В целях оказания помощи руководству НКВМФ, командованию флотов и флотилий подразделения 3-го Управления НКВМФ: выявляли недочеты в боевом обеспечении и политическом состоянии кораблей, частей ВМФ, информировали о выявленных недостатках командование и комиссаров частей, добиваясь принятия необходимых мер со стороны командования к их устранению. По всем недочетам в боевом обеспечении и политическом состоянии частей ВМФ, о негативных проявлениях и принятых мерах командованием и сотрудниками морской контрразведки необходимо было информировать вышестоящие органы 3-го Управления НКВМФ. 3-й отделы НКВМФ вели работу по недопуску в ВМФ и очистке ВМФ от «неблагонадежного элемента». По вскрытым фактам вражеской деятельности требовалось «принимать решительные меры, вплоть до ареста». Органы 3-го Управления НКВМФ вели следствие по всем фактам преступной деятельности как военнослужащих, так и лиц гражданского окружения по делам, связанным с военнослужащими [205] .

С учетом ведения боевых действий на фронтах и обстановки происходили организационно-структурные изменения в системе отечественной военно-морской контрразведки. Следует отметить, что независимо от проводимых преобразований морской контрразведки в течение в 1941 и 1943 гг. основные направления ее деятельности за весь период Великой Отечественной войны практически не менялись.

Постановлением ГКО от 10 января 1942 г. функции 3-го Управления НКВМФ были переданы в Управление особых отделов (УОО) НКВД СССР, в структуре которого был создан 9-й (морской) отдел, а также особые отделы НКВД СССР флотов, флотилий, военно-морских баз и эскадр. Особые отделы флотов и флотилий подчинялись УОО НКВД СССР; морских баз, эскадр, береговой охраны, военно-морских учебных заведений — особым отделам НКВД флота-флотилии и комиссару соединения; уполномоченные особых отделов на кораблях — особым отделам соединения и комиссару корабля [206] .

В состав 9-го отдела УОО входили: 1-е отделение — контрразведывательная работа; 2-е отделение — оперативное обслуживание Морского штаба, Разведу правления, Управление боевой подготовки, Оргстроевого управления, Командного управления, политорганов, редакции газеты, прокуратуры, трибунала; 3-е отделение — Управления ВВС и ПВО; 4-е отделение — Управления: артиллерийское, минно-торпедное, химзащиты, связи, кораблестроения, инженерное, инженерно-артиллерийские склады; 5-е отделение — Главное управление портов, Управление снабжения, Управделами, КЭУ, хозотдел, военторги; 6-е отделение (периферийное) — координация работы особых отделов флотов и флотилий [207] .

Первые шесть месяцев войны были самыми трудными для Советского Союза. Войскам Германии и ее союзников удалось продвинуться в глубь СССР на 850—1200 км, оккупировать Прибалтику, Молдавию, большую часть Украины и Белоруссии, ряд областей РСФСР, часть Карело-Финской ССР, противник блокировал Ленинград, находился на подступах к Москве, имел полное превосходство в воздухе. Германская авиация с начала войны по декабрь 1941 г. совершила 127 налетов на Москву, в ходе которых самолеты противника сбросили на город 1732 фугасных и 58 050 зажигательных авиабомб, от которых пострадало 6742 человека (убито — 1404 человека, ранено — 5338 человек). На территорию Московской области сброшено 5727 фугасных и 30 700 зажигательных авиабомб, пострадало 4385 человек (убито — 1464, ранено — 2921) [208] .

Безвозвратные потери за шесть месяцев и девять дней 1941 г. составили 4 миллиона 473 тысячи 820 человек. Из них убито и умерло на этапах санитарной эвакуации — 465,4 тысячи человек, умерло от ран в госпиталях — 101,5 тысячи человек, пропало без вести и попало в плен 2335,5 тысячи человек, ранено, контужено — 1256,4 тысячи человек, заболело 66,1 тысячи человек, обморожено — 13,6 тысячи человек. Особенно велик процент (52,2 % от общих потерь) пропавших без вести и попавших в плен [209] .

Начальный период войны был самым трудным в организации оперативно-боевой деятельности флотских контрразведчиков. В первые месяцы войны особо ощутимые потери понесли контрразведчики Балтийского флота. Десятки оперативных сотрудников погибли при обороне военно-морских баз Лиепаи, Риги, Таллина. 28–29 августа 1941 г., во время перехода боевых кораблей Краснознаменного Балтийского флота (крейсер «Киров», эсминцы, сторожевики, тральщики, подводные лодки, катера-охотники и др.) и множества судов гражданского назначения (пассажирские теплоходы, ледоколы, буксиры, танкеры и пр.) из Таллина в Кронштадт (Таллинский переход) [210] , в районе острова Гогланд [211] немецкой авиацией был потоплен транспорт, на котором эвакуировалась основная часть сотрудников Особого отдела КБФ. Практически никто из экипажа и пассажиров не уцелел. Несколько сотрудников отдела погибли на борту спасательного судна «Нептун» [212] , приписанного к ЭПРОНу.

Сложная военная и оперативная обстановка сложилась и на Черноморском флоте. Большое число сотрудников погибло или попало в плен при героической обороне Севастополя (1941–1942), в ходе боевых действий кораблями и соединениями Дунайской, Днепровской и Пинской флотилий.

Невосполнимые потери, нехватка оперативных работников не могли не сказаться на работе флотских контрразведчиков. В этой ситуации, с учетом временных неудач нашей армии, флотские контрразведчики сосредоточили свою деятельность на двух основных направлениях: выявлении агентуры противника и борьбе с дезертирами, трусами и паникерами. При этом контрразведчики исходили из того, что в начальный период войны немецкие спецслужбы вербовали пленных советских военнослужащих простыми методами, «накоротке», зачастую прямо на передовой. Те, кто давал согласие на сотрудничество с германской разведкой, сразу же, после кратковременного инструктажа, перебрасывались через линию фронта в расположение частей Красной армии и Военноморского флота. Результаты «работы» таких агентов были недостаточно эффективны, так как многие из них сразу же сдавались добровольно, даже не приступив к выполнению задания, других задерживали после перехода линии фронта. Так, утром 25 августа 1941 г. красноармеец одной из воинских частей, оборонявших Таллин, сдался в плен гитлеровцам. На допросе он сообщил немецким офицерам известные ему сведения об организации обороны города. Сразу же после допроса, 25 августа, «новоиспеченный» агент был завербован, накормлен, снабжен сигаретами, шоколадом, ромом, листовками и переброшен в расположение морской бригады Балтфлота с заданием склонять моряков к переходу на сторону противника. Уже утром 26 августа его арестовала советская контрразведка [213] .

К концу 1942 г., когда стал очевидным провал плана молниеносной войны, немецкая разведка перешла к более тщательному отбору и подготовке своих агентов. В частности, германская морская разведка в агентурной работе против ВМФ СССР в основном старалась опираться на военнопленных моряков-специалистов, хорошо знавших объекты разведки и морские театры.

В числе важнейших направлений деятельности флотских контрразведчиков в начальный период войны были укрепление боеспособности частей и кораблей ВМФ, борьба с проявлениями дезертирства, трусости и паникерства среди личного состава.