Поводом для новой травли ученого дало его заявление о переходе в протестантскую веру. Случилось это в 1561 году.

Можно предполагать, что в значительной мере принятое им решение порвать с католицизмом было вызвано тем, что именно католическая церковь цепко защищала незыблемость всего того, что было ею освящено раз и навсегда. Она стремилась сохранить средневековые порядки, видя в любом новшестве угрозу своему авторитету. Она превратила науку в служанку богословия. А тут наука вдруг начинала претендовать на самостоятельную роль. Конечно, допустить этого церковь не могла.

В одной из своих работ Рамус выступил за просвещение народа. Наука, считал он, не должна быть достоянием богатых и знатных. Она должна быть доступна всем, в том числе и беднякам. Что касается средств на обучение, то их вполне могли бы предоставить монастыри, представители духовенства. Можно себе представить, как отнеслись служители католической церкви и монашество к этой идее. Ярые противники просвещения масс, они, естественно, восприняли ее как покушение на свои богатства. Понимал ли Рамус все это? Видимо, понимал. Во всяком случае, его переход в протестантизм был прямым вызовом католицизму.

Кроме неприятностей, этот шаг ничего ему не сулил. Во Франции к тому времени было уже немало приверженцев протестантизма. Но они постоянно подвергались нападкам со стороны католиков. Не раз гугеноты становились жертвами религиозной нетерпимости, не раз платили жизнью за отступничество от католической веры.

В 1562 году парижский губернатор издает приказ всем протестантам покинуть город. Тем, кто ослушается, он угрожает физической расправой. Рамус хорошо знал, что это не пустая угроза. Дважды на него организовывается покушение. Только чудом ему удается избежать гибели.

Верные друзья убеждают его, что надо бежать.

Под покровом ночи, переодетый в костюм мастерового, он пробирается тайком по запутанным парижским улицам, прижимаясь к стенам домов, когда по булыжным мостовым гулко топают кованые сапоги солдат. Благополучно миновав городские ворота, он затем, обходя стороной дороги, бредет как бездомный бродяга по лесам и полям, ища пристанища, где он бы мог не опасаться быть схваченным и растерзанным.

Он находит пристанище у одного из своих друзей в глухой деревушке. В холодные вечера у жарко пылающего очага, помешивая угли, он не перестает думать о том, что же сталось с его учениками там, в Париже, в городе, где разыгрались жесточайшие религиозные распри. Но ни на минуту ему не приходит мысль о том, что он совершил ошибку, порвав с католицизмом. Напротив, война, объявленная католиками протестантам, убеждала его в правильности принятого решения.

Наконец в марте 1563 года в Амбуазе католики и протестанты приходят к мирному соглашению, которое, казалось, кладет конец преследованиям гугенотов. И Рамус спешит в Париж, полный надежд и планов.

И вновь он выступает против схоластики в науке, подвергает критике Аристотеля, авторитетом которого прикрывалось ученое невежество. Требование Рамуса — изучать и исследовать, а не воспринимать бездумно мнения самых крупных авторитетов. Он заявлял, что никогда не пользовался для подтверждения своих мнений ссылками на священное писание, на Моисея или Христа, а опирался на философские аргументы. Он готов принять любые аргументы своих противников, спорить с ними, но только не ссылками на авторитетные имена. Эти ссылки не могут быть доводами в научных спорах.

Круг интересов Рамуса огромен. Он занимается философией и логикой, риторикой и грамматикой, геометрией и арифметикой. Он проявляет интерес к астрономии, увлекается оптикой. А наряду с этим выступает с проектом реформы образования. Слава Рамуса достигает крупнейших университетов Европы. Его приглашают в Германию и Швейцарию. Его старается заполучить к себе Болонский университет. А во Франции он продолжает оставаться объектом злобных нападок.

Нападки его противников действительно злобны. В появляющихся то и дело пасквилях речь идет даже о крестьянском происхождении ученого и его внешности. И все те же обвинения в безбожии, в ереси, в отступлении от католической веры.

А дальше — еще больше. Его противники подсылают к Рамусу наемного убийцу. Однако тому пришлось убедиться, что ученый обладает недюжинной физической силой. Он сумел обезоружить его и вышвырнуть из дома.

Для молодых людей, которых подговорили напасть на коллеж, где преподавал Рамус, хватило слов. Тот, кому они угрожали расправой, вышел к ним сам и настолько убедительно объяснил им, что их сделали исполнителями недоброй воли, участниками нечистой игры, что они удалились восвояси.

И так всю жизнь. В схватках с противниками, в борьбе с клеветниками и пасквилянтами, в постоянном ожидании самых неожиданных ходов со стороны тех, кто пытался заглушить его голос в защиту научного познания природы.

Между тем мир, заключенный между католиками и протестантами в Амбуазе, оказался непрочным. Вновь вспыхнули религиозные распри, вылившиеся в гражданскую войну. И Рамусу опять приходится бежать из Парижа.

Когда он, шесть месяцев спустя, в марте 1568 года возвратился в столицу, он нашел Коллеж де Прель разоренным. Фактически была уничтожена библиотека, книги растащили, безвозвратно погибли многие рукописи ученого. На развалинах того, во что было вложено столько сил, Рамус принимает решение уехать из Франции. Он получает разрешение на поездку за границу и в жаркий июльский день покидает Париж.