Когда в отечественном масонстве наметился раскол, А. Ф. Лабзин обратился с письмом к министру народного просвещения и духовных дел А. Н. Голицину в защиту высших степеней. Другой розенкрейцер, П. И. Голенищев-Кутузов, написал целую серию доносов, обличающих «ложное масонство». Оба опасались, что новые веяния и приход «иностранной партии» могут оказать непоправимое воздействие на судьбу русского масонства.

Несмотря на все усилия И. В. Бебера сплотить братство и остановить «масонскую ересь», процесс размежевания в среде братьев шведской системы продолжался. В результате И. В. Бебер вынужден был подать 26 июля 1815 в правительство записку, в которой высказался в пользу высших степеней как охранителей христианских заветов, подчеркнув при этом, что эти степени были просмотрены министром просвещения графом Разумовским. Здесь же прозвучало предложение о том, что возможно размежевание среди масонского братства, и Бебер готов учредить в соответствии с древними актами новую Великую управляющую ложу, естественно, с высшими степенями, которая станет работать под непосредственным контролем со стороны правительства, а другие братья шведской системы не будут иметь никаких точек соприкосновения с вновь образованным союзом. Ответным ходом явилось образование Эллизеном союза лож, поддерживающих его программу, и учреждение Великой управляющей ложи для этого союза под названием «Астрея» (в честь богини, олицетворяющей золотой век, о котором мечтали и к которому стремились масоны). В том же году было напечатано уложение новой ложи. Этим был нанесен первый мощный удар по патриархально-иерахической системе управления масонства.

Конституция Астреи пользовалась несомненной популярностью среди масонского братства. Об этом говорит увеличение числа лож образованного союза: если в 1818 в него входило 18 лож, то в 1820-1821 их было уже 25. Иоанновское масонство с его тремя простейшими степенями вновь набирало силу и становилось приоритетным. Союз Астреи, благодаря выпуску своих документов, считался в глазах русского общества «истинным» масонским союзом.

Однако капитул Феникса не сдавал своих позиций. В 1816 «Великая Директориальная ложа Владимира к Порядку» была закрыта и заменена на новую Великую провинциальную ложу. Это уже был третий образ патриархальной шведской системы.

Правительственные круги согласились на существование в России двух великих управляющих лож: Великой провинциальной и Астреи. Между этими ложами было подписано соглашение о дружбе. Но стремление к построению универсальной системы масонства не угасло, и борьба между ложами за влияние среди масонов продолжалась.

Неожиданно для всех И. В. Бебер, который долгое время стоял во главе капитула Феникса и пользовался уважением у братьев высших степеней, вышел из Великой провинциальной ложи и примкнул к союзу Астреи. Это был, безусловно, сильный удар по патриархальной шведской системе масонства России. Так поступили и ряд других высших должностных лиц капитула Феникса.

Власть в капитуле перешла к графу М. Ю. Виельгорскому. Граф находился под большим влиянием мистиков-розенкрейцеров С. И. Гамалеи, А. Ф. Лабзина, И. А. Поздеева, Р. С. Степанова и нередко произносил в ложах речи, которые были сочинены этими старшими братьями. Духовная близость розенкрейцеров и лидеров высших степеней шведской системы стала уже традицией для масонского движения России.

Разногласия между представителями лож шведской системы были вызваны не только разрешением вопроса о статусе высших степеней, но и вопросами об истоках мистической практики и теории масонства. Для мистического учения вопрос о преемственности и сохранении мистического знания является существенным и важным. По этой причине реформа Е. Е. Эллизена поставила под сомнение прежде всего мистическую сторону масонского учения.

Поскольку союз Астреи официально провозгласил веротерпимость ко всем масонским системам, то этим воспользовались «братья высших степеней». Они предложили организовать при Астрее особый обрядовый капитул, который и ведал бы этими высшими степенями. В результате вновь возникла парадоксальная ситуация: союз, который по первоначальному замыслу был призван отвергать высшие степени, в реальности их охранял. Капитулу Феникса таким юридическим и политическим ходом удалось сохранить верность старым традициям. Весной 1822 после различных перипетий произошло объединение двух российских союзов. Первоначальное единство было восстановлено. Но ненадолго.

В александровскую эпоху иоанновское масонство сохраняло свое значение и служило массовой формой масонства, получившей распространение среди представителей различных масонских систем. Разногласия же касались прежде всего способа управления масонскими ложами. Но правительство было, безусловно, осведомлено даже о тех братьях, которые пытались вести свою работу «тайным» образом.

Внутренняя политика Александра I менялась. Это касалось и отношения к масонам. Первоначально, в 1821 году, были закрыты ложи в Польше. В декабре того же года по доносу одного из служащих остановлены работы ложи А. Ф. Лабзина. Тогда же был наложен запрет на распространение масонских песен и других сочинений подобного рода.

1 августа 1822 последовал высочайший рескрипт на имя графа В. П. Кочубея о закрытии всех лож России. Причиной это были занятия братьев «сокровенно предметами политическими». Многие из декабристов были членами различных масонских лож, организационная структура ранних декабристских организаций «Союза спасения» и «Ордена русских рыцарей» отчасти воспроизводила структуру лож. Будущие декабристы участвовали в работе лож, известных правительству и неизвестных.

21 апреля 1826 одним из первых рескриптов на имя министра внутренних дел Николай I подтвердил запрещение деятельности масонских лож. Однако масонские братья собирались тайно.

Совершенно очевидно, что масонское мировоззрение оказалось устойчивой формой сознания в русском обществе, если с момента его гражданского рождения насчитывается 90 лет. Но и после запрещения масонских лож в 1822 году их идеи не угасли, найдя свое продолжение в последующих десятилетиях 19-20 вв. Ничто так не говорит о укорененности масонства в русскую почву, как следование традициям и развитие этих традиций. Это является одной из причин выделения масонского философского мировоззрения как национального явления.