Работа на этом участке строилась по трем направлениям: информирование командования о недочетах и недостатках в дисциплине, оперативная работа по обнаружению негативных явлений и организация заградительных мероприятий по предупреждению побегов военнослужащих.

Активно боролись с дезертирством заградительные отряды [214] , руководство которыми осуществляли особые отделы. С учетом сложившейся обстановки на фронтах заградительными отрядами применялись самые жесткие меры к бежавшим с поля боя, вплоть до расстрела перед строем или предания их суду военного трибунала. В последующие периоды Великой Отечественной войны в силу происшедшего изменения характера боевых действий, перехода Красной армии от обороны к наступлению, а также проведенных по линии Государственного Комитета Обороны мероприятий по укреплению дисциплины в Красной армии и на Военноморском флоте борьба с дезертирами, трусами и паникерами уже не носила такого острого характера.

В 1943 г. стратегическая инициатива окончательно перешла к Красной армии, которая провела ряд наступательных операций и освободила от врага оккупированные территории, в том числе приморские города и военно-морские базы. В результате значительно расширились возможности советской контрразведки, особенно за линией фронта. Новая обстановка и возросшие оперативные задачи выявили необходимость ее перестройки, которая коснулась и органов военно-морской контрразведки.

В соответствии с постановлением СНК СССР от 19 апреля 1943 г. 9-й (морской) отдел Управления особых отделов НКВД СССР по обслуживанию Военно-морского флота передавался в подчинение Народного комиссариата Военно-морского флота СССР, на его основе сформировано Управление контрразведки (УКР) «Смерш» НКВМФ [215] .

31 мая 1943 г. постановлением ГКО № 3461 сс/ов было утверждено Положение об Управлении контрразведки «Смерш» НКВМФ и его органах на местах. На флотскую контрразведку возлагались следующие задачи: борьба со шпионской, диверсионной, террористической и иной подрывной деятельностью иностранных разведок, а также с антисоветскими элементами, проникшими в Военно-морской флот; принятие необходимых мер, исключающих возможность безнаказанного проникновения агентуры противника и антисоветских элементов на флот; борьба с предательством и изменой Родине в частях, соединениях и учреждениях ВМФ, с дезертирством и членовредительством [216] .

Этим же положением подразделения «Смерш» НКВМФ освобождались от проведения всякой другой работы, не связанной с выполнением перечисленных выше контрразведывательных задач.

Отделы «Смерш» ВМФ были созданы как централизованная организация, с подчинением только своим вышестоящим органам. Начальник УКР «Смерш» НКВМФ, назначенный приказом наркома Военно-морского флота от 3 июня 1943 г. № 00154, комиссар госбезопасности П.А. Гладков подчинялся непосредственно народному комиссару Военно-морского флота и выполнял только его распоряжения.

В соответствии с положением флотские подразделения «Смерш» комплектовались за счет оперсостава бывшего 9-го отдела УОО НКВД СССР и спецотбора военнослужащих из числа командного и политического состава ВМФ, которым присваивались воинские звания, установленные в Военно-морском флоте. Сотрудники УКР «Смерш» НКВМФ экипировались в форму одежды, определенную для соответствующих родов войск ВМФ. Наказания за нарушения формы одежды определялись статьями Дисциплинарного устава [217] .

По мере необходимости отделы контрразведки «Смерш» НКВМФ поддерживали контакты с соответствующими органами НКГБ СССР, НКВД СССР, ГУКР «Смерш» НКО СССР, разведывательными управлениями Генерального штаба Красной армии и НКВМФ, обменивались с ними информацией и ориентировками.

В структуру УКР «Смерш» НКВМФ входили четыре отдела, следственная часть, отделения шифрсвязи, оперативной техники и другие вспомогательные подразделения.

Для реализации основных задач, поставленных перед флотской контрразведкой, требовалось наличие профессионально подготовленных, грамотных и инициативных сотрудников. Руководство УКР «Смерш» флота при поддержке командования НКВМФ предпринимало немало усилий, чтобы подразделения контрразведки комплектовались надежными, умными и образованными офицерами. Действовавшие ранее курсы подготовки и переподготовки оперсостава уже не в полной мере отвечали реалиям, в которых приходилось работать контрразведчикам. Для подготовки оперативного состава органов контрразведки «Смерш» НКВМФ приказами наркома Н.Г. Кузнецова от 9 и 15 февраля 1944 г. с 1 марта того же года открывалась Высшая школа контрразведки ВМФ по подготовке и переподготовке офицерского состава, с годичным сроком обучения. Фактически она начала функционировать с 15 мая 1944 г., поэтому эта дата отмечается как день Высшей школы контрразведки «Смерш» ВМФ [218] .

Кандидаты на обучение в школе должны были иметь законченное среднее образование, возраст не моложе 20 и не старше 35 лет, состоять в рядах ВКП(б) или ВЛКСМ, а по состоянию здоровья быть пригодными для оперативной работы. В целях улучшения качества учебной работы в сентябре 1944 г. был создан учебный совет ВШК, который наряду с совершенствованием чисто учебного процесса занимался изучением современного опыта контрразведывательной работы и его внедрением в учебные программы [219] .

Для поднятия общеобразовательного уровня и деловой квалификации оперсостава приказом начальника УКР «Смерш» НКВМФ с октября 1944 г. вводилось обязательное изучение оперативными работниками иностранных языков. При этом учебные группы укомплектовывались по тем иностранным языкам, изучение которых было наиболее целесообразным для данного флота или флотилии [220] .

Одновременно не прекращали свою деятельность и курсы подготовки оперативного состава отделов контрразведки «Смерш» всех флотов ВМФ СССР. Их комплектование находилось под личным контролем Н.Г. Кузнецова [221] .