Турецкие набеги были самым длительным и разрушительным конфликтом этого периода. Они начались в начале XV века и продолжались (с разной силой) в течение последующих трех столетий.

И хотя Словения отстояла от основных маршрутов продвижения османских войск в юго-восточной части империи и набеги совершались не турецкими регулярными войсками, а подчиненными им христианами из Боснии и Сербии, они принесли на эти земли опустошение. Поля не обрабатывались и были бесплодны, деревни разграблены, многие жители были убиты или угнаны.

Вскоре после начала набегов стало ясно, что старая военная организация не может справиться с новой угрозой. Реорганизация стала необходима и с появлением огнестрельного оружия, которое очень повлияло на способы ведения боевых действий. Поэтому Штирия, Каринтия и Крайна объединили свои силы.

Традиционное в тот период феодальное ополчение из местных дворян и крестьянской милиции оказалось непригодно для выполнения этих задач. В результате, оно было дополнено наемниками-ландскнехтами, нанятыми на деньги короля и местной знати. Сначала это были в основном иностранцы, затем их стали нанимать из местных жителей, которые были более надежны и менее склонны к грабежам местного населения.

В начале XVI века три земли внутренней Австрии начали возводить линию обороны в соседней Хорватии. Она превратилась в сложную систему обороны и стала известна как «Военная граница». Таким образом, земли современной Хорватии были разделены Веной на две части - военную и гражданскую. В военную вошли населенные сербами территории, в гражданскую - непосредственно те районы, которые не соприкасались с Османской империей.

«Военная граница» и учреждения, которые были созданы для управления ей, стали основой постоянной военной и оборонительной системы государства Габсбургов.

Во второй половине XVII века и в начале XVIII имперская армия под руководством Евгения Савойского провела несколько успешных кампаний против турок на Балканах и изгнала их из Венгрии. Также она с большим успехом сражалась в Войне за испанское наследство.

Сейчас трудно сказать сколько солдат словенцев было в рядах этой армии и принимало участие в этих сражениях, так как полки состояли из наемником со всех частей империи, однако, известный словенский ученый и писатель Янез Вальвазор (1641-1693 гг.) утверждал, что чрезвычайно большое количество наемников из Крайны служило не только в имперской армии, но и в венецианской и испанской армиях.

Правление Марии Терезии и ее войны с прусским королем Фридрихом Великим принесло существенное изменение в армию Австрийской империи. Была введена выборочная пожизненная военная служба, что стало важным поворотным моментом в военной истории габсбургских земель. Вместо полков кадровых военных, армия теперь состояла из рекрутов. Они были набраны в соответствии с потребностями и средствами государства. На словенских землях было создано несколько военных округов (Werbebezirk). В каждом округе было предусмотрено размещение полка пехоты. Полк №16 размещался в Мариборе, №45 в Леобене, №26 в Целовце (Клагенфурт), №13 в Горице (Герц, Гориция) и №43 в Любляне. Все эти полки формировались из словенцев.

В период с 1809-1813 года значительная часть Словенских земель была под властью французов и входила в Иллирийские провинции. Там был сформирован полк легкой пехоты (Иллирийский полк), который с небольшим числом артиллерии влился в ряды Великой армии и разделил ее судьбу, большинство его солдат погибли в России.

В 1813 году, после ухода французов, все провинции были вновь включены в Австрийскую империю с восстановлением старой военной организации.

В марте 1848 года в Австрийской империи началась революция. Первоначально на улицы с требованием конституции вышли жители Вены. Очень быстро из столицы революция распространилась в провинции. Армии пришлось участвовать в подавлении выступлений радикалов Вене и Праге, бороться против итальянских повстанцев и вторжения в Сардинии, воевать с армией венгерских повстанцев Лайоша Кошута.

После подавления революции, поражения Италии и Венгрии, новый император Франц-Иосиф стал единоличным правителем, а армия - одним из оплотов его могущества.

Однако, в 1859 году, после поражения австрийской армии в битвах при Мадженте и Сольферино и потери Ломбардии, в Австрии была установлена конституционная монархия. Однако, это не привело к кардинальным реформам в армии. Они начались только после катастрофического поражения Австрии в Австро-прусской войне.

Один из участников этой войны, впоследствии известный словенский политик Фран Шукле (Fran Suklje) (1849- 1935 гг.) в 16 лет бросил школу и вступил добровольцем в 47-й полк в Мариборе. В битве при Кёниггреце он был тяжело ранен и взят в плен, и позже в своих мемуарах показал неэффективность и устаревшую тактику армии: «Мы наступали плотным строем, не производя ни единого выстрела. Наша атака началась за 1100-1600 шагов [от врага], «... мы продвигались вперед с большим трудом ... Наши потери были ужасными. ... Австрийская команда «Штурм» звучала все резче и быстрее. Мы в лесу, наши ребята из Нижней Штирии рады ... свести счеты с врагом - но это уловка! Только несколько убитых и раненых, но никакого реального сопротивление! И как только мы делаем несколько шагов в сторону пруссаков и оказываемся в роковых складках местности игра начинается заново!»[*Fran Sukljelz «Mojih spominov», 1988, Slovenska matica, Ljubljana, стр. 23. ]

На чешских равнинах шеф прусского полевого штаба, а фактически главнокомандующий прусской армии Гельмут фон Мольтке-старший (1800-1891 гг.) показал, как быстрое развитие технологий изменило характер ведения боевых действий. Стало очевидным, что новая армия не имеет альтернативы.

В 1868 году австрийским и венгерским парламентами был принят ряд законов касающихся армии. Сроки службы были сокращены до трех лет, введена всеобщая воинская повинность, все ранее существовавшие исключения и отсрочки были отменены. Единственное послабление было дано выпускникам средних школ, которые могли служить только год, после чего их зачисляли в резерв. Многие словенцы воспользовались этой возможностью, в результате чего некоторые из них в году Первой мировой войны были призваны из запаса и служили офицерам.