева, К. И. Богданович говорил: «В день погребения Чернышева лицо, непричастное непосредственно к науке, но одинаково высоко уважаемое в России и Швеции, с подкупающей искренностью говорило мне, что русский академик Чернышев во время своих неоднократных посещений Стокгольма в течение Шпицбергенской экспедиции стал в Швеции более популярным, чем свои шведские ученые, исключительно благодаря его удивительным организаторским способностям» [8].

Ф. Н. Чернышев действительно был прирожденным руководителем. Один из его учеников А. П. Герасимов отмечал: «Каждый из нас, конечно, отлично знает уменье Ф. Н. разъяснять различные недоумения геолога в беглых, деликатных замечаниях, брошенных мимоходом; каждый, конечно, не раз пользовался его советами в разных затруднительных случаях и находил опору в его живом сочувствии и искреннем и глубоком интересе к работе каждого из его сотрудников по комитету. Можно смело сказать, что у него в голове всегда была ясная, отчетливая и полная картина работы каждого из нас, а нас ведь в последние годы было до 70 человек. Ему одинаково интересны и близки были результаты, добытые в Келецком кряже и на Анадыре, в Лапландии и на границе Персии» [9]. И далее: «Везде и всегда он вкладывал в дело всю душу, ничего не делал вполовину и всюду стремился дойти до настоящей сути дела. Нас всегда поражала та быстрота, с которой он ориентировался в любом новом районе, с которой он схватывал основные черты его строения; всегда импонировало то уменье, с которым он, отбрасывая в сторону мелочи, сразу хватался за главное» [10].

Велика роль Чернышева как руководителя геологической службы России на новом этапе ее развития. Обладая государственным умом и дальновидностью, он последовательно и принципиально отстаивал интересы геологической службы России, не склоняясь перед правительственными сановниками. Весьма характерно свидетельство неизменного секретаря и библиотекаря Геологического комитета . Ф. Погребова: «На одном из заседаний министерской комиссии, на котором директор Геологического комитета добивался отпуска средств на постройку собственного здания для Геологического комитета, на реплику министра торговли и промышленности Тимашева, что «само министерство еще не имеет своего здания», Ф. Н. Чернышев ответил: «Министерство может подождать, но неудобно (или даже стыдно) перед Европой держать на частных квартирах крупнейшее научное государственное учреждение, известное всему миру!». И эта реплика сыграла свою роль: деньги были отпущены, и благодаря энергии Ф. Н. Чернышева в короткий срок (менее двух лет) был построен подлинный ^дворец геологии“». Н. Ф. Погребов рассказывал также о том, что Ф. Н. Чернышев сам выбирал место для здания и удачно остановился на самом высоком месте Васильевского острова: «В результате невская вода, затопившая в наводнение 1924 г. большую часть острова, не проникла в подвалы Геологического комитета. В процессе постройки Чернышев все время следил за строительством, и... осматривая готовый фундамент, обнаружил, что он сделан неудовлетворительно, расковырял бетон и потребовал, чтобы фундамент переделали» [11].

Ф. Н. Чернышев не жалел сил и времени на подготовку и воспитание кадров геологов. Его профессорская деятельность в Горном институте была сравнительно кратковременной, и подлинная школа молодых геологов была им создана в стенах Геологического комитета. В 1893 г., будучи еще сравнительно молодым геологом, Ф. Н. Чернышев вместе с Л. И. Лутугиным положили Много труда на выработку навыков работы в поле и формирование геологического мировоззрения прибывших в Донецкий бассейн выпускников Горного института Н. Н. Яковлева, А. П. Герасимова и А. К. Мейстера. Это было трудное время разработки стратиграфического разреза донецких каменноугольных отложений, и Ф. Н. Чернышев вводил молодых специалистов во все детали работы. Не ограничиваясь районом работ Л. И. Лутугина, в помощь которому они были направлены Геологическим комитетом, он познакомил их с рудопроявлениями в других районах бассейна, в Нагольном кряже, на соляных копях и др.

Ф. Н. Чернышев в дальнейшем следил за ростом этих геологов. Он передал в обработку . Н. Яковлеву фауну моллюсков и ракообразных девона с островов Вайгач и Новая Земля, наставлял его в палеонтологии. Летом 1894 г. по предложению Ф. Н. Чернышева Минералогическое общество направило Н. Н. Яковлева в Архангельскую губернию и на Тиман, в район верхнего течения Выми и Мезени. Позднее Н. Н. Яковлев под руководством Ф. Н. Чернышева обрабатывал донецкую фауну и материал по триасовым ящерам со Шпицбергена. Ф. Н. Чернышев редактировал его монографические описания фауны, рекомендовал его как преподавателя в Горный институт. По рекомендации Ф. Н. Чернышева Н. Н. Яковлеву была присуждена Ломоносовская премия Академии наук за описание донецкой фауны пластинчатожаберных моллюсков, кораллов и брахиопод.

О стиле работы Ф. Н. Чернышева оставил интересные воспоминания П. И. Степанов, который еще студентом Горного института пришел по рекомендации Л. И. Лутугина в 1902 г. в Геологический комитет к Ф. Н. Чернышеву: «... в дверях появился невысокого роста человек, крепкого сложения, украшенный седоватой шевелюрой, с усами и бородкой. Поражали живые, пытливые глаза, которые смотрели из-под черных, густых бровей. В руке у него была папироса, а очки висели на одном ухе... Он прочитал письмо, в котором рекомендовали меня, студента Горного института, желающего работать по геологии и палеонтологии. «Языки знаете?» — последовал вопрос. Я ответил, что знаю плохо, за исключением французского. «Это уже хорошо, но изучайте и немецкий и обязательно английский... Ну, что же, я дам вам обработать коллекцию с озера Балхаш — ее собрал Л. С. Берг — любопытная силурийская фауна. Работать будете вот за этим столом», и он показал на стол у окна, вблизи двери, ведущей в его кабинет.